文章 R的几个内置常量

R里面有几个内置常量，方便我们直接调用而非创建： 想要了解R的内置常量，可以?Constants 命令查询： ?Constants 其常量如下： 1、26个字母LETTERS, 小写字母怎么办？ 有letters > LETTERS [1] "A" "B" "C" "D" "E" "F" "G" "H" "I" "...

文章 Logistic回归模型介绍及使用（附脚本）

...回归模型对自身数据进行建模，这里我们给大家提供了一个构建Logistic回归模型的R脚本。使用该脚本都只需要准备好相应的输入文件，再进行简单的命令行操作即可。 使用命令示例如下 Rscript /share/work/fangs/scripts/tcga/logic_batch.r ...

文章 GWAS分析哪个模型最优

...介绍》。那么我们在做GWAS分析的时候选择哪种模型分析更好呢？下面介绍一篇文献在大豆和玉米中测试了这些模型，并给出了这些模型优劣。 假阳性与假阴性控制比较 介绍模拟数据之前先介绍几个概念： 遗传力(Heritability H...

文章 blast在linux上的用法

blast包含核酸序列比对，蛋白序列比对等。 主要有两个步骤： 建库 （makeblastdb） 比对 （blast） blastall的常用参数 -p：执行的程序名称 -d：检索的数据库名称 i：要查询(要研究的物种序列)的序列文件名(Query File)，fast...

文章 ggplot2几个主题类型

演示ggplot2几个默认的主题类型，直接套用对应的函数即可 数据参考 https://www.omicsclass.com/article/92 dat   type  Sample Num1     A sample1  902     B sample1  343     C sample1  564     D sample1  995     E sample1  156  ...

文章 ssGSEA.r 单样本基因集富集分析

...NFRSF17 B cells ABCB4 B cells BLNK 结果说明： 得到每一个样本的不同基因集中的NES值：  NES值：用最大值与最小值间的绝对差对ssGSEA分数进行标准化。 cell_type TCGA-B7-A5TK-01A-12R-A36D-31 TCGA-BR-7959-01A-11R-2343-13 TCGA-IN-8462-01A-11R-2...

问题 想问一下泛基因组分析时，基因家族的鉴定中选择a个物种；SV分析是文章中构建的b个物种中的；转录组分析是c个物种中的；请问a受b，c的影响吗？a：能不能我找到13个基因组就在13个基因组里面分析呢？而b和c是文章中找到的，利用人家的数据分析自己的基因，这样的理解对吗？

文章 Linux主分区、扩展分区、逻辑分区 区别与联系

...分区等等。Linux系统管理员在部署系统时，必须要对这三个分区进行一个合理的规划，否则的话会浪费宝贵的硬盘空间。          通常情况下，一个硬盘中最多能够分割四个主分区。因为硬盘中分区表的大小只有64Bytes，而分...

文章 组装"预实验" | 基因组调研图

基因组调研图有助于了解即将组装的这个物种的基因组复杂程度，为后续的正式的基因组组装去提供一些依据。基因组的复杂程度可以从基因组大小，倍性，杂合度，重复率等方面去进行评价。 用什么来做基因组调研图？ 基...

文章 IF=4.3|棉花GT64基因家族的泛基因组分析及对黄萎病的表达响应

...应。 01 — 家族成员鉴定 文章选取了CottonFGD数据库中8个棉花品种参考基因组，并从Pfam数据库下载GT64的隐马尔科夫模型PF09258。通过HMMER搜索及Pfam、SMART、CDD数据库二次确认，最终共鉴定出39个GT64基因，分布在8个棉花基因组中...

问题 老师您好，我想请问一下我检测植物种子脂肪酸时，样本量有几百个，需要做质控吗，我待测液里没有十一碳酸甲酯和二十一碳酸甲酯，我选择哪个内标物更好呀

文章 影响GWAS关联分析好坏的因素

...势。另对于稀有变异利用家系群体进行QTL定位可能效果会更好。 2 样本量大小 一些性状是由大效应的位点控制，进行GWAS研究需要的样本量比较低，即使低于100也能检测到有意义的位点[26]。对于复杂性状由若干的微效基因...

问题 老师，您好，我在运行gatk的HaplotypeCaller时，因为样本过多（二三百个样本），运行成功的单个样本运行了24+个小时，尝试了采用ParaFly工具多任务并行，并且也尝试了同时运行多个nohup sh gatk.g.sh > gatk.g.sh.o&（一个gatk.g.sh对应一个样本），但是都是在十几分钟后终止进程了，查看了其中一个gatk.g.sh.o文件，文件内容如下，烦请老师帮忙提出问题及解决方法，非常感谢

...，我在运行gatk的HaplotypeCaller时，因为样本过多（二三百个样本），运行成功的单个样本运行了24+个小时，尝试了采用ParaFly工具多任务并行，并且也尝试了同时运行多个nohup sh gatk.g.sh > gatk.g.sh.o&（一个gatk.g.sh对应一个样本）...

文章 blastall 搜索比对输出结果 m8或者m9格式说明（blast+ m6格式）

...  q. end  s. start  s. end  e-value  bit score AT3G49630.3 ACE96633.1 36.54 104 65 1 188 290 7 110 5.00E-16 66.2 AT3G49630.1 ACE96633.1 36.54 104 65 1 192 294 7 110 5.00E-16 66.2 AT3G49630.2 ACE96633.1 36.54 104 65 1 119 221 ...

文章 perl中的正则表达式

... foreach(@array){s/a/b/;}#此处每次循环将从@array数组中取出一个元素存放在$_变量中,并对$_进行替换处理.        while(<FILE&gt;){print if(m/error/);}#这一句稍微复杂一些,他将打印FILE文件中所有包含error字符串的行.     Perl的正则表...