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对代谢数据的黄酮和酚酸与转录组进行WGCNA分析，如何准备文件？
您好，要做WGCNA分析需要至少15个样品。做WGCNA分析需要两个文件：1.所有基因的fpkm表达量文件。 2.所有样品、所有性状的数据文件，您想关注黄酮和酚酸的话，可以将黄酮和酚酸代谢物含量数据作为性状数据。
回答于 2025-10-09 18:11
老师，您好。在转录组学和代谢组学做联合分析时，必须要在同一通...
可以的，一般都是同一个差异分组的所有差异基因和差异代谢物做联合分析，这些基因可能注释到不同的通路，
回答于 2025-09-01 15:20
运行自己的数据绘制Upset图，这个报错是什么原因呢？
您准备的文件应该是一个excel文件，我们流程是读不了的，我们读入的要求是一个文本文件，您再重新试一下。
回答于 2025-08-28 13:46
老师您好，在经过您的2024转录代谢培训班后，我自己运行WGCNA是...
没有遇到过你说的这种情况，流程正常情况下是不会报错的，你可以检查下自己的数据：样品数量是否大于15；样品表达量文件格式及数据是否有异常。
回答于 2024-12-27 10:27
docker从ENA数据库下载fasq数据时遇到困难
ascp -QT -l 300m -P33001 -i $HOME/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh era-fasp@fasp.sra.ebi.ac.uk:vol1/fastq/SRR180/069/SRR18033869/SRR18033869_2.fastq.gz .你用这个命令下载试一下，我试了可以下载的。
回答于 2024-11-05 15:54
按照您昨天提供的IndexFeatureFile 工具来构建gvcf文件索引时，...
如果你的样品少，可以用gatk直接生成vcf文件,就不要生成gvcf了
回答于 2024-10-21 16:02
比较基因组学 关于绘制3个以上的物种基因家族进化与同源关系(mcs...
你好，我看了下你的文件，layout确实有问题，具体修改方法见下图： 这里的0 1 2 3 可以理解为物种，从 0 开始，按照你的顺序依次编号，如下图： 要画 FN 与 TAO的共线性，就要指定连线是从1到3，对应的两物种共线性文件就是FN.TAO.anchors.simple。
回答于 2023-01-09 17:32