从TCGA下载的甲基化数据是包含了样品中不同甲基化位点的甲基化程度β值和位点的注释信息。该数据的表头解释如下： Composite ElementA unique ID for the array probe associated with a CpG siteBeta ValueRepresents the ratio between the methylated array intensi...
此前给大家介绍过pheatmap聚类后的矩阵数据重排：https://www.omicsclass.com/article/507 其中给大家介绍到了pheatmap返回结果是一个列表，其中包括行列聚类的返回结果，而这一结果又是基于hclust聚类返回的结果，这里刚好可以利用cutree...
如果数据测多了，我们可以对fastq文件进行随机抽样来减小分析的数据量。 首先我们可以使用一条指令去计算总base数，看一下大概需要缩减的比例： zcat input.fastq.gz|paste - - - - | cut -f 4 | fold -w 1 | wc -l 由于reads的长度一般是固定...
如题，发现我们做的物种刚刚发了基因组，想在NCBI上寻找并下载gff等基因组assemble文件，请问该如何做呢？
老师您好：请问一个问题，就是用qRT-PCR 来验证RNA-seq 数据的结果时，做qRT-PCR用的材料必须和做RNA-seq测序时用的材料是同一批处理的吗？能不能后面qRT-PCR的材料是后面补做的，但是是相同处理的？我知道最合理的做法肯定是同...
... 这样就将搜索目标限定在需要的范围内了。 转录组原始数据的搜索： 虽然原始数据通常我们用不到，但是写好文章投稿的时候，一般都是要求把原始数据上传到公共数据库里的。很多同学到了投稿阶段才发现找不到原始数据...
10x公司的空间转录组的数据一般有两种获取方式,第一是手里直接拿到有matrix和img文件(当然还需要对应的barcord和json等辅助文件),第二是公司直接提供或者从网络上下载到的原始数据,fq文件,那我们如何使用r来分析这些数据呢?很多...
...基因家族分析实操课程、基因家族文献思路解读2. 转录组数据理解不深入？图表看不懂？点击链接学习深入解读数据结果文件，学习链接：转录组（有参）结果解读；转录组（无参）结果解读3. 转录组数据深入挖掘技能-WGCNA，提...
本地blast怎么运用 已知一个基因或蛋白，怎么看自己研究的植物中是否存在该基因和蛋白的同源基因或蛋白
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转录组数据看不懂？转录组数据不会挖掘？你没遇到对的组织！阅读下方信息，加入组织，彻底玩转转录组，赶在年前把手里的转录组数据利用起来，把文章投出去！ 组学大讲堂（学员20000+人的专业生信教学团队）精心为您筹...
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