omicsgene 的回答 - 组学大讲堂问答社区

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基因变异的VCF文件除了染色体部分外的其他变异数据如何过滤？

http://vcftools.sourceforge.net/man_latest.html 可以用vcftools 筛选指定染色体： --chr Chr01 --chr Chr02 .....

回答于 2022-09-27 18:10

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是不是测序双端 reads 没有测通？你检测你的数据，或者设置的参数；

回答于 2022-09-26 16:19

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差异基因太多，可以调整筛选差异基因条件，减小P值，和增大log2fc的值等，

回答于 2022-09-26 09:37

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可能是内存不够吧，你把内存调大些试试：https://www.omicsclass.com/article/1413

回答于 2022-09-26 09:35

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内存不够需要增加硬件条件，不是你随便调内存就可以的；

回答于 2022-09-26 09:32

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你是学习我们的课程吗？测序深度不够不行的；得不到好结果；18X说的是最低要求，一般我们做的时候30X以上吧

回答于 2022-09-23 18:41

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输入文件都看看的，类似问题：https://www.omicsclass.com/question/1429

回答于 2022-09-23 13:10

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所有输入文件都看看的，看看是不是ID不对应

回答于 2022-09-23 13:09

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docker视频课程linux部分已经更新了这部分内容：https://zzw.h5.xeknow.com/s/3Rcvt0

回答于 2022-09-23 13:07

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我们不用vbox了，用更好的工具docker ：https://www.omicsclass.com/article/1198

回答于 2022-09-20 09:28