周末小编忙中偷闲,跟女朋友一起去看了黄渤、沈腾主要的电影《疯狂的外星人》,感觉还不错,尤其电影里外星人与地球人通过交换“基因球”的方式建立外交关系的桥段,更是给小编留下深刻印象:地球人需要将“基因球”含在嘴里,并运用舌头让”基因求“在口腔里打转,保持15分钟,这样人类的基因信息就能存储在”基因球“里了,外星人回收“基因球”,就可以获取人类的基因组信息了。
女朋友在旁惊呼“真神奇”!
不过,对于小编这样一个在测序行业摸爬滚打数年的“资深人士”,感觉这个“基因球”本身并不符合外星人神级科技文明的身份,据我分析电影中的这颗“基因球”仅仅兼具了样本的采集和存储能力,获取人类基因组信息似乎还需要外星人回收“基因球”后再测序分析才行。仔细想想,这与我们常用的“口腔拭子”功能基本一样啊!
女友惊奇地问:“用那个棉签就能测人的基因序列啊?”
是的,目前技术就完全可以做到,人的DNA可以从我们身体的任何细胞中提取,但口腔黏膜的上皮细胞具有代谢旺、更新快、易脱落的特点,可以自然脱落到唾液中,另唾液中还有部分来源于外周血的免疫细胞,这些细胞能够提供足够量的DNA用于后续测序分析,辅以保存液,采集的唾液样本能够保存数月至数年时间。
“测序需要测多久啊?”女友继续问。
人类基因组计划听过吗?该计划于1990年正式启动,6国科学家们联手用了13年的时间,花费了30亿美元才完成人类基因组序列的测序组装工作。听完女友表情是这样的!
别着急,听我继续说啊!不过现在已经进入了高通量测序时代,测序时间和成本已大大降低了;现在人全基因组的测序时间从几天到24小时内不等,测序成本也降到600美元以下。
女友继续问“测序仪长啥样,放进取样的唾液就测出来了吗?”
目前主流测序技术有二代测序技术:Illumina桥式扩增+可逆终止化学测序、ThermoFisher的乳液PCR+半导体测序、华大基因MGI/BGIseq;三代测序技术:Pacbio SMART单分子实时测序及Oxford Nanopore纳米孔单分子测序等;不过现在样品提取、测序、分析都是独立的设备及程序,还没有提取+测序+分析+存储的一体化设备,而且测序设备体型也较大。
二代测序仪代表:
1. HiSeq X Ten测序仪:2014年上市,价格约1000万美元,一套测序系统包括10台HiSeq X测序仪组成,适合群体规模的测序项目;每台HiSeq X仪器三天可产生1.8 Tb的数据,即每天600 Gb;若同时运行10台仪器,每年可测序>18,000个人类基因组。
2. NovaSeq测序仪:NovaSeq 5000和6000系统的售价分别为85.0万和98.5万美元,可单台购买,相比HiSeq 2500测序仪,NovaSeq每Gb成本下降50%,而S2流动槽的产量增加了一倍;相比HiSeq 4000,NovaSeq成本下降了45%,而S3流动槽的产量达到2.5倍;相比HiSeq X,NovaSeq能节省20%,但产量达到3倍。
目前科研市场大部分测序数据均出自以上两种测序仪,同时拥有以上两种测序仪的公司也理所当然成为了国内测序中心。
三代测序仪代表:
1. Pacbio测序仪:共推出3款:PacBio RS、PacBio RS Ⅱ及PacBio Sequel,是目前市场接受度和使用度最高的三代测序仪,参数如下:
2. Oxford Nanopore测序仪:纳米孔测序技术(又称第四代测序技术),想了解纳米孔测序技术的可以点击:全面解读第四代基因测序技术 详细了解,目前该测序仪多用于DNA测序,RNA测序不是很成熟,推广较少。
“给外星人我们的基因就能建交吗?”女朋友仍存疑虑。
不知道宇宙中其他高级生命是不是也和我们一样,是碳基生命,假如是,我们的基因序列可能作为人类的特异的“身份证”,就像我们用特异保守序列区分不同物种一样;但是最关键的问题是,交出了我们的基因序列,那人类还有什么秘密可言呢?高级文明是和平使者还好,假如不是,人类灭种可真就指日可待了!
希望宇宙中有外星人!更希望宇宙和平!
总有同学咨询基因家族分析类文章可以投哪些期刊,闲暇之余,小编就整理了一下接收过基因家族分析类文章的期刊,供您投稿时参考!
此Excel包含信息如下:期刊名称、期刊名缩写、影响因子、中科院分区、大小学科分类、录用比例、审稿周期、期刊主页网址,部分期刊列表见下方截图(领取方法见文末):
如您需要此汇总表,请关注组学大讲堂公众号,转发该文章至您的朋友圈并截图,然后在公众号对话框内发送截图并留言关键词:期刊,即可获得该excel统计表(注意关键词需写全)。
假如您想自学基因家族分析技能或者想分析某家族基因都可以联系本公众号小编微信:llcheng1314.
日常科研中你我经会常遇到看不懂的图表,不会挖掘的数据,没有思路的文章,沟通不畅的个性化分析,求人不如求己,一切痛点都能解决:
1. 单细胞/空间转录组正在大火,高分文章必备,0基础学单细胞/空间转录组分析,做更牛的个性化分析,绘更漂亮的图,点这个链接:单细胞/空间转录组分析实操
2. 2区文章发文新思路,0实验就能发文章,省钱省时间,套路化内容好写易发表,0基础学习最新版基因家族分析/泛基因家族分析链接:最新基因家族分析 ;最新版泛基因家族分析
3. 转录组越做越普遍,实验必备,看不懂结果?不会深入分析?自学都可以搞定,学习链接:有参转录组自主分析实操 ;转录组与代谢组结果解读/个性化数据分析 ;
4. 代谢组分析硬件要求不高,个人电脑就可以分析,0基础学习链接:代谢组分析实操
3. 现在才是发表T2T基因组/泛基因组文章的好时机,成本低,好发表,做好高级个性化分析发表高分1区不是梦!T2T基因组/比较基因组/泛基因组分析学习链接:T2T基因组组装与注释分析;动植物泛基因组分析 ;比较基因组分析
4. 群体重测序遗传进化分析+GWAS文章,篇篇10+分,缩短分析周期,提升文章亮点,勇敢冲击NGS顶刊,学习链接:群体遗传进化GWAS分析 ;
5. 传统图位克隆研究方法经久不衰,有遗传群体,有性状,自己就可以做,学习链接:遗传图谱构建与QTL分析
6. 微生物16S/18S/ITS多样性分析和宏基因组分析,学习链接:宏基因组分析 ;微生物16S/18s/ITS多样性分析
7. 细胞器基因组与比较基因组分析是真正的无需实验就可以发表2区期刊的文章思路,成本低,文章好发,性价比极高,学习链接:线粒体基因组分析实操 ;叶绿体基因组分析实操
8. 数据分析硬件利器,个人分析能力的倍增器,好用便宜的云生信服务器,专门为高通量测序数据分析而生,了解链接:云生信服务器
9. 免费好课,个人能力提升,生信入门,不可错过,内容涵盖:生信语言与工具基础、R语言绘图、常见科研绘图、数据处理技能等,免费好课总入口:
10. 更多学习内容:linux、perl、R语言画图,更多免费课程请点击进入组学大讲堂网校学习
如果觉得我的文章对您有用,请随意打赏。你的支持将鼓励我继续创作!