问题 执行### 物种注释 16S/18S #全长作为分类数据库 ### 反复跳出docker

本地win11部署，调整了很多次参数都不行，反复跳出docker，后台进程依然进行，请老师救救

问题 基因家族数据准备#提取cds序列#提取pep序列

我做的是大麦Hordeum_vulgare品种的数据准备，但是当我输入 #提取cds序列 /share/work/biosoft/TransDecoder/latest/util/gff3_file_to_proteins.pl  --gff3  $species.longest_isoform.gff3 --fasta $genome  --seqType CDS >$species.cds.fa #提取pep序列 /share/work/biosoft/Tra...

文章 WGCNA 中Relationship between module eigengenes图片绘制--plotMEpairs函数

...gt; sizeGrWindow(9, 8)NULL> plotMEpairs(MEs) 图片中左下具体数据表示各模块特征特征向量间相关性大小情况，数值愈大，字体也越大。外围数字为坐标。 此外可以设置一个性状数据，统计每个样品的性状情况，形成一个数组向...

文章 基于perl 提取基因家族内的串联重复基因对

...因家族分析实操课程、基因家族文献思路解读 2. 转录组数据理解不深入？图表看不懂？点击链接学习深入解读数据结果文件，学习链接：转录组（有参）结果解读；转录组（无参）结果解读 3. 转录组数据深入挖掘技能-WGCNA，...

文章 基因组注释流程，PASA mysql 数据库启动 exited

... --name mysql_pasa \-e MYSQL_ROOT_PASSWORD=123456 \-d mysql:5.7 这时候 数据库没有备份，不要删除这个mysql容器。在linux服务器上如果主机关机重启了，可以重新启动这个容器：docker start 容器ID 2.用之前老的mysql:5.7 , 镜像已经上传到了课程...

问题 老师，您好！全基因组选择，利用自己的SNP数据（芯片SNP）进行基因型数据处理，beagle.27Feb25.75f.jar处理完成后，得到的imputed_snp里面没有SNP标记信息。

Command line: java -Xmx8192m -jar beagle.27Feb25.75f.jar   gt=GENO.vcf   out=imputed_snp   nthreads=48 No genetic map is specified: using 1 cM = 1 Mb java.lang.IllegalArgumentException: Duplicate marker: 1 77806149        AX-90568401     C       T         at vcf.Markers.m...

文章 TCGA数据单因素cox生存分析

...结合临床信息，可以进行生存分析。 # 表达信息和生存数据整合到 exprSet, 如下： bcr_patient_barcode time status LINC01587 XXbac_B461K10.4 1 TCGA-2W-A8YY 148 0 3.981761 23.89057 2 TCGA-4J-AA1J 226 0 37.491171 19.63823 3 TC...

问题 有参转录组数据中基因ID和转录组本IDnew转录组本ID什么关系？

问题 基于MENA构建网络，Cytoscape可视化的时候可以把环境因子数据也带进去吗？

问题 老师，请问热图数据可以行列同时标准化吗，还是只能行/列一者标准化，麻烦老师。

问题 按照课程里的代码用R分析TCGA数据差异基因的KEGG富集，发生报错

问题 如何在水稻3k中下载不同品种的基因组数据，用于发现某品种中是否存在某个基因

问题 你好，我想问一下，要做小麦基因家族分析，但是有无参转录组数据，可以做吗？

老师你好，重新做有参分析的话，是要公司来做吗？我不是特别理解。谢谢

文章 Linux命令：qsub

...简单快速，学习链接：基因家族分析实操课程 2. 转录组数据理解不深入？图表看不懂？点击链接学习深入解读数据结果文件，学习链接：转录组（有参）结果解读；转录组（无参）结果解读 3. 转录组数据深入挖掘技能-WGCNA，...

问题 关于差异基因表达的问题

我的数据是种子在授粉后四个不同天数的转录组数据，经过分析得到了count值和fpkm值，请问我可不可以把其中一组数据作为对照，然后用其他三组数据去做差异表达分析