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问题 比较基因组学构图(物种间共线性分析时),手动生成两个配置文件时,再运行linux系统中的python绘图时出现这个问题,知道是是配置文件出现问题,我检查了bed文件的染色体命名时,没发现什么问题。ZeroDivisionError: float division by zero

运行命令时,出现的问题下面的是我的配置文件以及bed文件:

问题 tajimaD pi绘图

老师,我这个FAI文件也是匹配,但是绘图出来就是只有坐标轴,烦请帮忙解答

文章 Bugbase表型预测

...文件,运行脚本,得到四种文件。 二、使用方式 1、在线网站.https://bugbase.cs.umn.edu/ 点击parse data,进入上传数据页面。输入的文件有两个,网站对文件的格式有着明确要求。 首先是OTU_table:必须是BIOM1.0JSON格式(文件格式转...

问题 共线性分析画图出错

共线性分析最后一步绘图失败  知道哪里出问题了

问题 存在缺失分析

老师,在泛基因家族分析中家族成员存在缺失分析中,得到的家族基因成员较多,1240个,且大多数物种特优基因,想在系统发育树及存在缺失热图中显示这些物种特异基因,该怎么处理数据呢?

文章 转录组如何与其他实验手段结合?(第二篇文献)

...对上述13个与次生代谢相关的P450酶基因进行表达模式变化分析,结果13个基因中只有8个在处理后12h开始表现出上调表达;进一步用QRT-PCR检测这8个上调表达基因,又排除掉cyp72A309这个酶基因。 由于积雪苷只要是在叶子中合成,...

文章 bedtools安装报错cc1plus: error: unrecognized command line option "-std=c++11"

最新版本bedtools 下地址:https://github.com/arq5x/bedtools2/releases 安装方法:https://bedtools.readthedocs.io/en/latest/content/installation.html $ wget https://github.com/arq5x/bedtools2/releases/download/v2.25.0/bedtools-2.25.0.tar.gz $ tar -zxvf bedtools-2.25.0.tar.gz $ cd bedt...

问题 如何让热图聚类

老师您好,在基因家族分析转录组数据制成热图这一部分,我希望结果热图要自动聚类,而是呈现我所输入的数据的默认顺序,请问该如何修改命令呢?谢谢老师解答 如图,我希望每组的CK和A是挨着的,而是被聚类分开

问题 PAV分析

去除物种特有的基因后作图,发现,仍然存在物种特有基因,清楚是什么原因造成的

文章 ai助手帮我构建新的qiime2分类器

在挖掘数据的时候发现有的数据用的是v2版本的,我手里只有全长的和v3-v4的,全长效果没那么好感觉,但是我好久没有看过qii2相关的东西了,有点忘了,刚好最近ai很火,我就尝试用ai帮我构建,过程如下 这里是完整的链接   https://w...

问题 基因家族分析课程get_fa_by_id.pl脚本问题

在课程基因家族分析中的章节5 课时15中提到的一个脚本get_fa_by_id.pl  与该课程之前提到的get_fa_by_id.pl脚本一样吗?是否通用吗?   两个脚本名字一样 内容好像又太一样  

问题 请问怎么从镜像里拷贝pl脚本

agat_sp_filter_feature_by_attribute_value.pl agat_sp_keep_longest_isoform.pl 课题组服务器让安docker,请问怎么怎么从omicsclass_gene-family镜像里下这个几个脚本呢我下镜像文件到本地,解压后是一堆随机码命名的文件

文章 VirtualBox 中练习安装linux系统centos7

...,开源免费而且生物数据分析软件也免费。这里选择CentOS版本的linux作为服务器的操作系统。 Ubuntu系统适合安装到个人电脑中。 下地址:https://wiki.centos.org/Download 中国的镜像地址下更多版本: Alibaba Cloud Computinghttp://mirro...

问题 老师您好,我根据您的方法从GFF信息,从基因组里提取基因的蛋白序列和 cds序列,但是显示command not found,请您看看是怎么回事呢?上面写的代码要在分析镜像2.0中进行,但是课程给我们的只有v1.0.1,知道是是这个原因呢?

文章 论文被拒稿11次,还有必要再投吗?

文章被拒稿,再正常过了! 通常情况下,一篇普通的文章大概会有70%以上的几率被拒, 学霸姐姐曾经看过一个小调查:平均一篇文章会被拒4-5次。 你的文章被拒过几次?你准备放手还是继续投?今天我们就来研究一下这...