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文章 熊猫全基因组研究进展

...,从第一个大熊猫基因组发表,到对大熊猫的基因组特征分析、比较基因组学、群体规模变化等相关的新科学研究进展。   正文 1.    大熊猫保护难题        大熊猫(Ailuropoda melanoleura)在生物分类学上属于哺乳纲、...

问题 OUT分析速度太慢

老师您好!我每次进行下图中OUT分析时,速度特别慢,我改用了blast分析(可能是速度慢的原因之一),同时我的qiime.fasta数据差多是在300M(和老师教案中大小差多),但是我速度太慢了,跑了将近一整天都跑出来,也...

问题 GO和KEGG富集分析keytype选择?

keytype填ensembl,出现这样的提示,知道什么原因啊?老师,填“TAIR”和“ENTREZID”都这样提示,

问题 宏基因组分析老师上课的内容。

为什么做这步的时候说我的路径存在???  需要怎么处理啊?删掉重新做吗?昨天下面这步没做上,今天做的。

问题 转录组数据分析(绘制KEGG通路)

水稻转录组数据绘制KEGG通路,显示 按照如下格式输入:(查找物种时,网页始终无法显示,水稻选osa知道对对,或者gene ID有问题)

文章 RDA CCA 分析

扩增子分析课程推荐:https://study.omicsclass.com/index 典范冗余分析(Redundancy analysis, RDA) 多个解释变量如何解释多个响应变量---用RDA分析 分析步骤     ①Y, X矩阵都是中心化后的响应/解释变量矩阵     ②Y矩阵中每个响应...

问题 WGCNA分析中,模块保守型分析需要两类样本的基因数目一致么

在官方示例中,进行模块保守性检测,作者用了3600个雄鼠基因和雌鼠的3600个基因。我有两类样本,每一类样本都进行了WGCNA分析,若这两类样本基因数目一致,还能进行模块保守型分析么?

问题 ITS测序的OTU聚类分析

老师您好!在进行ITS分析部分,我需要获得“rep_set.tre”文件进行alpha多样性分析(虽然您课程讲解了建议生成该文件),但是出现了下图的报错(数据库我已经换成了unite),只生成了biom文件但是没生成“rep_set.tre”,请问是...

问题 物种间的共线性分析

老师我做完图之后下面的物种为啥有两条染色体特别短,基本上显示,但是他们的长度和其他的没有很大差别,是因为他们两条和另一个物种的没有相似的基因,所以长度都默认变小了吗

文章 LTR_HARVEST的并行软件LTR_HARVEST_parallel

...etools/genometools (github.com) LTR_retriever: 一个更加准的LTR整合分析工具 - 简书 (jianshu.com)

问题 泛基因家族分析数据准备

老师您好,我运行了这个    cat ../id.txt|while read ind;do ln -s ../data1/${ind}.fa ./ ln -s ../data1/${ind}.gff ./ done 结果如图所示,请问软连接成功了吗?我看和课程一致,课程有文字是高亮的。

问题 泛基因家族分析-SV和表达量

老师,我要绘制这个图。现在我知道SV类型,我看demo中06文件的All.final.sv明确指出了SV,而我的文件是这样的

文章 Kaplan-Meier生存分析中三种检验方法(log-rank、breslow、tarone)的比较

在Kaplan-Meier生存分析中有三种检验方法:log-rank、breslow、tarone。有时候会出现三种检验方法结果一致的情况,到底取哪一个结果呢?        总的来说,这三种假设检验的方法都和属于卡方检验的方法,都需要计算各观察时...

问题 群体遗传分析数据过滤

请问老师,公司给返回的SNP 结果里SNP 和indel是2个文件,merge.SNP.gz, merge.indel.gz,处理merged.SNP.gz的时候还需要运行过滤indel附近的snp这一步吗?我试了一下merge.SNP.gz过滤前39G, 过滤完了还剩22G了,知道这个结果对

文章 gnomAD人类变异数据库

...基因组测序数据,并面向全世界免费开放。在它的第一个版本中,只包含了外显子测序的数据,称为Exome Aggregation Consortium(ExAc)。 官方网址如下: http://gnomad.broadinstitute.org/about     https://macarthurlab.org/2018/10/17/gnomad-v2-1/ 目前最...