如何利用NCBI提取特定位置的基因组序列？
小编经常遇到这样的一些个性化分析，例如，下载某物种某染色体XXXX-XXXX碱基区域内的全部基因信息，尤其是BSA、QTL定位、GWAS等项目客户，该类需求是很多的；之前给大家分享过一个利用Ensembl数据库网站提供的biomart工具进行基因组特定区间基因及注释信息的提取，详见链接：[原创]-如何下载特定区间内基因及注释信息？但由于ensembl收录基因组数量有限，对于未收录物种就只能另寻他法了。今天我再给大家演示一个利用NCBI数据库进行基因组特定序列提取的方法，希望对您的科研学习有所帮助。我们以水稻（日本晴）1号染色体正义链1234-4321位置序列为例进行介绍。1. 打开NCBI，类目选择Nucleotide，检索框输入日本晴拉丁名及染色体号（Oryza sativa Japonica chromosome1 ），点search检索到日本晴1号染色体序列，如下图：
2. 点击上图检索到的日本晴1号染色体序列进入下一步，如下图，在页面右侧有Change region shown选项，展开后选择Selected region 并输入1234-4321位置信息，点击Update view进入下一步。
3. 点击页面左上角gene bank，格式更改为 FASTA，然后页面就自动展示该区域序列信息了。
4. 假如想知道该区域的反义链序列则可进行下方操作：在步骤3的基础上，点击页面右侧的Customize view选项，勾选Show reverse complement即可。
好了，今天的生信小技能就介绍到这里，更多生信小技能大家可以学习下下方课程：日常科研中你我经会常遇到看不懂的图表，不会挖掘的数据，没有思路的文章，沟通不畅的个性化分析，求人不如求己，一切痛点都能解决：
1. 单细胞/空间转录组正在大火，高分文章必备，0基础学单细胞/空间转录组分析，做更牛的个性化分析，绘更漂亮的图，点这个链接：单细胞/空间转录组分析实操
2. 2区文章发文新思路，0实验就能发文章，省钱省时间，套路化内容好写易发表，0基础学习最新版基因家族分析/泛基因家族分析链接：最新基因家族分析 ；最新版泛基因家族分析
3. 转录组越做越普遍，实验必备，看不懂结果？不会深入分析？自学都可以搞定，学习链接：有参转录组自主分析实操 ；转录组与代谢组结果解读/个性化数据分析 ；
4. 代谢组分析硬件要求不高，个人电脑就可以分析，0基础学习链接：代谢组分析实操
3. 现在才是发表T2T基因组/泛基因组文章的好时机，成本低，好发表，做好高级个性化分析发表高分1区不是梦！T2T基因组/比较基因组/泛基因组分析学习链接：T2T基因组组装与注释分析；动植物泛基因组分析 ；比较基因组分析
4. 群体重测序遗传进化分析+GWAS文章，篇篇10+分，缩短分析周期，提升文章亮点，勇敢冲击NGS顶刊，学习链接：群体遗传进化GWAS分析 ；
5. 传统图位克隆研究方法经久不衰，有遗传群体，有性状，自己就可以做，学习链接：遗传图谱构建与QTL分析
6. 微生物16S/18S/ITS多样性分析和宏基因组分析，学习链接：宏基因组分析 ；微生物16S/18s/ITS多样性分析
7. 细胞器基因组与比较基因组分析是真正的无需实验就可以发表2区期刊的文章思路，成本低，文章好发，性价比极高，学习链接：线粒体基因组分析实操 ；叶绿体基因组分析实操
8. 数据分析硬件利器，个人分析能力的倍增器，好用便宜的云生信服务器，专门为高通量测序数据分析而生，了解链接：云生信服务器
9. 免费好课，个人能力提升，生信入门，不可错过，内容涵盖：生信语言与工具基础、R语言绘图、常见科研绘图、数据处理技能等，免费好课总入口：
10. 更多学习内容：linux、perl、R语言画图，更多免费课程请点击进入组学大讲堂网校学习
- 发表于 2020-03-17 14:20
- 阅读 ( 7142 )
- 分类：基因组学
