R 语言赋值运算符区别：`<-` , `=`, `<<-`
R 语言赋值运算符区别：`<-` , `=`, `<<-`
- 0
- 0
- omicsgene
- 发布于 2019-02-22 13:56
- 阅读 ( 3513 )
omicsgene
Daitoue
基因别名alias转换成官方symbol
limma包提供 alias2Symbol 可以将部分物种基因的别名，通过NCBI EntrezID转换成官方的gene symbol
- 0
- 0
- Daitoue
- 发布于 2019-01-04 16:46
- 阅读 ( 7825 )
colorRamPalette函数生成调色板
colorRamPalette 为grDevices包函数，可用于生成渐变调色板
- 0
- 0
- Daitoue
- 发布于 2019-01-04 15:15
- 阅读 ( 5403 )
安生水
exprs.MA函数提取MAList芯片红绿强度（表达量）
双通道芯片分析exprs.MA将MAList转换成红绿荧光强度值
- 0
- 0
- Daitoue
- 发布于 2018-12-21 13:47
- 阅读 ( 5925 )
Illumina microarray未标准化数据分布
不同于affy包对affymetrix芯片数据分布绘图，Illumina microarray数据分布是基于lumi包： boxplot-method density-method affy包也可以利用boxplot，不过密度图确实利用hist,此处就展示一...
- 0
- 0
- Daitoue
- 发布于 2018-12-07 17:23
- 阅读 ( 4680 )
affymetrix芯片未标准化数据分布
获取芯片原始数据得到为标准化的数据，需要查看原数据的分布情况，可以通过多种方法获得分布图片。 以affy包ReadyAffy()读取CEL结果：AffyBatch对象为例（GSE66196） 1、箱线图：基于boxplo...
- 1
- 0
- Daitoue
- 发布于 2018-12-07 14:46
- 阅读 ( 4282 )
芯片原始数据标准化的几个包的安装
芯片原始数据下载后进行质控标准化除了基于相关的软件外，也可以利用bioconductor的几个包，不过需要注意介于R版本的问题，包的安装基于install.packages可能安装不成功。
- 0
- 0
- Daitoue
- 发布于 2018-12-07 10:38
- 阅读 ( 7534 )
R语言sort()与order()
基于sort()或者order对向量元素排序：返回排序后的向量，后者返回原排序后的索引 例如基于向量A操作（A也可以是数值型)： > A=c("A","B","D","C","H","J","E") 1、sort sort(x, decrea...
- 0
- 0
- Daitoue
- 发布于 2018-11-23 15:43
- 阅读 ( 4989 )
