生信老顽童
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2019-07-12 17:24 回答问题

这个有多方面的原因,  1. 基因组测序,由于有大片段文库,能知道序列间的相互位置,预测的基因结构会准确好多 2. 无参转录组denovo 组装的话,就不行,一个基因,两个不同的转录本,如果差别比较大的话,组装软件就没办法认为是一个基因,而认为是两个 3.  同时,无参转录组denovo 组装的话,如果遇到重复序列,是无法组装完成,一个基因也就变成多个了  4.  当然还有一些,测序错误,杂合度较高等一系列的问题,可能导致组装的基因比较多 

2019-06-21 14:01 回答问题

这种情况的话,建议使用多个近缘物种一起进行鉴定分析。

2019-06-14 08:44 回答问题

由于原核生物的mRNA没有polyA,所以无法通过polyA的方式建库。 所以只能通过总RNA建库的方式,但是总RNA中核糖体RNA的比例很高,所以得先去除核糖体RNA,再进行建库。 另外,由于原核生物的基因组较小,基因比较密集,如果采用普通建库方式,则再定量时准确度会很低,所以需要采用链特异性文库进行测序。 总的来说,原核转录组建库需要先去除核糖体RNA,然后再采用链特异性转录组的方式建库。这样的优势是数据准确度高,但是价格会比较贵。

2019-05-24 15:54 回答问题

1、在自己研究的物种内最好没有文章发表,避免重复; 2、尽可能的能和后续的研究有所关联,或者有些特殊的意义,便于后续讨论,比如和抗逆胁迫相关的基因家族。

2019-05-17 12:11 回答问题

可以,我们可以进一步调整倍数和FDR值。不过一般不建议继续调整,差异倍数小不见得没有意义,倍数大叶不见得有意义,还得通过各个数据库的注释信息进一步筛选差异基因是比较可靠的。

2019-05-10 09:20 回答问题

RIL群体只存在两种基因型,且分离比为1:1。一般使用RIL群体时,群体大小在150-200左右性价比较高,在需要做QTL定位时可以根据初定位结果进一步扩大群体或者选择其他方法来缩小定位区间。

2019-05-05 21:59 发表了文章

2019-04-26 17:57 回答问题

1、pacbio平台在RNA测序方面更加成熟稳定 2、pacbio平台的测序准确率比nanopore高一些 3、pacbio平台的测序成本也会高出不少

2019-04-26 17:53 回答问题

不同材料提取的RNA保存时间长短不一,具体和材料的处理情况、材料本身的情况有关。当然,保存条件也要尽量控制在-80,甚至可以液氮保存组织材料,用的时候再提取。

2019-04-23 09:14 发表了文章