文章 基因组Hic挂载AGP文件格式说明

...证据表明有gap，应该要打断大片段序列；centromere，表示中心粒的gap；short_arm，a gap inserted at the start of an acrocentric chromosome；heterochromatin，a gap inserted for an especially large region of heterochromatic sequence；telomere，a gap inserted for the telomere...

问题 基因家族课堂中circos美化图片课程中，有一个colline_v2.pl，请问下这个脚本在哪？我从第一节课看到后面都没找到。

问题 老师您好，我是刚接触生物网络分析的小白，在我做otu table 共存网络分析时出现下面这种情况：

我在R中运行如下代码： Abu=read.table('family_nor.out',header=T)Abu<-as.matrix(Abu)#Min support filtering for each taxaAbu[Abu<0.01]<-0#Filter taxa by abundance sumAbu<-Abu[which(rowSums(Abu)>10),]#Filter taxa by Occupancytable<-Abutable[table>0]<-1table1<-Abu[wh...

问题 在perl中怎么遍历哈希

有一个fasta格式的文件，怎么创建一个id和序列对应的哈希，并对哈希进行遍历，结果输入到一个文件中

问题 为什么我按照其他文献中确定的基因下载下来的基因家族，把这些在序列比对，没有他文章中比对的那么整齐呢，都是相同的基因ID,比对方法也一样，我构建进化树的时候，是按照其他文献中确定的基因直接下载下来和我研究的一块构建吗，还是另有其他的方法

问题 群体重测序, 进化树中如何添加外群?

老师您好, 我的项目中对植物群体进行重测序之后, 得到的snp进行进化树的构建, 但是由于没有外群, 无法确定根的位置, 如何在进化树中添加拟南芥作为外群呢? 麻烦老师给指个方向, 非常感谢!

问题 分化时间计算中的r值

老师，你好，请问计算中的r值是但双子叶不同，还是每个物种都不一样？？谢谢

问题 老师，您好！在进行python版mcscan 共线性分析时，当执行#绘制共线性图片：准备两个配置文件为输入文件，出现以下错误layout文件是如何制作和生成的，改了好多次都没成功，里面的内容是在txt里写入的还是用Excel编辑后保存为制表符分隔格式；还有mcscanx里面的染色体输入文件也是读入出错。

问题 qiime2 v1.4版，用data2生成特征表时出错，应该怎么解决？ Plugin error from dada2: An error was encountered while running DADA2 in R (return code 1), please inspect stdout and stderr to learn more. Debug info has been s

文章 科研作图也需要会使用Adobe illustrator和Photoshop

....png、.psd等。 常用的位图编辑软件：Photoshop等。 科研当中位图代表举例，各种仪器或者相机拍照得到的图片几乎都是位图： 矢量图 矢量又称为“向量”，矢量图像中的图形元素（点和线段）称为对象，每个对象都是一...

文章 Cox生存分析中Risk Score 的计算

针对有不少学员问起《TCGA-生存分析》课程中的Risk Score 到底是如何计算的。现进行简单的介绍： cox生存分析模型  Cox比例风险回归模型，是用  作为因变量，模型的基本形式为：                              ...

问题 meme中motif site和scanned site

我用meme分析motif时，部分蛋白在TBtool中显示没有motif，但网页版中motif location中显示motifsites➕scanned sites时可以看到比较矮的motif，那么怎么能在用TBtool做图时显示每个蛋白都有motif呢？

问题 请问在把基因预测中，靶基因与转录因子关系中：tf_cor_target"NA",tf_target_cor显示NA，请问这是指什么？

文章 dcaps标记设计软件——SNP_Primer_Pipeline

... 其中 -i:输入序列；-t: 目标序列；-p: SNP位置；-r: ref；-a: alt；-m: 价格上限。 输入文件： >chr5D:9950377_RefTATCCATGCACATTAACATAGAAAAATTAAGTATAGAGGGTTGTCATGTATATACCGGAAAGAAGCTCCTCAAGGGTTCCACCCTGCATGTATTCCAAACATAGAGCTATTTCTTGCTCGTCAGCAACAACAAATCTCCCTTGGTACTCAACAACTTTAT...

文章 选感兴趣的基因，非编程自行绘制KEGG代谢通路注释图-简单易上手！

...学和系统功能信息的数据库。由日本京都大学生物信息学中心的Kanehisa实验室于1995年建立。是国际最常用的生物信息数据库之一。 在KEGG分析结果中，总还是有人分不清例如K01000和ko01000这样的编号的生物学意义，下面我给大家...