cytoscape安装报错：No JVM could be found on your system
cytoscape安装报错：No JVM could be found on your system，通常是由于不适配的java版本
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- 每天学习一点点
- 发布于 2023-11-23 17:41
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每天学习一点点
circos|修改不同染色体之间区块block及连线link的颜色
circos圈图绘制时所有的修改参数都是基于配置文件config.txt。 想要让不同染色体之间区块显示不同颜色。可以修改config.txt中rule参数： <link> #全基因组共线性 bezier_radius=0r...
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- rzx
- 发布于 2023-11-22 11:41
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rzx
GeneDoc|绘制基因多序列比对图时对序列进行排序
打开GeneDoc软件，输入序列之后，序列顺序是输入文件中序列的顺序。如图： 这种情况下想使序列按照ID进行排序的话，应选择菜单栏中“Sequence List”选项，如图【S】： 在弹出界面选择<Sort...
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- rzx
- 发布于 2023-11-16 14:49
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BWA mem比对报错 paired reads have different names 解决
问题： 在用BWA进行序列比对时出现：[mem_sam_pe] paired reads have different names: "A00920:973:H5GWJDSX3:2:1103:2582:12633:UMI_AAT_GTA", "A00920:973:H5GWJDSX3:2:1103:1624:12633:UMI...
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- 星莓
- 发布于 2023-11-16 13:49
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星莓
安生水
xun
TGS-gapcloser 安装与使用
基因组组装过程中会得到草图的scaffold，需要进一步进行gaps的关闭。TGS-gapcloser 是华大基因开发的，一个利用其他组装或是长度长测序数据对草图进行gap填充的一款软件。
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- Ti Amo
- 发布于 2023-10-30 17:19
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Ti Amo
Unicycler二代、三代混合组装
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- 星莓
- 发布于 2023-10-26 14:31
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Bowtie2使用方法与参数详细介绍
对参考序列构建indexbowtie2-build genome.fasta index尝试使用前10000个reads进行比对bowtie2 -u 10000 -p 8 -x index -1reads1.fq -2 reads2.fq -S out.sam使用8个线程进行比对bowtie2 -p 8...
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- rzx
- 发布于 2023-10-18 17:58
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R包 CandiHap 进行单倍型分析
CandiHap是一款应用于全基因组关联分析（GWAS）后，快速分析基因单倍型来鉴定候选基因的一款友好软件。研究者可通过该软件对单个基因，或者对GWAS显著关联位点LD范围内所有基因进行单倍型分析，发现与性状显著关联的单倍型和候选基因。
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- Ti Amo
- 发布于 2023-10-16 15:30
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使用picard对参考序列建索引时报错“java.lang.IllegalArgumentException: File is not a supported reference file type”
报错：Caused by: java.lang.IllegalArgumentException: File is not a supported reference file type
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- rzx
- 发布于 2023-10-13 10:53
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叶绿体/线粒体散在重复序列注释——REPuter
REPuter可注释叶绿体重复序列，包括4种类型，Forward（F）, Reverse (R), Complement (C), Palindromic (P)。 REPuter 是可在线注释， 详情可参考文献 REPuter: the manifold applications of...
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- 星莓
- 发布于 2023-10-11 15:30
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运行Linux版本ProteoWizard中的chainsaw工具时报错
chainsaw工具，用于预测蛋白序列的酶切结果 运行命令： chainsaw test.fasta 报错： locale::facet::_S_create_c_locale name not valid 解决： 在当前环境中运行命令 export LC_ALL=C;...
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- rzx
- 发布于 2023-09-27 15:02
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GATK报错：Could not find walker with name: VariantFiltration
在使用GATK软件的时候出现报错 命令行： /share/work/biosoft/java/latest/bin/java -XX:ParallelGCThreads=5 -Xmx50g -Djava.io.tmpdir=/share/nas5/renzx/project/zx-20230821-248_noref_...
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- rzx
- 发布于 2023-09-21 14:57
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