安生水
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擅长:perl,基因家族,linux,chip-seq

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169 个回答

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老师好,我按照您的代码用itol做的外层圆环只有一种颜色,想呈现...

你参考一下这篇文章,按照里面注释文件的格式试一下:https://www.omicsclass.com/article/610

回答于 2019-04-15 09:33

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获取保守结构域序列

用blast比对方法鉴定不用再提取结构域序列了。

回答于 2019-04-15 09:25

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合并提取后的domain序列之后,linux系统中的clustalw不能读出蛋...

fasta文件中序列ID必须是唯一的,需要修改一下。

回答于 2019-04-11 18:16

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多序列比对问题

导出方法可参考这两篇文章: https://www.omicsclass.com/article/724    https://www.omicsclass.com/article/734

回答于 2019-04-11 18:13

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运行meme时出错

meme软件安装的时候有问题,重新安装试一下吧。

回答于 2019-04-11 17:02

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老师,在做基因的顺势作用原件的过程中,最后形成两个配置文件,...

展示所有的顺势作用原件可能会比较多。最好挑选一些感兴趣的。运行如下命令可以挑选所有的顺势作用原件。 cat PlantCARE_9210__plantCARE/plantCARE_output_PlantCARE_9210.tab | awk -F"\t"  'BEGIN{OFS="\t"} {print $1,$4,$4+length($3),$2}'>feature.bed

回答于 2019-04-10 17:00

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老师,我用perl script/domain_xulie.pl去除冗余,最后生成文件...

看命名规律,你把蛋白ID里面的P统一搜索替换成T,这样就一致了;

回答于 2019-04-03 18:02

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请问老师,做基因组共线性的物种组装必须都是complete genome吗...

scaffold的也可以做,但是数量 一般都比较多,所以最后绘图的结果可能并不理想。

回答于 2019-04-03 17:58

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blast分析重复基因对

E 值越小,比对结果越可靠

回答于 2019-04-03 17:52

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老师,我想问一下,怎么将多个物种一起构建进化树。比如说构建向...

如果蛋白质序列差异太大,无法构建进化树,可提取domain序列来构建进化树。

回答于 2019-04-03 17:47