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indel引物设计
你的indel 是基因组上的吧； 如果是，indel两边的序列需要到基因组上截取，所以需要整个基因组； vcf文件你看看，自己转换； 引物设计和vcf文件获得可以学习重测序课程；https://zzw.h5.xeknow.com/s/1VQOjQ
回答于 2022-05-08 16:18
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annovar报错问题
有些参考基因组里面有一些 ambiguous 碱基 ，ANNOVAR处理不了，这是作者的回答：https://annovar.openbioinformatics.org/en/latest/misc/faq/ 解决办法就是将 ambiguous 碱基根据IUPAC ：（https://www.omicsclass.com/article/409 ）编码替换成一单个碱基；
回答于 2022-05-08 16:10
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MEME分析中，motif的E-value值太高，意味着不准确了。对吧。
j结构域 domain 就是motif， 按理来说 这些家族成员都有相同的domain，都会找到motif； 你把 以下参数调整一下 可以把motif 最大长度调成200 试试，有可能找到更多motif -nmotifs 10 -minw 6 -maxw 200
回答于 2022-05-06 11:37
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