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问题 让公司给构建好的图形泛基因组,只有vcf格式文件,要拿它作为参考去基于二代重测序的数据call snp,需要将vcf 文件转化成啥格式呢?转化后什么软件去call snp 呢?

文章 2020国自然热点预测:2019最火的7大方向解读!

2019年国自然已经落下帷幕, 但是其的“门道”值得我们去反复解读, 总有一些大佬能根据往年的资助项目趋势挖掘出一些新的热门易标项目, 然后,下一年的项目,这不就有方向了吗? 今天学霸姐姐就来给大家分析解...

文章 打破部门壁垒,提升跨部门协作效率,让沟通更加有效

...、跨部门协作是企业管理痛点 据调查结果显示,企业普通员工与层管理者之间,花费在内部沟通上的时间,大约占其工作时间的40%-50%,对于更高层的主管来说这一比例则会更高。 有些工作在部门内沟通完全没问题,但...

文章 linux下perl及bioperl安装

...l安装 下载地址:http://www.perl.org/get.html 安装: tar zxvf perl-5.26.1.tar.gzcd perl-5.26.1/./Configure –de -Dprefix=/opt/perl5   #目的安装目录makemake testmake install 测试: perl –v 有perl的信息即安装成功。 bioperl安装 perl版本要求高于5...

文章 linux 重定向

...看 > 和 >> ,他俩作类似,都是输出到一个文件,唯一是 > 会覆盖文件原有内容,而 >> 是在原有内容后一行追加。 然后是 1>、 2>、 1>>、 2>>的使,其作是在需要将正确输出和错误输出分开保...

文章 启动子序列提取-EPD真核生物启动子数据库!

...。所以一般所说的启动子是DNA序列上的结构,在mRNA、cDNA它是不存在;但是也有一些例外,如tRNA启动子就位于转录起始点的下游,这些DNA序列是可以被转录的,只能说启动子一般位于转录起始位点的上游。 2. 转录组起始点(T...

问题 我想问一下怎么利别人发表的转录组文章里面的数据分析自己基因的表达情况,比如别人发了盐度胁迫的转录组文章,我想看一下我的基因在盐度胁迫下的表达,该怎么他的数据分析

问题 老师您好! 我samtools faidx获取染色体长度时有一个segmentation default 报错,老师让我看看是不是文件里的序列长度不一致,请问老师具体该怎么处理呀? 我软件打开基因组文件看了一下,但看不懂。

问题 老师好,筛选出58个基因,与拟南芥共建进化树,进化树里面除拟南芥外基因有58个,基因结构分析也是58个,但是meme网站的xml文件tbtools做图后就变成了56个,请问是什么原因呢

问题 老师,在看您教学视频在线数据库CDD,SMART,PFAM手动确定结构域时,想问问怎筛选目的结构域?保守结构域结果怎么解读,SMART我批量输入会出错,但是一条一条输入就不会这个要怎么办?

文章 不同物种基因组之间的比对与可视化

...或 序列以及可能的功能元素。基因组比对是生物信息学非常重要的任务,对于研究物种的演化、基因的功能和结构以及疾病的发病机制都有很大的帮助。基因组比对的过程一般包括以下几个步骤:1.序列获取: 首先需要获取...

问题 使ensembl下载的人gff3文件进行基因家族分析时,保留编码蛋白基因的命令无法识别人的gff3文件(描述为日志)

[root@7f6d1fb335c2  10:35:58 /work/desaturase/01.data_prepare]# genome=Homo_sapiens.GRCh38.dna.toplevel.fa.gz [root@7f6d1fb335c2  10:36:17 /work/desaturase/01.data_prepare]# gff=Homo_sapiens.GRCh38.112.chr.gff3.gz [root@7f6d1fb335c2  10:36:31 /work/desaturase/01.data_prepare]# species=Homo_sapi...

问题 meme 做在线分析的时候为什么输入了43条序列,出来的图只有42条或者更少的图呢?是因为找不到保守的部分吗?那为什么我换更少的序列做,之前缺失的序列也有结果呢?

问题 老师您好,基因家族分析,已有文献对某基因家族进行了命名,但是使新版本的基因组数据发现有一些新成员,想要重新新版本分析一遍,需要重新把所有的命名吗?还是只针对别人的基础上命名新成员,该如何命名

问题 老师您好,我提取了bed文件,但是perl get_fa_by_id_from_bed.pl Ca.bed Carietinum_492_v1.0.cds.fa Ca.cds这个命令提取到的cds文件为0