...节点；Support 表示复制后两个基因副本未被丢失的比例；Type 中 Terminal 表示重复发生在物种树的末端分支上，Non-Terminal 表示重复发生在物种树的内部分支上，被多个物种共享；Genes 1、Genes 2 为基因列表，其中 Genes 1 表示来自复制...
...了一篇毛竹bHLH基因家族分析文章（发表在《Plant Physiology and Biochemistry》（IF=2.718）上），这篇文章于2018年7月9日投稿，8月28日就返修并接收了，可见该类型文章仍然在不停的产出。 此类论文写作模式类似，且近年发表数量依...
...引节点号（inode）。一个索引节点代表一个文件； --file-type：与“-F”选项的功能相同，但是不显示“*”； -k：以KB（千字节）为单位显示文件大小； -l：以长格式显示目录下的内容列表。输出的信息从左到右依次包括文件名，...
...供处理选项 elif start_pos <= cut_pos and end_pos > cut_pos: # 选项1: 跳过跨越切割点的特征 # print(f"警告: 第{line_num}行特征跨越切割点，已跳过 (染色体 {chrom}, ...
... #配置高等植物线粒体基因组库get_organelle_config.py --add other_pt #配置其他植物质体基因组库get_organelle_config.py --add fungus_mt #配置真菌线粒体基因组库get_organelle_config.py --add animal_mt #配置动物线粒...
... # 返回集合中最小的值1SELECT mod(5,3); # 余数2SELECT rand(); # 返回０到１内的随机值，每次不一样SELECT rand(5); # 提供一个参数(种子)使RAND()随机数生成器生成一个指定的值。SELECT round(1415.1415); # 四舍五入1415SELECT round(1...
...疾病的诊断和治疗。 参考文献: Yang Q, Wang R, Wei B, et al. Candidate Biomarkers and Molecular Mechanism Investigation for Glioblastoma Multiforme Utilizing WGCNA[J]. BioMed research international, 2018. 相关课程： TCGA-基因差异表达分析、 TCGA-生存分析 、 G...
...果。但如果样品数目少，而且选择了gene_set作为Permumation type则需要使用更为严格的标准，比如FDR<0.05。 GSEA的优势 与常规基于超几何检验的基因功能富集分析方法相比，GSEA分析有如下的优点： 1. 不需要对基因进行差异显...
...utoffvalues一般默认即可；结果图片格式可以选择第三个PNG and EPS（矢量格式）；输出格式一般选择Standard 和Long；Method选项是区分蛋白序列中是否存在跨膜区域（TM regions），假如明确知道无跨膜区域，就选择不包括跨膜区域预测会...
...范围 0~1 dgvMerged：将变异位点与基因组变异数据库(Database of Genomic Variants，简称 DGV)中的 SV 进行比较，输出该变异位点处已经被报导的 SV gwasCatalog：检测变异位点是否在以往的 GWAS 研究中被报导，表示该变异位点与哪些疾病相关...
...eq transcriptome analysis revealing novel insights into aluminum tolerance and accumulation in tea plant[J]. Planta, 2017(13):1-13.
...否影响氨基酸的改变，变异的有害成度注释如SIFT, PolyPhen and Grantham prediction scores, phyloP conservation scores等等，是否为稀有变异最小等位基因MAF<1%（NCBI clinvar 注释）等等注释。 候选致病基因筛选： 根据变异的有害程度，以及是...
...后生成文件如下： 其中at.collinearity 为共线性结果，at.tandem为串联重复基因结果，这两个文件最重要； 2.结合基因家族分析基因加倍与复制 上面做完全基因组共线性分析后，可根据自己的基因家族信息，绘制基因家族圈图...
...置环境变量：export PATH=/share/work/biosoft/gcc/gcc-v6.4.0/bin/:$PATHexport LD_LIBRARY_PATH=/share/work/biosoft/gcc/gcc-v6.4.0/lib64/:$LD_LIBRARY_PATH我这里的LD_LIBRARY_PATH：注意把/share/work/biosoft/gcc/gcc-v6.4.0/lib64/添加进去：LD_LIBRARY_PATH=/share/work/biosoft/gcc/gcc-v6.4....
...SPR设计工具设计）并使用BbsI位点亚克隆到pX459中。使用Lipofectamine 2000将编码gRNA的pX459质粒和三种不同的单链ssODN共同转染到细胞中。产生的突变克隆清楚地表现出具有烷化剂耐受性和突变频率升高的MMR缺陷表型。然而，微卫星...