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问题 IGV的bam文件如何获得

老师,您好,请问一下我想在windows版本的IGV中导入谷子的基因组,请问谷子的bam文件怎么获得呢? 谢谢老师!

文章 生物信息学分析,Skill推荐清单

...前整理数据,还是在为论文和报告反复打磨,生物信息学分析的底色就是一个字:多。数据多、工具多、要查证核实的细节多,每一步都能糊弄。 上一篇文章介绍了通用的装机必备Skill清单。这一期,聚焦于生物信息学分析...

问题 获取选择区域的基因

老师您好,在GWAS分析后是基于SNP附近10K获取相关的基因,那么选择清除分析需要吗?脚本里两个是有区别的。 #筛选候选区域基因 ################################################## cd  $workdir/05.select_sweep #以Fst top 5%的区域作为候选区域...

文章 gdc-client 下TCGA数据

...话,可以学习我们的TCGA相关课程。 《TCGA-基因差异表达分析》 《TCGA-生存分析》 《TCGA-转录因子调控》 《TCGA-ceRNA调控网络分析

问题 MEGAX 比对后的gaps删除

老师您好! 现在用MEGAX建树,在比对完成后能像以前版本的mega,直接手动选中要删除的位置。请问应该如何手动删除gaps?

问题 CNV拷贝数变异

老师您好,我在按照课程进行CNV拷贝数变异分析时,在CNV结果可视化这一步报了如下图错,plotrdbaf.py 的第 51 行,该行代码似乎试图对一个 'TObject' 对象进行迭代操作,但是 'TObject' 对象支持迭代,该怎么解决呢?

问题 泛基因家族成员鉴定

老师,在泛基因家族分析中,家族成员鉴定部分,得到了112个基因型的所有成员,并经NCBI等网站验证结构域后得到了可靠成员列表直接相加就可以吗,需要去冗余吗?cat *.WRKYgene.list > maize.WRKYgene.list

文章 漫威英雄人物的基因改造,离我们还远吗?

...工合成,在基因敲除成功后,对测序结果进行基因表达谱分析、染色体DNA拷贝数统计等,最终实现从sgRNA设计、合成到功能分析的一体化服务。 目前定制人类全基因组CRISPR-Cas9文库筛选服务,还可免费使用人类全基因组gRNA敲除/...

文章 biolinux导入虚拟机后启动报错,报错信息返回代码:E_FALL(0x80004005)

...下: 1. 文章越来越难发?是你没发现新思路,基因家族分析发2-4分文章简单快速,学习链接:基因家族分析实操课程 2. 转录组数据理解深入?图表看懂?点击链接学习深入解读数据结果文件,学习链接:转录组(有参)...

文章 envfit()的线性拟合:非约束排序(PCA、CA、PCoA、NMDS)

...A、NMDS)中被动拟合解释变量在R中的实现方法在群落排序分析中,若我们想在排序图中尽量展示最大的物种矩阵的变差(variation)的同时,又想展示出环境变量(即解释变量);或者当我们在约束排序(如使用RDA、CCA等)中发现...

文章 使用Mfuzz进行转录组基因表达模式聚类分析

Mfuzz是用来进行同时间点转录组数据表达模式聚类分析的R包,使用起来非常方便,直接输入同样本归一化后的counts或者FPKM及TPM值就可进行聚类。输入文件的格式很简单: 输入数据: 行为基因,列为样本,保存为制表符...

问题 到amazing super circos

我的TBtools版本显示的是v0.665,version显示的是最新,可是找到amazing super circos这一项,只有amazing simple circos

问题 eggnog_file_process.r好像就是将同一功能下同基因直接相加

...t;- unlist(strsplit(df$GID[i], ";"))   # 在cf表格的第一列中查找匹配的行索引   match_rows <- cf$X.ID %in% element_vector   match_data <- cf[match_rows, -1]   # 计算结果并转置为数据框   result <- as.data.frame(t(colSums(match_data)))   # 将结果与df...

文章 Biopython之序列输入

...下: 1. 文章越来越难发?是你没发现新思路,基因家族分析发2-4分文章简单快速,学习链接:基因家族分析实操课程 2. 转录组数据理解深入?图表看懂?点击链接学习深入解读数据结果文件,学习链接:转录组(有参)...

问题 老师好,我的structure分析输出为空的,下面是我的基因组gff文件基因的id名字后面还有外显子内含子等等 get_gene_exon_from_gff.pl

老师,下面是我(第二张)打开TNF_domain_new_out_removed_redundant.txt时的情况 第三张是我的TNF基因ID 第四张是那个脚本 我知道问题出在哪里,麻烦老师帮忙解答一下