Uniprot数据库是资源最广、信息最丰富的蛋白质数据库，是查询蛋白功能的首选数据库。Uniprot数据库由Swiss-Prot、TrEMBL和PIR-PSD三大子数据库构成，数据主要来自于各物种基因组测序完成后得到的全基因蛋白质序列，并包含了很多来自文献中的蛋白及其功能信息。尤其是swiss-prot 子数据库，库中蛋白质信息都是手工核对过的 ，非冗余， 有详细注释信息的蛋白数据。作为一名科研工作者，Uniprot数据库的使用技能应该是必备的技能之一。

Uniprot数据库简介

Uniprot 数据库包含蛋白质序列，功能信息，研究论文索引等信息，整合了包括EBI（ European Bioinformatics Institute）、SIB（the Swiss Institute of Bioinformatics）、PIR（Protein Information Resource）三大数据库的资源。

EBI（ European Bioinformatics Institute）：

欧洲生物信息学研究所（EMBL-EBI）是欧洲生命科学旗舰实验室EMBL的一部分。位于英国剑桥欣克斯顿的惠康基因组校内，是世界上基因组学领域最强的存在之一。

SIB（the Swiss Institute of Bioinformatics）：

瑞士日内瓦的SIB维护着ExPASy（专家蛋白质分析系统）服务器，这里包含有蛋白质组学工具和数据库的主要资源。

PIR（Protein Information Resource）：

PIR是美国国家生物医学研究基金会（NBRF）于1984年创立，旨在协助研究人员识别和解释蛋白质序列信息。

Uniprot数据库主要子数据库组成：

以上子数据库间的关系如下：uniprot会收集EMBL，GenBank，DDBJ等公共数据库中的蛋白质序列及功能信息等原始数据，处理后存入UniParc的非冗余蛋白质序列数据库；UniPrc作为数据仓库，再分别给UniProtKB，Proteomes，UNIRef提供可靠的数据集，其中在UniProtKB数据库中Swiss-Prot是由TrEMBL经过手动注释后得到的高质量非冗余数据库，也是我们最常用的蛋白质数据库之一。

Uniprot数据库官方链接：https://www.uniprot.org/

Uniprot数据的使用

1. 单个蛋白质信息查询

下图是Uniprot官方网站首页，在UniprotKB栏输入蛋白ID或Accession number，然后点击search，就可以查询蛋白功能。

我们以高粱基因SORBI_3008G150300为例，搜索其在Uniprot数据库中的信息，如下图，页面默认显示Entry模式，页面显示内容包括：蛋白名称、物种来源、GO功能注释、亚细胞定位、组织特异性表达情况、互作蛋白、Domain、序列信息、同源蛋白以及其他数据链接等信息。

点击Display下Publications模式，数据库会展示处该蛋白涉及的收录的文章。

点击Display下Feature viewer模式，数据库会图形展示结构域与序列信息。

点击Display下Feature table模式，数据库会展示结构域位置、分子量、序列长度等基本信息。

2. 批量蛋白质信息查询

假如需要查询的蛋白较多，则可以通过点击首行任务栏Retrieve/ID mapping，如下图，查询蛋白列表可直接粘贴在下图1. Provide your identifiers文本框中，也可以将蛋白ID单列粘贴于TXT文本中提交到网站。另外该页面2. Select options 还可提供ID转换功能，支持多种数据库间的ID转换。

提交好蛋白列表后，点击Submit，网站便会自动分析，结果展现形式如下：

展示信息包括：蛋白对应的基因名、蛋白描述、序列长度等信息。

点击Column按钮，可以选择需要展示的数据库信息，如GO、pathway、亚细胞定位等注释信息，如下图，选择完毕后点击save保存设置，系统会自动跳转至信息展示页面。

最终结果展示如下图，勾选感兴趣的蛋白，即可将本次注释结果下载到本地查看，并且支持包括Excel格式在内的多种文本格式。

好了，今天Uniprot数据库的使用就介绍到这里，希望对您的科研有所帮助！

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