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老师，我每次做“提取可靠基因家族成员的结构域序列”，提取出来的...
你的{ind}WRKYgene.list里面是都只有一个基因吗？如果不是只有一个的话，怀疑是你的基因编号和其他的文件没有对应上，你检查一下
回答于 4天前
泛基因家族分析之Fam_gene.list
我不是和你说你检查一下，是不是参考基因组的所有基因都是没鉴定到直系同源，你和我反馈是鉴定到了的，那就是你第三步PAV分析的时候有问题，建议逐步检查一下生成的结果文件，看能否发现有什么问题
回答于 4天前
老师请问，怎么把这些文件像您一样做成一个文件在数据库里确认结...
文件的后缀都是.fas吗，可以直接 cat *.fas > all.pep.fas 或者就分别投进去check再把结果整合一下也行
回答于 2025-06-04 09:12
老师，我正在做泛基因家族分析中结构变异与基因结构和保守结构域...
你找错文件了把：grep "Zm00001eb294180" ${ref}_fam_gene.list，是${ref}_fam_gene.list这个文件，不可能只有一个基因组有的，因为你如果只有一条序列是做不了T检验秩和检验的，要求的是最起码每个分组不少于两个：
回答于 2025-06-03 09:49
我改正了这些错误，但是还是无法把data里的数据软连接道01 data...
在你软连接之前，你可以先ll查看一下文件是否存在，ll ../data/Gangan.genome.fa 确认一下你的路径有没有填写错误
回答于 2025-06-03 09:35
请问老师，我重新修改了软链接，但是基因组序列文件和注释文件批...
我没看懂，你展示的，你的data文件夹里面也没有pep结尾的文件啊（就是你的图2 ），你那些软连接文件能打开吗？ 而且我不是和你说了你的问题是，你软连接的文件名和实际的文件名是对不上的啊，你自己看看呢，你实际的文件名不是genome.fa 结尾的吗，但是你软连接的文件怎么是.fa.gz？
回答于 2025-05-30 11:11
泛基因家族分析
wget https://fastapi.metacpan.org/source/CJFIELDS/BioPerl-1.7.8/bin/bp_genbank2gff3 -O bp_genbank2gff3.pl perl bp_genbank2gff3.pl your_genbank_file.gbff 你试一下行不行，另外EMBOSS的seqret工具你可以试一下
回答于 2025-05-29 17:09
请问老师，泛基因家族鉴定开始做自己的物种时，怎么在docker 里...
你是需要把数据放在你的服务器目录下面，然后把你存放数据的目录在打开容器的时候挂载进去，比如说，如果你把数据放在服务器的某个目录下面，那么在你启动容器的时候，你需要 -v 你存放数据的地址:/work 这样把数据挂载到容器中就可以了
回答于 2025-05-29 09:40