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问题 motif展示

老师您好，我想问问做motif分析的时候，结果里把1个结构域给分成2个motif呈现，这种问题该怎么解决呢？

问题 survey图

我做的是异源四倍体，我用的GenomeScope1.0 基因组评估（没用2.0），出来的图有两个峰，这是测序数据有污染吗？

问题 有参转录组自主分析学习过程中遇见的问题

...组构建HISAT index的时候出现了问题，使用的命令是：hisat2-build -p 8 --ss  /home/manager/RNAi//data/work/refs/splicesites.tsv --exon  /home/manager/RNAi/data/work/refs/exons.tsv  /home/manager/RNAi/data/work/refs/Oryza_sativa.IRGSP-1.0.dna.toplevel.fa /home/manager/RNAi/data/work...

问题 老师，在使用 perl ../script/get_fa_by_id.pl进行基因家族成员顺势作用原件分析与展示时程序报killed

这里用的是玉米基因组2.1G， 开始搭建镜像时docker run -m 10G --cpus 2 --rm -v C:/gene-family:/work -it omicsclass/gene-family:v1.0.1 给了10G, 然后不管是使用perl ../script/get_promoter.pl ../Arabidopsis_thaliana.TAIR10.dna.toplevel.fa mrna_location.txt promoter.fa还是拆...

问题 基因家族鉴定

老师好，在进行基因家族成员鉴定时，可以同时使用Hmmer search和blast比对这两种方法吗？最终的鉴定结果取2者结果的交集，可行吗？

问题 基因家族分析

1.kaks的计算， 2.没有toplevel的文件，是不是不能进行顺式作用元件的分析，只有gene.gff3,   cds.fa   pep.fa  transcript.fa

问题 转录组数据概况

 1、三个生物学重复，得出三个数据，是取平均值列表吗？比如这几个数据。 2、是不是一个样品三个重复做一个文库，还是？

问题 老师您好，我线下上过您的基因家族培训课程，目前在尝试用大豆基因组进行分析，但我发现从ENSEMBLEPLANT下载的基因组序列格式跟拟南芥的注释格式不一样，我已经尝试着进行了 一些编辑，但还是无法统一ID，麻烦您帮我解决一下这种基因组注释格式修改问题

...几个文件是从ensembleplant 网站下载的，Glycine_max.Glycine_max_v2.1.43.chr.gff3 ，  Glycine_max.Glycine_max_v2.1.cds.all.fa ， Glycine_max.Glycine_max_v2.1.pep.all.fa ，格式信息如截图所示（我在基因家族培训QQ群里发布的那张图是我自己尝试编辑修改后的...

问题 我在使用SSR引物设计时，使用课程视频里面的脚本和示例文件，跑出来的结果文件里面是空的，提示好像是路径的问题？

...CLUDED_REGION=201,10 PRIMER_ERROR=thermodynamic approach chosen, but path to thermodynamic parameters not specified =

文章 百度网盘 for Linux ——BaiduPCS-Go上传失败

...含了STOKEN, 获取UK: 遇到错误, 远端服务器返回错误, 代码: 2, 消息: 请稍后再试, 或更换保存路径上传结束, 时间: 1.598s, 总大小: 0B以下文件上传失败:  1  /share/backup01/wangq/zx-20250813-467/nohup.out 报错原因： BaiduPCS-Go 在尝试上传文件...

问题 KAKS作图问题

1.请问如何调整kaks_plot.r包中参数才能使左边geneID上下不那么拥挤？ 2. 如何去掉下图中完全空白的部分重新作图？

文章 基因ID 转换

经常遇到不同的数据库，采用不同的基因ID ，要想联合分析，需要统一ID，这就涉及到到ID的转换，介绍几个ID转换的网站:    1. UniProt ID mapping      2. DAVID     3. bioDBnet

文章 敏捷开发实践之Scrum方法运用

...小的迭代周期称为一个冲刺(SPrint),每个冲刺的长度一般为2到4周。在Scrum中,使用产品订单来管理产品或项目的需求,产品订单是一个按照商业价值排序的需求列表,列表条目的体现形式通常为用户故事。开发团队总是先开发的是对...

文章 TCGA数据库介绍

...h/structural-genomics/tcga 目前共收录了33种癌症类型，超过了2.5个PB的数据，该数据是免费公开的，极大的帮助癌症研究者提高对癌症的预防，诊断和治疗。 数据库中各种项目中英文对照： 简称全称中文备注BRCAbreast invasive carcinom...

文章 Git基本命令

...某一个版本 git reflog # 查看历史命令，类似与Linux中的history 平时使用git老是要去查找用法，十分不方便，于是决定写一篇文章记录一下git里面常用的命令，持续更新。 git init 将目录变成git repository git add readme.txt 添加readme.txtg...