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文章 siRNA

...是siRNA ? siRNA(small interfering RNA 小干扰RNA) 是由 20-25 核苷酸组成的双链 RNA 分子。一般3’端有两游离的碱基,通过RNA干扰途径沉默目标基因。 RNA干扰(RNAi) 在RNA干扰通路中,siRNA 通过与互补 mRNA 分子杂交干扰基因表...

问题 老师好,我才开始接触生信。我先在NCBI下载了大豆的G基因的fasta文件。然后和水稻基因序列进行blastn对比得到了result2.txt 的文件结果。再通过Perl脚本运行得到evalue值小于e-5的基因ID名称文件。前面都能运行。现在我需要用Bioperl利用得到的符合条件的基因ID名称文件查找各ID对应的序列,但是网上的我试了很久,一直不行,老师能帮我看看嘛?

问题 你好,我也有数据处理的问题,请问数据是如何处理的呀?谢谢谢谢谢谢

...我在cytoscape中使用conet插件绘制互作网络图,我上传了两文件,第一文件是图一,第二文件是图二,我不想用OTU的ID号做分析相,想做门水平的细菌,第二表是抗性基因的数据,想观察抗性基因和门水平菌的共现性网络...

问题 关于genecode的ID提取

...出入,不知道如何择选的,因为genecode上面没有单独mRNA这数据包 也根据视频下载的是核染色体的基因注释,这就使得非编码和编码的都包含了,这从我打开文本也可以看出是这样的。 然后我想获取编码RNA,我之前没仔细...

文章 SURVIVOR合并单样品SV出错

...ge sample_files 1000 2 1 1 0 30 all_sample_sv.vcf 但如果遇到只有一样品时会生成空的vcf。这时候可以改成如下命令运行: ls *.max.vcf >sample_files && /share/work/biosoft/SURVIVOR/SURVIVOR/Debug/SURVIVOR merge sample_files 1000 1 1 1 0 30 all_sample_sv.vcf ...

问题 想咨询一下,我有1批宏基因组数据,可不可以样本对半,分成2次进行

...一步,生成bowtie.sam和fin.sam文件的时候,可不可以分别做2,就是因为测序批次问题,可不可以分开2次进行去宿主生成.sam文件,然后前后2次所有的文件放在一文件夹里,一起进行下一步? 还有,组装的时候,可不可以单样...

文章 qiime2分类器的训练

...练好细菌V4区的分类器,可在QIIME2官网下载        https://docs.qiime2.org/2022.8/data-resources/ 方法注释在训练分类器之前,我们要弄清楚三点:1.选择合适的数据库;2.扩增引物;3测序序列长度分布(此步骤可选择使用)。 在本...

问题 请问用cytoscape进行conet网络构建时原始数据文件是怎么得来的

...完全一样,再转化成txt制表符文件格式后输入,选择第二选项(由biom格式转化来的文件),结果报错。把测序公司提供的biom格式文件输入,选择第三选项(biom HDF5格式,还是报错)。因此我推测是我的原始数据的问题,所...

问题 用Conet对Otu构建网络时,参数的设置问题

...input filter---method--row minicc中输入的数字的含义是什么,这数字的大小根据什么确定呢? 在Method menu进行相关性、相似性以及距离计算方法的选择。比如我只想保留pearson,spearman系数>0.8的边构建网络,如何进行设置呢,看教程...

问题 群体遗传进化课程中基于pi用R脚本绘制曼哈顿图请问更改色板颜色的具体指令

...以为是其他包中的颜色无法识别, 后来使用了默认的四颜色,也用了ggplot2包自带的色版,都不可以,应该是代码没输入正确,请老师帮忙看看,谢谢!

问题 问题1:这是我按照咱们视频里的方法做的Lefse,但它没有上面的小写英文字母,a,b,c,d,等的图例,请问如何添加呢,我看发表的文章中都是有图例的,如何改成第二张图这样呢,右上角标有细菌名字的图例。问题2:第三图中有other,请问这直接在特征标里面更改吗,删掉注释为other的,这样可以吗,请老师解答,谢谢!

问题 TBtools 的others界面下没有BioSequence Structure Drawers——Amazing Optional Gene Viewer

...没有BioSequence Structure Drawers——Amazing Optional Gene Viewer 这2选项,如图: 请问这是什么原因呢?我的TBtools软件是在基因家族分析课程里下载的。

文章 R语言-文件读写

... fileEncoding = "", encoding = "unknown", text, skipNul = FALSE) 每参数都有自己的意义,其中比较常用的有header,sep等. file是我们读入的文件名称;header,设置为T或F,是否把第一行定义为header;sep是设置文件内的分隔符。我们看例子...

文章 地球上物种总数到底有多少??

...1988年,牛津大学的进化生物学家Robert May根据观察得出一经验性的描述:陆地上的生物体型越小,生物多样性就越大。在此基础上他认为人类已经发现大多数体型较大的动物,比如哺乳动物、爬行动物、鸟类等,可以认为已知...

文章 xargs一些常用的小技巧

1,批量下载 准备一文本文件复制url cat url.txt | xargs -n 1 -t wget 2,删除过多相同特征的文件,rm命令有参数限制,超过了就会报错,这时候可以用xargs find ./ -type f -name "*.log" -print0 | xargs -0 rm -f 3,删除空文件 find ./ -name "...