问题 请问在自己进行手动比对鉴定基因家族的时候最正确的做法是什么？

...对结果最好的还是都提取出来最后比对完再删除呢？还有个问题就是genewise比对以后需要手动去找起始、终止密码子吗？我看文章里有的没找，但是有的列出来的基因家族都是有起始和终止密码子的。

文章 read.xlsx读取Excel文件

...过程会同时安装成功"xlsxjars","rJava") install.packages("xlsx")library('xlsx')library('xlsxjars')library('rJava') 准备的数据文件read.xls涉及两个sheet > sheet1 = read.xlsx("read.xls",1) ##sheet对应第一个> sheet1 Samples Num1 A 12 B 23 C 3 > ...

问题 进行阿尔法多样性分析是报错

for i in  goods_coverage  observed_species PD_whole_tree  shannon simpson;do        alpha_compare_stat.r -i alpha_div_index.txt --index $i \             --group Group -f $fastmap -o alpha_diversity_stat         alpha_compare_plot.r -i alpha_div_index.txt -I $i -f $fastmap   \ ...

文章 植物转录因子调控分析

今天介绍一个植物的转录因子调控的综合性分析网站plantregmap，该网站的功能非常的强大，其主要功能包括如下： 1. 植物转录因子预测    输入蛋白序列或者核酸序列即可对是否是转录因子进行预测，如果是转录因子，会对转...

问题 想问下用ADMIXTURE进行群体结构分析后，用课程提供代码可视化的时候，一直出现如下图的报错是怎么回事儿?输入文件的P,Q,nosex文件都检查了，没发现哪里的问题，之前其实也做过同样的分析，没有出现问题。这次只是数据量和个体数不同。应该怎么办？谢谢大家。

问题 老师你好我在做WGCNA分析时，将癌症样本定义为1，癌旁样本定义为0，同样的代码都是把表型文件以及表达文件以CSV格式输入但是，用另外一组数据出来的结果得到的是性状与模块相关性热图上P值和相关性值全是NA

我去查询了网上的相关资料发现有人建议把输入的表型文件的内容数值化但是结果还是不行不知道哪里出了问题，请问老师这的确是输入文件的原因么

文章 VI、VIM用什么命令跳到文件头和文件尾

...不是小写的L 方法二： 非编辑状态下：英文格式，输入gg 跳转到文件头 2.跳转到文件尾 方法一： 非编辑状态下：输入冒号(:)，之后输入$方法二：非编辑状态下：按Shift+g 跳转到文件末尾方法三：非编辑状态下：英文格式，...

问题 cafe做基因家族扩张和收缩，报错Failed to initialize any reasonable values

...么原因？是因为我选的物种差异太大的原因么？选择的9个物种都是同一个门的物种。请问有什么解决办法么？

问题 基因家族分析共线性的时候没有大片段复制的基因对 正常吗

...根据docker课程学习基因家族，做自己的物种，共鉴定到22个HSP70基因，，到MCScanX的时候，使用excel的vlookup函数，找到一对串联重复的基因，但是没有大片段复制的基因，作图时也没有红色的线条，，，使用脚本perl /biosoft/MCScanX/MCS...

文章 samtools之index

必须对bam文件进行默认情况下的排序后，才能进行index。否则会报错。 Usage: samtools index <in.bam&gt; [out.index] Options:    -b    Generate BAI-format index for BAM files[default]    samtools index -b xx.bam  建立索引后将产生后缀为.bai的文件...

问题 泛基因家族 提取CDS序列和pep序列，为什么没有输出文件？

...sta  ./${ind}.fa.gz --seqType prot &gt;./${ind}.pep.fa 代码是上面这个，跑了三四个小时，没有结果输出，是我的代码出问题了吗，哪里需要改？

问题 老师，我利用脚本得到对应基因的蛋白序列： perl script/get_fa_by_id.pl WRKY_removed_redundant_IDlist.txt Arabidopsis_thaliana.TAIR10.pe p.all.fa WRKY_pep_need_to_confirm.fa 时，程序出现错误。 ，这是怎么回事啊？

这是输出的结果 这是脚本

问题 求助：Docker启动不了了。

...建议我把系统升级到win10，并且安装桌面版。（我的上一个问题见链接：https://www.omicsclass.com/question/4670） 我看安装桌面版的链接里说需要先开启Hyper-V。由于我的电脑是华为matebook x pro，系统是win10家庭中文版，里面没有hyper-v选...

文章 R批量读取文件

...txt文件进行读取： &gt; tem = list.files(pattern = "*txt")&gt; ABC = lapply (tem,function(x)read.table(x,sep="\t")) ABC 是一个列表数据,可以通过下面的方式获得每个文件内的内容，例如第一个文件： &gt; ABC[[1]] V1 V21 A 1&gt; 把文件的名字（前缀）...

文章 awk 判断并筛选数据

...数据，显示所有符合的结果 awk '{if ($7&gt;5) print}' A|less&gt;B ###筛选A文件中第七列大于5的数据，并将符合的结果输入到B文件中