问题 基因家族鉴定

老师你好，我所鉴定的基因对应的物种的基因注释文件有1.2和2.0版本的，我用2.0版本的进行鉴定可以得到八十多条基因，但是用1.2版本的去鉴定用同样的方法却得到几百条基因，这是什么原因呢？

问题 TCGA基因表达文件中样本名称和临床资料中的样本名称不一样，如何对应？

基因表达文件中样品名称的格式是“TCGA-QH-A86X-01” 临床资料中样本名称格式是：“TCGA-MP-A4TD”

文章 三代全长转录组鉴定红花黄酮类次代物合成相关相关基因-附原文献下载！

...植物，具有活血化瘀，散湿去肿的功效，是一味传统名贵中药材。 目前红花基因组测序应该已完成，但精细基因组序列及文章仍未公开，网上仅有红花基因组草图（文章链接：https://www.researchgate.net/publication/303551846_Genetic_Mappin...

问题 基因家族提取用hmmsearch --domtblout result.txt --cut_tc zf-C2H2.hmm Fvesca_226_v1.1.protein.fa 时提示 Failed to open tabular per-dom output file result.txt for writing

我用Bio-Linux-8.0.7.2018.10.31可以运行这一步，但Bio-Linux-8.0.7-2019.3.20这个版本运行出现上的提示，请老师指导

文章 癌症和肿瘤基因图谱（TCGA）计划简介

...研究计划，它以人类基因组计划的成果为基础，研究癌症中基因组的变化。与HGP专注于疾病的遗传因素（与生俱来）不同，TCGA更关心人类出生后细胞中的基因变化（后天变异）。大部分癌症在威胁到健康之前都会产生几种体细...

问题 下载srr文件

https://www.omicsclass.com/article/1703      用链接的方法下载srr， “data assess下面的数据可以直接复制链接到迅雷下载”，但是那个链接用迅雷和edge浏览器根本打不开，是什么原因呢？

问题 想问一下大家做蛋白质谱搜库分析的时候用maxquant我原始文件是wife.scan格式的不是raw格式的用此软件可以吗，因为看到在选项里面是有wiff的，但是我发现最后性能那里不能得到结果，显示报错，想问有没有大神可以解答一下呀多谢多谢

文章 怎么做一张好看的分类学树状图

...hg@bitbucket.org/nsegata/graphlan 然后将路径添加到bash配置文件中，之后就可以使用了。命令如下： export PATH=`pwd`/graphlan/:$PATH GraPhlAn 主程序 GraPhlAn有两个主要的脚本： graphlan_annotate.pygraphlan.py 其中第一个（graphlan_annotate.py）用于将...

问题 circos圈图参数——热图

请问画圈图时，用热图表示，用颜色的深浅来表示数值的大小，这个要怎么设置，图例要怎么设置。还有怎么改变其中一个圈的宽度

问题 windows中git bash中运行R代码无权限安装

  'lib="C:/Program Files/R/R-4.0.3/library"'不可写

问题 利用getGEO函数下载GSE数据时提示“Error in open.connection(x, "rb") : cannot open the connection”下载GDS，GPL和GSM都是正常的。

我就觉得奇怪了，下载GDS.GPL和GSM的时候都是正常的，就是这个GSE下载不了，就这样提示，谢谢！

问题 你好，请问你是做无参转录组基因家族分析吗？我想请问下，你做基因家族成员鉴定时，用的哪个文件，我看到那个课程里用的是蛋白质序列，但是我的转录本unigene里面是核苷酸序列，请问你是用什么文件做的基因家族成员鉴定呢？

无参转录组基因家族成员鉴定

问题 uscs xena

请问老师，在ucsc xena 中的HTseq counts这个下载的是read counts值嘛？如果不是的话，能转换成read counts 值嘛，或者说如果要用这个进行下游差异分析的话，要用什么R包呢，DESeq 2 可以吗？

问题 老师好！有个问题想请教一下: 之前选做的几个基因是根据旧版数据库里的CDs序列克隆的，现在数据库更新了，要求用新版数据库，但是新旧版数据库ID对不上，遇到这种怎么办呀？（基因数量比较好多，没办法一个一个blast来比对）

问题 R语言分析GEO数据，您好老师，19年参加培训的时候就是用的R3.6.1，自己运行出现如下报错

> boxplot(AffyBatch,col = cols,xaxt="n") Error in getCdfInfo(object) : Could not obtain CDF environment, problems encountered: Specified environment does not contain HuRSTA-2a520709 Library - package hursta2a520709cdf not installed Bioconductor - hursta2a520709cdf not available > options(Bi...