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文章 seqkit计算基因组大小

...简单快速,学习链接:基因家族分析实操课程 2. 转录组数据理解不深入?图表看不懂?点击链接学习深入解读数据结果文件,学习链接:转录组(有参)结果解读;转录组(无参)结果解读 3. 转录组数据深入挖掘技能-WGCNA,...

文章 PLoS One好投吗?听说必须要提供WB原始数据

...场调查等都有自己严格的标准; 2,所有PLoS手稿必须包含数据公开性声明,还建议作者在出版前将其数据提供给公共数据库; 3,从2018年开始,开启“大撤稿模式”,2019年上半年已经撤稿20多篇,预计未来投稿会更严。 所以,PLo...

文章 Perl语言里面$.代表什么意思

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文章 蛋白质组与转录组的关联分析如何做?

...找某些关键的代谢通路或者调控因子; 3、对于一些蛋白数据库不完整的物种,通过转录组数据构建蛋白质库,可以大幅度提高蛋白质的鉴定数。 然后,材料选取上需要注意什么? 根据研不同的究目的,选取不同处理的样本...

文章 下载TCGA临床信息中的用药信息

...ers/zhangqiuxue/Downloads" # 设置需要下载癌症对应的project 和数据类型 project <- "TCGA-GBM" data_category <- "Clinical" data_type <- "Clinical Supplement" legacy <- FALSE file_type = "xml" # 设置工作目录 setwd(work_dir) # 下载临床数据的结果 DataDirector...

文章 Nature Medicine同期8篇论文,聚焦人工智能在医学领域的应用

...l;单位:Scripps研究所 通过在所有部门中使用标记的大数据以及显著增强的计算能力和云存储,已经实现了人工智能的使用,特别是深度学习。在医学方面,这开始在三个层面产生影响:对于临床医生来说,主要是更快速、准...

文章 小麦MADS-box基因家族文章 new phytologist(7分)

...DS-box通常有两个保守的结构域:MADS和K结构域所对应的pfam数据库中的号分别为:PF00319 and PF01486,作者利用pfam号在小麦基因组中查找MADS-box家族基因,一共鉴定出201个 M-I-K-C 家族成员。家族成员根据进化树分成15个亚类,同时也添...

问题 请问你通过利用NCBI下载sra数据提取自己想要的基因表达量做出来了吗?可以分享一下操作流程吗?万分感谢!

问题 扩增子分析去除引物序列,怎么看自己的序列数据是否去除了引物,如果不知道引物序列,不去除对于结果的影响会很大吗

问题 想咨询一下,我有1批宏基因组数据,可不可以样本对半,分成2次进行

在去宿主那一步,生成bowtie.sam和fin.sam文件的时候,可不可以分别做2个,就是因为测序批次问题,可不可以分开2次进行去宿主生成.sam文件,然后前后2次所有的文件放在一个文件夹里,一起进行下一步? 还有,组装的时候,可...

问题 老师,合并后的VCF文件,现在有几品种不想要了,如何从总的VCF文件中删除这几个品种的数据

文章 BUSCO评估基因组组装和完整性详解

...或者不包含等等情况来给出结果。 BUSCO 软件根据OrthoDB 数据库,构建了几个大的进化分支的单拷贝基因集。将转录本拼接结果与该基因集进行比较,根据比对上的比例、完整性,来评价拼接结果的准确性和完整性。 下载与安装...

问题 TCGA数据下载后保存出错

> GDCdownload(query = query, +             directory = DataDirectory) Downloading data for project TCGA-STAD GDCdownload will download 407 files. A total of 105.663384 MB Downloading as: Sun_Aug__5_19_35_20_2018.tar.gz Downloading: 110 MB     >  > # 保存结果,方便后...

文章 vcftools随机抽取指定个样品

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文章 Python中运行时出现SyntaxError报错

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