文章 库文件位置问题

... 15 Execution halted 在qsub投放任务时遇到报错，提示没有这个libudunits2.so.0库文件，但自己手动跑这个任务是可以的，很奇怪 ，不过locate 这个库发现在usr/lib64里，这就是问题所在，不同节点的有几个目录是不同的，比如和这个/usr...

文章 Excel数据分析技巧之方差分析

...得出的均方，F值为两个均方的比值（效应项/误差项），P值为显著性。 以上就是使用Excel 2010软件进行单因素方差分析方法的介绍。在“网易云课堂”上搜索“组学大讲堂”有更多精彩教程视频供您观看学习，亦可点击“阅读原...

文章 基因组Hic挂载AGP文件格式说明

...end) 4. 该段序列在大片段上的编号(part_number)     一般一个大片段由多个小片段和gap组成。此处则为这些小片段和gap在大片段上的编号。 5. 该段序列的类型(component_type)     常用的是W、N和U。W表示WGS contig；N表示指定大小的gap...

问题 老师运行“ls aln_out/*.cds_aln.fasta |while read a;do sed -r 's/([A-Za-z]+_[A-Za-z]+)_.*/\1/g' $a > $a.renamed;done”后得到的结果single_copy.cds_msa.fasta是空的文件夹是空的，但是提取pep序列运行是正确的，这怎么解决呀

问题 请问转录组测序得到的同一基因序列在不同数据库得到的注释为什么不一样？

我做转录组测序，结果中有2个基因序列，它们在NR库中得到了相同的注释（gb编码相同），在Swissprot中得到的注释却不同。能解释一下数据库比对的原理吗？为什么会出现这种现象？

文章 对R包的操作（查询、版本、更新等）

...，涉及从包的安装、查询、更新、卸载等等。这里介绍几个常见的操作 1、安装 install.packages()（括号内指定包的名字）         可以指定具体的安装路径和包的下载链接 2、加载 library()或require() (括号内指定包的名字） 3、包...

问题 IBD计算

计算IBD 时，找不到cibd.py这个脚本， python3: can't open file '/work/script/cibd.py': [Errno 2] No such file or directory python3: can't open file '/work/script/cibd.py': [Errno 2] No such file or directory python3: can't open file '/work/script/cibd.py': [Errno 2] No such file or dire...

问题 是否可以将同源聚类的结果命名成TPS1/2/3

课程中是用数量进行的TPS1/2/3命名，但是我感觉这个对研究命名好像没有什么意义，听课程里老师也是这么说的，因为是泛基因组中的，我按照别的问答中老师说pan.list用同源聚类，这个是26个玉米基因组中的TPS，我是否可以按照...

文章 Pacbio Sequel 下机数据介绍

Pacbio Sequel 下机数据， 一般包括如下几个数据： m54134_180724_220656.scraps.bam m54134_180724_220656.subreads.bam m54134_180724_220656.scraps.bam.pbi m54134_180724_220656.subreads.bam.pbi m54134_180724_220656.baz2bam_1.log m54134_180724_220656.sts.xml m54134_180724_220656.subreadset...

问题 所有基因都只含一个相同的结构域，没有其他结构域了，这正常吗？

...基因家族的HMM模型，搜索物种的蛋白质数据库，得到了10个该基因家族的基因， 但是拿到ncbi和pfam去做蛋白质结构域检测，发现，这10个基因的结构域除了都只含有同一个结构域，没有包含其他的结构域了，这正常吗？ 是我在...

问题 tassel新报错，求老师们看一下[Thread-8] ERROR net.maizegenetics.plugindef.AbstractPlugin - Index 0 out of bounds for length 0

....matrixalgebra.Matrix.DoubleMatrixFactory - TasselBlas library for system-specific BLAS/LAPACK not found. Using system-independent EJML for DoubleMatrix operations. [Thread-8] INFO net.maizegenetics.pipeline.TasselPipeline - net.maizegenetics.analysis.association.FixedEffectLMPlugin: time: Aug 15, ...

文章 Excel多数据数值运算

...。接着右键，点击选择性粘贴。 在选择性粘贴里面有个运算，选择里面的加 最后，所有的数据就会加上100,000,000了。 此外，我们在网易云课堂上有各种教学视频，有兴趣可以了解一下： 1. 文章越来越难发？是你没发...

文章 Win10家庭版也可以装Docker桌面版了！

...使用教程（包括推文和视频教程）。然而，由于大多数的个人电脑系统是win10家庭版系统，这就导致无法安装Docker Desktop版本，只能选择安装步骤繁琐的Toolbox版本。为了解决这个问题，小编测试并运行成功了一个可以在win10家庭...

问题 重测序

...，我重测序call SNP 的时候用并行命令运行 nohup ParaFly -c  gatk.sh -CPU 4 > gatk.sh2.o& ，每条命令是gatk --java-options '-Xmx100g' HaplotypeCaller -R /work/ref/GCF_001704415.2_ARS1.2_genomic.fna       -I /work/3.map/result/SRR1999390.sorted.dedup.bam     -O SRR1999...

文章 tassel PCA报错

...为输入，先使用tassel生成距离矩阵： run_pipeline.pl -Xmx200G -fork1 -h hapmap.ordered.hmp.txt -DistanceMatrixPlugin -endPlugin -export DistanceMatrix -runfork1 然后运行MDS： run_pipeline.pl -Xmx200G -fork1 -importGuess DistanceMatrix.txt -MultiDimensionalScalingPlugin -endPlugin...