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怎么过滤vcf文件中INFO列中的DP参数?

vcftools过滤不了这个info列的DP,应该是过了FORMAT列的DP,可以尝试使用 snpSift 做过滤: 参考:https://pcingola.github.io/SnpEff/snpsift/filter/ 

回答于 2024-08-02 09:49

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怎么过滤vcf文件中INFO列中的DP参数?

vcftools过滤不了这个info列的DP,应该是过了FORMAT列的DP,可以尝试使用 snpSift 做过滤: 参考:https://pcingola.github.io/SnpEff/snpsift/filter/ 

回答于 2024-08-02 09:48

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docker GetOrganelle的批量组装

你的问题需要具体些,课程涉及的代码很多,不知道你要修改哪个,或者运行哪个代码是遇到问题?

回答于 2024-08-02 09:45

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Mac更换成自己地址后仍然无法打开Docker镜像

后面跟要启动的镜像,你没有写;再有,不建议用中文名字的目录,防止兼容性问题导致程序报错; 学习生信要认证仔细才行;

回答于 2024-08-02 09:44

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使用ensembl下载的人gff3文件进行基因家族分析时,保留编码蛋白...

看看有结果输出吗? 这些都是警告可以忽略,有结果输出即可;

回答于 2024-08-01 10:55

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老师,您好,请问如何展示出染色体上某个基因的,或者说某个位点...

在GFF文件中找到基因的位置,然后在fst和tajimad中去筛选对应区域的值即可;

回答于 2024-07-31 17:37

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使用NCBI下载的基因组和gff文件进行基因家族分析时,保留编码蛋...

对的 NCBI上的GFF文件格式不标准导致代码报错, 你可以换个地方下载基因组文件试试;

回答于 2024-07-31 17:36

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tajimaD pi绘图

你要核对你的FAI文件里面的染色体ID和Pi文件里面的染色体ID要一致,大小写也要一致

回答于 2024-07-31 10:41

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在基因家族分析时,保留编码蛋白基因命令时出现 “bash: agat_sp_...

agat_sp_filter_feature_by_attribute_value.pl 这个脚本更新的镜像里才有: 由于dockerhub国内近期打不开,可以联系客服处理:点击联系客服

回答于 2024-07-31 10:39

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安装github上的包报错:

解决办法,自己注册github账号获得Key: devtools::install_github("ricardo-bion/ggradar",auth_token="ghp_gOOTBksr1PPuPT")

回答于 2024-07-30 21:19