问题 请问一下你们在动植物比较基因组中准备数据中使用的代码脚本运用到哪个软件，具体操作是什么？？

问题 老师您好，我按照课程提取NAC基因家族成员的domain序列后，MEGA比对显示没有找到共同的位点，没办法做进化树。用TBtools进行快速修剪后依然不行。我就用CDD去验证成员的domain序列，结果显示我的domain序列提取应该是没问题的。不知道这是由什么引起的呢，麻烦老师解答一下。

问题 想问下用ADMIXTURE进行群体结构分析后，用课程提供代码可视化的时候，一直出现如下图的报错是怎么回事儿?输入文件的P,Q,nosex文件都检查了，没发现哪里的问题，之前其实也做过同样的分析，没有出现问题。这次只是数据量和个体数不同。应该怎么办？谢谢大家。

问题 老师你好我在做WGCNA分析时，将癌症样本定义为1，癌旁样本定义为0，同样的代码都是把表型文件以及表达文件以CSV格式输入但是，用另外一组数据出来的结果得到的是性状与模块相关性热图上P值和相关性值全是NA

我去查询了网上的相关资料发现有人建议把输入的表型文件的内容数值化但是结果还是不行不知道哪里出了问题，请问老师这的确是输入文件的原因么

文章 为考研有多拼？——这位医学生给自己扎针醒脑！

...，为临床做准备。” 这么硬核的吗？ 这难道就是传说中的悬梁刺股？ 嗯，这位小哥学以致用，是个狼人! 当然也有学医的同学小声表示：这是小case，我们平时都是扎自己练手的。。。。 虽然是很拼，但这位同学是专业...

文章 谷歌学术搜索可以用了（免费，不用翻墙）google scholar

...百度搜搜中文还好，对于英文文献的搜索还是不尽人意，用过谷歌学术的人都会觉得好用。 不废话了，直接介绍访问谷歌学术最最最简单的方法。 这里的方法很简单，我们只要在浏览器上安装一个插件：ghelper 谷歌访问助...

问题 NJ法和ML法建树大大不同

用NJ法可以建出来树，用ML法建不出来或者支持率几乎都为0是怎么回事呢

文章 顺式作用元件分布图绘制

...下：共4列组成，第一列是基因ID，是对应基因骨架BED文件中72个基因ID；第二、三列是每个顺式作用元件起止位置，第四列是相应顺式作用元件名称，不感兴趣的顺式作用元件可在生成图片后进行选择性展示：（部分展示） 3. ...

问题 在基因家族分析中的顺势作用元件分析中有几个差不多的元件是不是一个元件

请问这三个元件是不是都是ABRE元件啊，还是三种不一样的元件

问题 三代转录组做基因注释的课程

我此前用三代测序组装了一个基因组，现在想用三代测转录组做基因注释，请问有相关课程吗？

文章 linux中sed 替换

sed命令可以直接替换文件中的内容其用法如下： sed -i 's/A/a/g' file.txt 参数-i 会在源文件中直接替换，所以要确定后在使用此参数。 s表示替换，后通常跟正则表达式。 该命令会按行替换文件中所有的A，如果只想对文件中的某...

问题 动植物基因组注释问题中重复序列注释的问题

上次提到了提供的docker的images中没有找到repeatmasker的数据库RepeatMaskerLib.h5的问题。紧接着我发现流程中的famdb.py脚本也找不到，这个脚本我再课程提供的脚本文件夹中中没找到，同时我在docker的镜像中也没找到。是不是和RepeatMask...

问题 请问老师，gff 文件中有id 信息，但是cds 文件中只有转录本信息，如何进行修改课程脚本，进行cds 提取啊！

问题 Rstudio读不出文件中的数据

按照图片中的代码输入文件数据，能够读出dim（FPKM）和names（FPKM）。但是datExpr0命令之后是显示一串空白之后，显示omitted 30 rows（即全部数据都没读出来）。我是把excel表格中的所有数据复制，直接粘贴到新建的txt文件中的，...

问题 测序文件中提取基因序列

从公共数据库中的下载的二代基因组测序文件（双端测序：.fastq_1，.fastq_2文件），下载后多个样本后，如何从这些测序文件中提取特定某个基因序列信息进行后续分析特异性分析。