awk将多行序列变为一行(Fasta序列文件)

将多行序列变为一行|删除ID后的注释信息并将ID与seq分行>输出新文件

将多行序列变为一行|删除ID后的注释信息并将ID与seq分行>输出新文件

命令行:

awk '/^>/&&NR>1{print "";}{ printf "%s",/^>/ ? $0" ":$0 }' cds.fa|sed 's/trans=[a-zA-Z0-9]*\-[A-Z]*//'|sed 's/length=[0-9]* /\n/'>cDNA.fa

原始序列文件:

attachments-2022-05-psTQte6X628c94fa7ffe5.png结果序列文件:

attachments-2022-05-LkSmoC1T628c95c938b9f.png

  • 发表于 2022-05-24 16:23
  • 阅读 ( 2773 )
  • 分类:其他

0 条评论

请先 登录 后评论
rzx
rzx

88 篇文章

作家榜 »

  1. omicsgene 759 文章
  2. 安生水 370 文章
  3. Daitoue 167 文章
  4. 生物女学霸 120 文章
  5. xun 96 文章
  6. rzx 88 文章
  7. 红橙子 81 文章
  8. Ti Amo 76 文章