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文章 非肿瘤文章集锦

...RNA-mRNA调控网络 Maternal smoking-induced lung injuries in dams and offspring via inflammatory cytokines  https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/33989842/  https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/34306596/   自噬相关心血管疾病

文章 dcaps标记设计软件——SNP_Primer_Pipeline

...CGGGAGAGGAAATTACTGCCTTGGTGCTG 输出结果： index   product_size    type    start   end     diff_number     3'differall     length  Tm      GCcontent       any 3'       end_stability   hairpin primer_seq      ReverseComplement       penalty compl_any       compl_e...

文章 R语言基础入门—运算符！

...结果是布尔值。 运算符描述例& 它被称为元素逻辑AND运算符。它将第一向量的每个元素与第二向量的相应元素组合，并且如果两个元素都为TRUE，则给出输出TRUE。 v <- c(3,1,TRUE,2+3i)t <- c(4,1,FALSE,2+3i)print(v&t)#它产生...

问题 qiime2 python "matplotlib" _tkinter.TclError: couldn't connect to display "localhost:12.0" 报错

...te-packages/qiime2/sdk/action.py", line 245, in bound_callable    output_types, provenance)  File "/share/work/biosoft/conda/Miniconda3.8/envs/qiime2-2020.8/lib/python3.6/site-packages/qiime2/sdk/action.py", line 452, in _callable_executor_    ret_val = self._callable(output_dir=temp_dir, **vie...

文章 ValueError: invalid literal for int() with base 10: ''

...如下： /biosoft/miniconda/miniconda2/bin/python -m jcvi.graphics.karyotype  --format=pdf  --figsize=15x5 mcscan_seqid mcscan_layout 报错信息如下： markers', 'networkx.algorithms.community.__future__', 'networkx.generators.atlas', 'networkx.algorithms.connectivity.edge_kcomponents', 'p...

文章 python特殊属性和方法的详解与运用

...'__main__' >>> Class1.__bases__ # 类型所继承的基类 (<type 'object'>,) >>> Class1.__dict__ # 类型字典，存储所有类型成员信息。 <dictproxy object at 0x00D3AD70> >>> Class1().__class__ # 类型 <class '__main__.Class1'> >>...

文章 rocks mysql数据库多实例数据库配置

...sql.sock -e "show variables like 'server_id';"Warning: Using a password on the command line interface can be insecure. +---------------+-------+ | Variable_name | Value | +---------------+-------+ | server_id     | 7     | +---------------+-------+ https://www.cnblogs.com/lon...

问题 建立索引时报错，有很多关于mRNA的错误输出文件为部分为0KB

...2 on chrB6+, this line is on chrB6-, all group members must be on same seq and strand RUN CMD: retrieve_seq_from_fasta.pl --format refGene --seqfile elepant_grass_genome.fa  unknown_refGene.txt --out unknown_refGeneMrna.fa NOTICE: Reading region file unknown_refGene.txt ... Done with 4143 regions...

文章 提取miRNA前后500bp序列

...                       <int>        Other parameter:-h           Help documentUsage End.exit;} my $len = $opts{l}; $len ||=500;my $in  = Bio::SeqIO->new(-file => "$opts{fa}" , -format => 'Fasta');my %fasta;while ( my $seq = $in->next_seq() ) {my...

文章 GSDS网站docker镜像本地构建

...            0omicsclass/sratoolkit          SRAtoolkit v2.10.3 and aspera v3.9.9.177872     0omicsclass/ampliseq-q2         Amplicon sequencing qiime2 v2020.2 image        0omicsclass/bsaseq              NGS Bulk Segregant Analysis image               0omicsclas...

文章 IF=4.8 | 不同菊花品种萜类合成相关基因的转录组代谢组联合分析

... BMC Plant Biology杂志发表了一篇题为“Integrative transcriptome and metabolome analysis reveals candidate genes related to terpene synthesis in Chrysanthemum × morifolium”的转录组代谢组联合分析文章。” 01 — 研究背景 菊花（Chrysanthemum × morifolium）是...

文章 6分SCI（医学类）-按这个思路很好发！

...可见cg13652336, cg25123470和cg06038133为风险因子，而cg05254747 and cg04907664为保护因子。 模型性能评估 为了评估预后预测模型的性能，以预测模型在数据集上预测值的中位值为阀值将样本分成高风险和低风险两组，两组样本采用KM分...

问题 docker运行qiime1时按照教程进行到章节2课时6时，即聚类生成OTU-denovo时老是报错，查看类似问题后，升级了运行内存为70g，同时将教程内的30多个样本减成2个样本，FASTQ格式还有qimme格式检查都正确，依旧报错，报错内容如下：

...ckages/matplotlib/font_manager.py:273: UserWarning: Matplotlib is building the font cache using fc-list. This may take a moment.   warnings.warn('Matplotlib is building the font cache using fc-list. This may take a moment.') Traceback (most recent call last):   File "/biosoft/miniconda/envs/qii...

文章 vcf过滤时GATK和bcftools的index报错及解决方式

...-t filter1.vcf.gz#-t 建立tbi索引 但此时bcftools又报错  index: the file is not BGZF compressed, cannot index 这是因为bcftools只能对bgzip压缩后的文件建立索引，而上面使用的压缩方式是gzip 解决方式： 对文件解压之后重新用bgzip压缩，再建立...

文章 泌尿感染（UTIs）宏基因组分析

... Wallace MA, Burnham CD, Dantas G. Substantial overlap between symptomatic and asymptomatic genitourinary microbiota states. Microbiome. 2022 Jan 17;10(1):6. doi: 10.1186/s40168-021-01204-9. PMID: 35039079; PMCID: PMC8762997.