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文章 Python模块导入的 路径索引

...ilt-in的module有哪些： import sys print(sys.builtin_module_names) 2. sys.path sys.path 是一个路径列表，里面保存了解释器可以索引的所有路径，主要包含以下内容：   (1) 当前脚本路径   (2) PYTHONPATH路径   (3) 虚拟环境路径   (4) site-pa...

文章 Pacbio 数据相关的几个重要概念

...序能一直测序下去，充分利用了三代测序的长读长特点 2.  一条序列，能被多次测到，提高了序列的重现性   3. 多次测到的序列能相互的校正序列，提高准确率 如上图所示，一个文库是有两个哑铃状的测序接头和中间的待...

文章 生化检测是什么？生化检测试剂盒该怎么选？

...s role in high light stress tolerance in Arabidopsis thaliana [J]. Journal of pineal research, 2018. 这个J Pineal Res期刊，2018年IF=11.613，也是很牛了！！ 学霸姐姐大致看了一下，这篇文章主要是讲拟南芥中褪黑激素的诱导及其在高光胁迫下作用，文献...

文章 细胞转染效率低怎么破？攻略在这里......

...时间进行铺板，建议选择50%~80%区间密度进行细胞转染。 2、实验污染 跟细胞有关的实验当然要注意不能污染啦，细菌，真菌，支原体都是应该严格注意的，不仅会浪费试剂，也会影响实验结果。 3、转染试剂的处理 质粒转染...

问题 扩增子分析 ：qiime2分析-多样性分析alpha-beta-差异比较等 课程中的问题

#添加分类信息时报错 这是用qiime2分析完数据后，再利用qiime分析时候报错 #自己用服务器进入的ampliseq-q1:v1.2使用的命令：docker run --rm -v /disk1/liuh/qiime2:/work -it omicsclass/ampliseq-q1:v1.2 请老师帮忙解答一下，谢谢。

问题 做psmc的时候，显示没有这个get_fa_by_id.pl

...@cbc85a3c34bd  16:10:01 /work/3.map/psmc]# get_fa_by_id.pl chr1.list HH14_2.psmc.fa HH14_2.Chr.psmc.fa bash: /work/3.map/scripts/get_fa_by_id.pl: /biosoft/miniconda/bin/perl: bad interpreter: No such file or directory

文章 密钥生成教程

...验证远程主机，以及(必要时)允许远程主机验证用户。 2. SSH的好处 （1）传统的FTP、Telnet是再网络中明文传送数据、用户帐号和密码，很容易受到中间人攻击。而通过使用SSH，你可以把所有传输的数据进行加密，这样“中间人...

文章 perl输出基因的位置信息按照基因所在染色体，和位置信息排序

...g;use Data::Dumper;die "perl $0 <gff> <outfile>" unless(@ARGV==2);my$gff=$ARGV[0];my%gene=();my%gene_region=();my%mRNA2Gene=();my%Gene2mRNA=();open IN,"$gff" or die "$!";open OUT ,">$ARGV[1]" or die "$!";print OUT "#gene_ID\tchr\tstart\tend\tstrand\ttranscript_id\n";while(<IN>){...

问题 共线性分析之前提取的蛋白质序列为空。如何解决？

...script/get_fa_by_id.pl allmRNAID.txt ../Phaeodactylum_tricornutum.ASM15095v2.pep.all.fa pep.fa。结果所得文件内容为空。查看pep.all.fa文件，里面的蛋白质序列后缀是.p1，而非allmRNAID.txt中转录本序列的后缀.t1. 请教老师，这个时候，我该如何使它们的...

文章 PfamScan运行报错：FATAL: error running translate (usage: translate [-h] [-d DEST] [-s SRC] [-c] text

报错原因： PfamScan运行的时候会调用hmmer的translate，而在我环境中默认是python下面的translate 解决办法： export PATH=/share/work/biosoft/hmmer/hmmer-2.3.2/squid:$PATH

文章 代谢组数据上传NGDC！简单又快捷！

...数据资源体系。数据库建设整体情况以“Database Resources of the National Genomics Data Center, China National Center for Bioinformation in 2021”为题在国际学术期刊《核酸研究》(Nucleic Acids Research)在线发表。 NGDC常用数据库 生物项目数据库（BioProj...

问题 泛基因家族分析之Fam_gene.list

...列表final.last.gene.pair.txt（当时发您参考基因组名字Yugu1_T2T.genome有误），但在家族成员存在缺失分析时，awk 'FNR>1{print $1"\t"$2"_"$3}' final.last.gene.pair.txt > foxtail_millet.pan-genes.list 整理格式时，已经均进行了调整（名字纠正）...

问题 在基因家族分析的时候对GFF文件中mRNA与gene ID对应关系的脚本进行运行时出现如下无效的问题，请问怎么解决

运行命令perl script/mRNAid_to_geneid.pl data/Brapa_genome_v3.0_genes.gff3 BrapamRNA2geneID.txt perl script/geneid2mRNAid.pl data/Brapa_genome_v3.0_genes.gff3 Brapageneid2mRNAid.txt； 该两条脚本在对其它基因组进行运行时没有问题 但是在运行该GFF文件时出现了如下...

文章 singularity使用基础

...相互转换，即开发完成后转换为sif。具体可参考官网。 2. singularity特性 比如可在本地构建docker镜像，然后上传服务器使用singularity运行，从而避免使用root相关权限； Singularity镜像 中的文件可以直接在当前系统操作；但是通过s...

文章 下载TCGA临床信息

...设置工作目录 setwd(work_dir) # 下载临床数据的结果 DataDirectory <- paste0(work_dir,"/GDC/",gsub("-","_",project)) # 查询可以下载的数据 query <- GDCquery(project = project, data.category = data_category, data.type = data_type, ...