最全进化树构建知识点大盘点
全基因组加倍/复制(whole genome duplication, WGD)
利用单拷贝直系同源基因蛋白序列做分歧时间树
synteny collinearity 区别
有根树和无根树newick文件中
GTR是所有模型中考虑参数最多最复杂的模型,其他所有模型是GTR模型的特例
https://github.com/TransDecoder/TransDecoder
repeatMasker 得到的out文件转换成gff文件,可以用bedtools对基因组进行重复区屏蔽
Haas BJ, Zeng Q, Pearson MD, Cuomo CA, Wortman JR. Approaches to Fungal Genome Annotation. Mycology. 2011 Oct 3;2(3):118-141. doi: 10.1080/21501203.2011.606851. PMID: 22059117; PMCID: PMC3207268.
contig GFF 文件通过AGP文件转换成 染色体 gff文件
https://github.com/tanghaibao/jcvi/issues/391
Repeat masking in MAKER2 (difference with BRAKER2)
多样本转录组
基因组注释分析方法
基因组重复序列分类
基因家族,理化性质分析
Alternate
基因组Hic挂载AGP文件格式说明
tripal搭建基因组数据库网站
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5210622/