星莓
R脚本报错|URL 'https://raw.githubusercontent.com/YinLiLin/R-CMplot/master/R/CMplot.r': Timeout of 60 seconds was reached
在运行R脚本的时候，出现报错，提示CMplot这个包连接超时。 Error in file(filename, "r", encoding = encoding) : cannot open the connection to 'https://raw.githubusercontent.com/YinLi...
- 0
- 0
- rzx
- 发布于 2023-06-29 13:37
- 阅读 ( 2288 )
rzx
grep --color=auto使用用法介绍
grep是一个常用的文本搜索工具，用于在文件中查找文本字符串。grep--color=auto是grep的一个扩展选项，主要功能是匹配的特定字符串加上颜色以区分，并可以进行高亮显示。可以方便我们快速查找相...
- 0
- 0
- 安生水
- 发布于 2023-06-26 14:49
- 阅读 ( 4720 )
安生水
Seqtk | 一个快速处理FASTA和TASTQ文件的工具
Seqtk工具地址：https://github.com/lh3/seqtk Seqtk工具命令： 操作举例： 01. 将FASTQ格式文件转换成FASTA格式； seqtk seq -a in.fq.gz > out.fa 02. 将FASTQ（Illumina 1.3+）格式...
- 0
- 0
- rzx
- 发布于 2023-06-26 14:20
- 阅读 ( 7905 )
Rush：一款强大的Linux并行任务执行工具
Rush（Rapid Utilities SHell）是一款强大的并行任务执行工具，专门设计用于在Linux或Unix环境中进行批处理任务。该工具的设计初衷是为了使并行处理和任务管理变得更为简洁明了，同时具备灵活性...
- 0
- 0
- xun
- 发布于 2023-06-20 14:15
- 阅读 ( 4021 )
xun
提取 VCF 文件中的基因型信息
VCF 是一种常用的生物信息学文件格式，用于存储基因组中的遗传变异数据，特别是单核苷酸多态性（SNP）和小插入/缺失（Indel）等变异。 VCF 文件通常由文本格式组成，可以用文本编辑器进行查看...
- 0
- 0
- 星莓
- 发布于 2023-06-15 15:59
- 阅读 ( 11063 )
linux:将进程更改为切换到后台不退出
在linux中执行命令的时候，在程序命令行后加入&符，可以将命令放入后台执行且关闭shell不退出进程； 但如果一开始执行命令的时候没有加入&，后面发现命令执行时间很长，解决办法如下：...
- 0
- 0
- rzx
- 发布于 2023-06-14 19:11
- 阅读 ( 3109 )
Docker会限制线程数吗
再用hifiasm组装基因组时，线程数选择的100，但是后台只看见了10，这是怎么回事？docker会限制线程数吗？
- 0
- 0
- Mr Dong
- 发布于 2023-06-14 11:14
- 阅读 ( 3823 )
Mr Dong
omicsgene
ggplot 柱状图，y轴从0 开始，最高柱子 留有余地代码：
ggplot 柱状图，y轴从0 开始，最高柱子 留有余地代码：
- 0
- 0
- omicsgene
- 发布于 2023-06-08 17:34
- 阅读 ( 3584 )
csvtk，A powerful software for handling CSV files
CSVTK，即CSV工具包，是一个用于处理逗号分隔值（CSV）文件的实用命令行程序。由于其简单性、灵活性和效率，对于经常处理CSV文件的人来说，特别是在数据科学、生物信息学以及任何需要数据分析的...
- 0
- 0
- xun
- 发布于 2023-06-08 09:54
- 阅读 ( 3077 )
解决umount: /home: device is busy
umount -l /home 强行解除挂载
- 0
- 0
- omicsgene
- 发布于 2023-06-07 14:08
- 阅读 ( 2789 )
运行命令makeblastdb建库时报错，生成pdb-lock 空文件。
运行命令makeblastdb -in all.pep.fa -dbtype prot -title all.pep.fa 时卡住报错，生成all.pep.fa.pdb-lock 空文件。 解决：makeblastdb 工具版本问题，从2.13.0版本改成2.6.0版本，就可以...
- 0
- 0
- rzx
- 发布于 2023-06-05 15:20
- 阅读 ( 2902 )
kraken2生成的biom文件处理
使用kraken2软件做宏基因组或扩增子项目物种注释项目的时候，如果后续不使用bracken则可能会遇到一个问题，结果生成的biom文件中taxonomy并不是最终结果，比如下面这样 可以用脚本来处理，删...
- 0
- 0
- xun
- 发布于 2023-05-31 17:33
- 阅读 ( 3413 )
多分组venn图绘制脚本
绘制多分组venn图时发现好多包都不支持，只能用原始的包，脚本如下 #!/share/work/biosoft/R/latest/bin/Rscriptargs <- commandArgs(trailingOnly = TRUE)library(venn)library(VennDiagra...
- 0
- 0
- xun
- 发布于 2023-05-30 18:05
- 阅读 ( 4446 )
