问题 我想问下 生信引物设计的课 里面用docker上面的ssr引物设计程序设计出来的引物 是经过E-pcr筛选的吗 我看课里老师介绍了pl文件介绍里面有E-pcr程序 但具体有没有运行呢

问题 请问用TBtools在进行 进化树+基因结构+motif—1张图全显示的时候，只做motif和进化树的组合可以显示,加上基因结构的gff文件就不行了，认为是基因ID不一样导致的。请问gff文件应该是什么样子的啊

这个是三个提交之后的结果 下图是我的gff文件 下图是我试着把ID后面的部分信息删掉之后的gff文件 这样之后还是出不来结果。求指教

文章 一大波三代文章正在来袭！有没有你滴？

Iso-Seq 即是 isoform sequencing， 翻译成中文是同源异构体测序，大家都知道真核生物基因在转录过程中是会发生可变剪接的，即一个基因会产生多种transcript isoforms，生物就是通过这种方式来增加基编码因蛋白的潜能。来源于同一...

文章 教你在线绘制circos图-简单！

...分circos图。 打开后界面如下： 以微生物多样性分析中样品与物种丰度circos图绘制为例，给大家讲解circos图的绘制功能。该图能够很直观的反映各样品中不同物种所占的比例，以及物种在不同分组或者样品中的分布关系。 ...

文章 indel vcf文件转化为SNPT输入文件

...    chomp;        next if(/^##/);        my ($chr,$pos,$id,$ref,$alt,$qual,$filter,$info,$format,@line) = split(/\t/,$_);        if(/^#/){                @sample = @line;                next;        }        my @array = $_=~/\t([\.0123][\/\|][\.0123])/g;     ...

问题 重测序比对

老师好，想问下用华大平台测的二代数据，用bwa mem比对到参考基因组上时，-R参数里的tPL后面该写什么？

问题 基因家族建树

我现在在做一个比较常见的基因家族，然后鉴定的家族成员有点多，这导致我需要用保守结构域建树，想问下老师应该怎么用保守结构域建树。

问题 老师，您好，我用cytoscape conet绘制微生物网络图，用原始biom文件还是txt文件均报错，报错内容为java.lang.NumberFormatException: You did not specify the row and column number of the matrix correctly! 请问是什么原因，

问题 老师，您好，我想请问一下，就是XPCLR计算的时候（老版的），我看你的博文写的（https://www.omicsclass.com/article/1334)遗传距离(可简单的物理距离/100000000)，就是我写论文计算也可以直接用这样简单表示遗传距 吗，还是需要将snp根据遗传图谱呀？

文章 BAT/ 字节跳动 / 拼多多都在抢的数据产品经理，到底什么来头？

...策略方案更具有效率，这样，才能在千千万万的类似企业中生存下去。 那么，企业必然需要慢慢地远离“我觉得吧”、“我感觉”、“可能”、“或者”、“按道理应该”等这种词汇，一切回归到数据中去，让你的决策跟着...

文章 RGB、Lab色彩模型

...L=50时，就相当于50%的黑；a和b的值域都是由+127至-128，其中+127 a就是红色，渐渐过渡到-128 a的时候就变成绿色；同样原理，+127 b是黄色，-128 b是蓝色。所有的颜色就以这三个值交互变化所组成。例如，一块色彩的Lab值是L = 100，a =...

问题 vcftools --gzvcf all.varFilter.vcf.gz --recode --recode-IN.............els |gzip - > clean.vcf.gz这一步输出的vcf.gz文件，用 bcftools query -l clean.vcf.gz | wc -l查看样本名出现报错

Failed to read from clean.vcf.gz: unknown file type 0 这是为什么呢

问题 老师，为什么我在网页上处理好了图，把那个线条变成了第二张图所示的，然后一导出，就变成了第一张图那种线条形状的了，有什么方法能正常导出吗老师？另外就是，我的图只能用这种截断的线条，，那我的标尺需要怎么改呢老师？因为他不是要把正标尺改为负标尺吗？

另外就是，我的图只能用这种截断的线条，，那我的标尺需要怎么改呢老师？因为他不是要把正标尺改为负标尺嘛

问题 在做WGCNA分析时，已经找到最相关的模块，想要用其中的lncRNA和基因根据pearson's correlation coefficients做一个热图（行为lncRNA，列为基因），但是根据 课程的代码并没有看见这部分计算的结果在哪里，不知道这个pearson's correlation coefficients如何计算？谢谢~

文章 当代博士的真实困境：秃头、延毕、论文难发、母胎单身......

... 困境一直都在—— 你一定要明白：读博可能根本改变不了你的人生，反而让你身心俱疲，充满了挫败感，然后与你自己的期望值背道而驰，最后陷入进退两难的境地。 但是，好好读书、获取高学历，依然是目前通向美好未来...