在我们的课程中介绍了TCGA下载miRNA数据的方法,但是下载的数据是miRNA 基因水平的表达量,而不是miRNA的5p 或3p的表达量。那么如何下载miRNA的5p, 3p 表达量呢?
可以参考如下的代码:
# 设置下载的参数
project <- "TCGA-CHOL"
data_category <- "Transcriptome Profiling"
data_type <- "Isoform Expression Quantification"
workflow_type <- "BCGSC miRNA Profiling"
legacy <- FALSE
# 查询可以下载的数据,有时候查询的API不稳定,需要多试几次
query <- GDCquery(project = project,
data.category = data_category,
data.type = data_type,
legacy = legacy)
# 下载数据
GDCdownload(query = query,method='client')
其关键是设置data_type 为“Isoform Expression Quantification”, 这样就是不同isoform 的表达量。
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