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文章 进化树构建的方法及原理详解

...。有根树反映了树上基因或蛋白质进化的时间顺序,通过分析有根树的树枝的长度,可以了解同的基因或蛋白质以什么方式和速率进化。而无根树只反映分类单元之间的距离,而涉及谁是谁的祖先问题。做有根树需要指定外类...

文章 O2PLS-DA分析

两组学数据的正交偏最小二乘法判别分析(2-way orthogonal Partial Least Square with Discriminant Analysis ) O2PLS 模型用于两个数据组间的整合分析,包括系统生物学组学间关联、分子调控机制-表型间关联等各种大数据组的内在联系都可通...

文章 GATK SPARK 环境安装 加速GATK

...run-example SparkPi # 测试Pi 计算 3.设置 spark java环境; 版本要太高,23 会报错 cp conf/spark-env.sh.template conf/spark-env.sh #添加下面的行export SCALA_HOME=/share/biosoft/scala/bin/export JAVA_HOME=/share/biosoft/java/jdk-17.0.9/export SPARK_HOME=/share/bioso...

问题 老师好,在基因家族分析circos制图时,老师的文件是拟南芥的5条染色体,我的物种有9条染色体,请问这个文件需要怎么修改?

circos最后一步绘图的config2.txt文件,我的染色体是C01开头。图中我已经把拟南芥的1.2.3.4.5改为C01.C02.C03.C04.C05(括号内)。还需要重新添加C06-C09吗?添加的话,最后结果文件中6-9号染色体都是灰色的,并且没找到我的目标基因id...

文章 perl数学函数

...下: 1. 文章越来越难发?是你没发现新思路,基因家族分析发2-4分文章简单快速,学习链接:基因家族分析实操课程 2. 转录组数据理解深入?图表看懂?点击链接学习深入解读数据结果文件,学习链接:转录组(有参)...

文章 零假设与备择假设

...检查人有病’作为原假设就恰当了。 假设检验是统计分析的一种重要方法,正确的理解假设检验过程中由于更换原假设与备择假设所引发的结论的差异,对于我们理解假设检验的思想以及掌握其方法都是十分重要的。只有更...

问题 isoseq3 流程问题

您好,我清楚,最后生成的这些文件都是什么内容。我要用娜个文件 进行后续分析呢? 谢谢您的帮助

文章 敏捷开发——互联网时代的软件开发方式

...计、团队协作、WIKI、共享文件和日历等功能模块,完美匹配整个敏捷开发流程,20人以下团队可免费使用,点击即可免费注册CORNERSTONE。

问题 基因组文件大小

我在Ensembl下了海葵基因组序列,怎么这么小,这是全还是就是小尼,另外基因家族分析时家族成员只有7个可以吗?家族成员数量和文章档次相关吗

文章 qiime2自己建立分类器 greengene

...sifier_sh_refs_qiime_ver8_99_s_all_02.02.2019_ITS.qza) 仓库中的 SILVA 版本为 132,若想使用最新的 SILVA 138 版本可参考:https://github.com/mikerobeson/make_SILVA_db 关于如何手动根据自己的引物建立分类器请参阅:https://github.com/LangilleLab/microbiome_helper...

文章 单细胞转录组-inferCNV拷贝数变异分析介绍

...相关基因的表达促进肿瘤发生。在肿瘤单细胞转录组数据分析过程中,肿瘤细胞类型的注释可通过tumor related marker gene的表达情况(是否高表达)做出判断。而inferCNV可以从拷贝数变异的角度进一步验证肿瘤细胞类型的注释,或者对...

问题 qiime2结果导出

老师您好,我在做扩增子结果导出时,报错   bash: summarize_taxa.py: command not found,是因为镜像是最新版本吗?

文章 什么是MD5

...一下:1. 文章越来越难发?是你没发现新思路,基因家族分析发2-4分文章简单快速,学习链接:基因家族分析实操课程2. 转录组数据理解深入?图表看懂?点击链接学习深入解读数据结果文件,学习链接:转录组(有参)结...

问题 WGCNA数据格式整理

那个性状数据怎么整理,我这有蛋白组学数据,两个样本,每个样本重复3次,然后用实验组与对照组的比值进行分析,但性状数据格式知道该怎么整理

文章 Linux安装细胞器组装软件--GetOrganelle

...b.com/Kinggerm/GetOrganelle/archive/1.7.3.5.tar.gz  #下 GetOrganelle版本为1.7.3.5的软件压缩包tar xzf 1.7.3.5.tar.gz  #软件压缩包解压mv GetOrganelle-1.7.3.5 GetOrganelle  #将文件夹或目录 GetOrganelle-1.7.3.5 更名为GetOrganelle #如果需要GetOrganelle...