文章 下载TCGA临床信息中的用药信息

...ers/zhangqiuxue/Downloads" # 设置需要下载癌症对应的project 和数据类型 project <- "TCGA-GBM" data_category <- "Clinical" data_type <- "Clinical Supplement" legacy <- FALSE file_type = "xml" # 设置工作目录 setwd(work_dir) # 下载临床数据的结果 DataDirector...

问题 请问你通过利用NCBI下载sra数据提取自己想要的基因表达量做出来了吗？可以分享一下操作流程吗？万分感谢！

问题 扩增子分析去除引物序列，怎么看自己的序列数据是否去除了引物，如果不知道引物序列，不去除对于结果的影响会很大吗

问题 想咨询一下，我有1批宏基因组数据，可不可以样本对半，分成2次进行

在去宿主那一步，生成bowtie.sam和fin.sam文件的时候，可不可以分别做2个，就是因为测序批次问题，可不可以分开2次进行去宿主生成.sam文件，然后前后2次所有的文件放在一个文件夹里，一起进行下一步？ 还有，组装的时候，可...

问题 老师，合并后的VCF文件，现在有几品种不想要了，如何从总的VCF文件中删除这几个品种的数据

文章 Nature Medicine同期8篇论文，聚焦人工智能在医学领域的应用

...l；单位：Scripps研究所 通过在所有部门中使用标记的大数据以及显著增强的计算能力和云存储，已经实现了人工智能的使用，特别是深度学习。在医学方面，这开始在三个层面产生影响：对于临床医生来说，主要是更快速、准...

文章 小麦MADS-box基因家族文章 new phytologist（7分）

...DS-box通常有两个保守的结构域：MADS和K结构域所对应的pfam数据库中的号分别为：PF00319 and PF01486，作者利用pfam号在小麦基因组中查找MADS-box家族基因，一共鉴定出201个 M-I-K-C 家族成员。家族成员根据进化树分成15个亚类，同时也添...

问题 TCGA数据下载后保存出错

> GDCdownload(query = query, +             directory = DataDirectory) Downloading data for project TCGA-STAD GDCdownload will download 407 files. A total of 105.663384 MB Downloading as: Sun_Aug__5_19_35_20_2018.tar.gz Downloading: 110 MB     >  > # 保存结果，方便后...

文章 BUSCO评估基因组组装和完整性详解

...或者不包含等等情况来给出结果。 BUSCO 软件根据OrthoDB 数据库，构建了几个大的进化分支的单拷贝基因集。将转录本拼接结果与该基因集进行比较，根据比对上的比例、完整性，来评价拼接结果的准确性和完整性。 下载与安装...

问题 诱变材料且以自交M6代，可不可以采用 QTL-seq 的方法来定位到基因？

...tmap 方法需要自交，所以感觉比较费时间，而 QTL-seq 可以筛选到表型后直接混池测序，所以想搞清楚，如果是诱变材料，且诱变材料也自交了M6/M7代 可不可以 用 QTL-seq 分析？为什么？静等老师回复，非常非常感觉您的帮助！

文章 vcftools随机抽取指定个样品

...简单快速，学习链接：基因家族分析实操课程 2. 转录组数据理解不深入？图表看不懂？点击链接学习深入解读数据结果文件，学习链接：转录组（有参）结果解读；转录组（无参）结果解读 3. 转录组数据深入挖掘技能-WGCNA，...

文章 Python中运行时出现SyntaxError报错

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文章 uniref50 数据库下载及格式化

#wget -c https://ftp.uniprot.org/pub/databases/uniprot/uniref/uniref50/uniref50.fasta.gz wget -c https://ftp.uniprot.org/pub/databases/uniprot/uniref/uniref90/uniref90.fasta.gz #wget -c https://ftp.uniprot.org/pub/databases/uniprot/uniref/uniref100/uniref100.fasta.gz #gunzip *gz #wget https://...

问题 单细胞测序数据分析时，修改seurat对象的Idents，并添加细胞类型信息到metadata中，并增加mycelltype列时，增加不上

单细胞测序数据分析时，修改seurat对象的Idents，并添加细胞类型信息到metadata中，并增加mycelltype列时，增加不上，Rscript $scripts/seurat_add_celltype.r -i $workdir/04.seurat_integrate/pbmc.rds \   -c celltype.tsv  -p pbmc.added.celltype   -n mycelltype，tsv...

文章 ggplot2 笛卡尔坐标系x、y轴互换

...因家族分析实操课程、基因家族文献思路解读 2. 转录组数据理解不深入？图表看不懂？点击链接学习深入解读数据结果文件，学习链接：转录组（有参）结果解读；转录组（无参）结果解读 3. 转录组数据深入挖掘技能-WGCNA，...