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水稻cds序列提取
你重新编辑一下你问题， 把输入文件都截图一下，运行的命令截图，脚本粘贴一下；我这边好给你分析原因或者修改一下脚本： 重新编辑问题参考：https://www.omicsclass.com/question/325
回答于 2018-11-13 17:00
MCScanX python -m jcvi.compara.catalog ortholog Fve Med --c...
看你的截图，文件输入没有问题 但是，不知道你的python版本的MCScanX是否安装成功，有可能是软件没有安装成功，建议用我们提供的最新biolinux已经安装好； 我们《基因家族分析视频课程》已经更新这部分内容可以观看了；
回答于 2018-11-13 16:40
没有转录组数据能进行基因家族分析吗？
基因家族分析一般会结合上家族内基因表达数据，假如没有做转录组表达数据也是可以进行分析的；只是少了一部分内容 1. 基因家族鉴定出来后，可以挑选其中的一些基因，再选取一些样品，做实时定量进行表达模式变化分析； 2. 自己没有转录组数据，可以下载其他人上传至NCBI上的数据，只需研究性状及实验设计符合即可，只需跑...
回答于 2018-11-13 13:14
请问如何预测基因家族蛋白的二级结构？
1，你的贴图看，只是介绍结构域，你应该看看这篇文章的方法部分，那里会有怎么鉴定结构域的。 保守结构域可以用hmmer搜索的方法，我们基因家族课程里面讲的很详细：《基因家族里课程》 2.核定位信号，没有做过，你看看这篇文章的方法部分是否有介绍定位方法 3. 新旧版本的ID号，这个不好对应，除非基因组发布作者有...
回答于 2018-11-13 13:08
找不到amazing super circos
这个没用过，可以用circos绘制圈图： https://www.omicsclass.com/video/27
回答于 2018-11-13 13:00
关于操作中遇到的Perl脚本。
目前我们课程里面涉及的脚本语言都是perl语言，没有考虑python，要想生信更进一般建议这两门语言都学习一下；学会了一门编程语言，学习另外一门编程语言也会轻松许多。 目前课程不会涉及python。后续我们也会出python的课程。 如果课程添加python脚本需要重新录制课程，所以目前没有这方面的计划； 更多生物信息perl...
回答于 2018-11-13 09:48
在NCBI上，新发表物种的基因组数据如何寻找并下载gff等文件
嗯，可以参考下面的文章：https://www.omicsclass.com/article/497
回答于 2018-11-12 18:05
使用linux命令行下载Python出现错误
看你的报错也是新手，biolinux上已经有了python 没有必要不要自行安装，安装过程会很麻烦； 源码安装python，请确保每一步都正确完成，再进行下一步； 好多都是权限问题，你可以在命令前面加 sudo；
回答于 2018-11-12 13:31
我想问下，如果做小麦基因家族分析，分配给虚拟机Linux系统的运...
可参考这个：https://www.omicsclass.com/question/431 小麦基因组约17G 你最少分配80G以上的内存吧，具体没有测试过； 你可以试一下；
回答于 2018-11-11 16:10
请问小麦基因家族分析电脑内存小，提取的文件是空的，这个问题解...
1.检查染色体ID 对应关系，不对应可能造成提取失败 2.小麦基因组巨大，在基因组上截取序列需要读入整个基因组，需要消耗很多电脑内存，如果电脑内存不足也会提取失败，因此，建议分染色体做：https://www.omicsclass.com/question/431 ， 或者升级电脑内存；
回答于 2018-11-09 11:58