老师，我利用demo数据进行转录组分析。 在尝试将demo的数据，将sam 转换成bam 格式并排序时并没有转换成功。不太清楚哪里出了问题。 我不知道demo数据是否是链特异性文库，所以也就没去设置（RF or FR）。也不会设置。 所以...
现在做转录组测序，看看差异基因，做做富集分析，再讨论下差异基因功能与自己研究性状或处理之间的关系，最后加简单的qPCR验证，这样的数据发SCI影响因子越来越低了。必须增加新的分析内容才能有所突破。今天给大家介...
...加了揭示多态性的机会，而且操作简便，可用琼脂糖电泳分析；在真核生物中，CAPS标记呈共显性，即可区分纯合基因型和杂合基因型；所需DNA的量很少，且对DNA的浓度要求不严格；使用的引物较长，扩增的结果比较稳定且避免...
...列采用的是PE双端测序2： 代表这个序列和参考序列完全匹配，没有错配和插入缺失4： 代表这个序列没有mapping到参考序列上8： 代表这个序列的另一端序列没有比对到参考序列上，比如这条序列是R1,它对应的R2端序列没有比对...
最近在试着用MCScanX做共线性分析，在准备好gff和blast文件，运行MCScanX，结果总是出现如问题所示的结果，两个文件和课程中的文件基本一致，照着网上对下游分析文件夹作了make clean 、ldconfig也只正常一次，看过blast文件中的eva...
...状图，如果发现同一个物种的基因（基因组）的区间可以匹配到多个不同的区间中，这就暗示了该物种经历过基因组的加倍事件。但对于经历过多次全基因组加倍事件的物种来说，后来的加倍事件会加速上一次加倍事件的基因丢...
...文，最重要的是逻辑。逻辑的形成来自对实验数据的总体分析。必须先讨论出一套清晰的思路，然后按照思路来做图(Figures)，最后才能执笔。 3．具体写作时，先按照思路（即Figures）写一个以subheading为主的框架，然后开始具...
...59 注释信息的获取可以进行探针和基因的对应，方便后续分析。通过exprs()、pData()和fData()获得的数据都可以利用write.table等进行文件保存。 利用GDS Accession GDS数据同样可以利用getGEO()函数下载soft文件。例如GDS5881： > gds = getGE...
...下： 1. 文章越来越难发？是你没发现新思路，基因家族分析发2-4分文章简单快速，学习链接：基因家族分析实操课程 2. 转录组数据理解不深入？图表看不懂？点击链接学习深入解读数据结果文件，学习链接：转录组（有参）...
R语言中的Cox模型分析 单变量Cox回归 library("survival")library("survminer")res.cox <- coxph(Surv(time, status) ~ sex, data = lung) summary(res.cox)res.cox <- coxph(Surv(time, status) ~ sex, data = lung)summary(res.cox) summary的结果： Call:coxph(formula = Surv(time, sta...
如果我是对GEO/TCGA的某癌症的 性别 做差异分析，得到的差异基因，可以用这个视频中的脚本做转录因子的预测吗？还是说只能脚本只能用在TCGA的 癌组织 vs 正常 得到的差异基因， 其他的比较类型不适用？
...者从网络上下载到的原始数据,fq文件,那我们如何使用r来分析这些数据呢?很多同学做单细胞,对于矩阵的读取没啥问题,但是空间转录组多了一个图片,那如何处理呢 fq数据 fq数据直接用肯定不行,需要借助软件spaceranger进行预处...
基因家族分析发表SCI想必大家都耳熟能详了，1-3分的SCI还是比较好发的，但是要想发高分或者比较好的期刊，文章越来越难发？是你没发现新思路，基因家族分析发2-4分文章简单快速，学习链接：基因家族分析实操课程，仅仅做...
老师，您好！我尝试跟着教程执行docker pull omicsclass/pan-gene-family:v1.0命令行时根本下载不了镜像，请问一下您可以发一份本地版本镜像文件吗
...看论文都写了哪些内容。 1. 玉米螟为害后叶片转录组分析 作者分别取玉米螟为害后0, 2, 4, 12和 24 h后玉米叶片进行转录组测序分析，对5个时间点样本转录组基因表达水平PCA分析发现0h和2-, 4-, 12- 和 24-h样本明显分离（图a）...