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文章 研究miRNA必备的分析网站汇总!

...守的8mer和7mer位点来预测靶基因。 http://www.targetscan.org/miRandamiRanda是John等于2003年5月开发的第一个miRNA靶基因预测软件。miRanda适用范围广泛,不受物种限制,同时提供了 windows,linux,和macintosh多平台版本,可以下载到本地运行。 ht...

文章 GEO数据库之芯片数据下载

...roduct:hypothetical DeoxyUTP pyrophosphatase/Aspartyl protease, retroviral-type family profile/Retrovirus capsid, C-terminal/Peptidase aspartic/Peptidase aspartic, active site containing protein, full insert sequence///Mus musculus blastocyst blastocyst cDNA, RIKEN full-length enriched library, clon...

文章 基于多数据集分析ANLN在宫颈癌所起到的功能

...献: Leilei X , Xiaoling S , Jizi S , et al. ANLN functions as a key candidate gene in cervical cancer as determined by integrated bioinformatic analysis[J]. Cancer Management and Research, 2018, Volume 10:663-670. 相关课程: TCGA-基因差异表达分析、 TCGA-生存分析 ...

文章 一大波三代文章正在来袭!有没有你滴?

...明这些基因也可能参与丹参酮的合成。 isoform detection and prediction (IDP)分析共得到16241条isoform,其中包括10 323 multi-exon基因, 在这10323个multi-exon基因中有4165 (40%)发生了可变剪接,其中多于15%的发生了多于2种的可变剪接方式。...

文章 木薯KUP基因家族分析-基因组质量差也挡不住基因家族鉴定分析

...容解读: 1. 木薯中KUP基因家族鉴定 首先,作者从UniPort and RGAP蛋白质收录数据库网站中分别下载拟南芥和水稻中KUP家族基因的蛋白序列作为种子序列建立KUP基因家族基因的HMM隐马尔科夫模型;基于这个模型再利用hmmer搜索木薯...

文章 为什么华为、百度纷纷选择OKR,放弃KPI?

...KR”绩效管理方法。 一、什么是OKR OKR全称是Objectives and Key Results,即目标与关键成果法。它是一套定义和跟踪目标及其完成情况的管理方法,旨在确保员工紧密协作,把精力聚焦在能促进组织成长的、可衡量的贡献上。 OK...

文章 大数据分析 Hbase Shell命令

...ter 'test', {NAME=>'cf2',METHOD=>'delete'} Updating all regions with the new schema... 1/1 regions updated. Done. Took 2.0665 seconds 4. 列出所有Hbase里的表 hbase(main):013:0> list TABLE table ...

文章 必须收藏!比较基因组学分析必备神器-OrthoVenn2

...Qingyou Xia, Yi Wang. OrthoVenn2: a web server for whole-genome comparison and annotation oforthologous clusters across multiple species, Nucleic Acids Research, Volume 47, Issue W1, 02 July 2019, Pages W52–W58, https://doi.org/10.1093/nar/gkz333. 日常科研中你我经会常遇到看不懂的...

文章 同是转录组,人家发6分,你为什么发2分?

...成原因,作者分别于种子发芽后第6、7、8天(6 DAP, 7 DAP and 8 DAP;days after planting (DAP))取腋芽组织进行转录组测序,通过对3个时间点基因表达情况进行主成分分析(PCA)发现phyB-1与野生型基因表达模式在6天和8天间分离现象明显...

问题 扩增子分析:qiime 聚类生成OTU-denovo方法分析报错

...lib/python2.7/site-packages/qiime/workflow/util.py", line 122, in call_commands_serially     raise WorkflowError(msg) qiime.workflow.util.WorkflowError: *** ERROR RAISED DURING STEP: Assign taxonomy Command run was:  assign_taxonomy.py -o pick_de_novo_otus/uclust_assigned_taxonomy -i pick_...

文章 科研汪必须知道的实验技术,你还差几门?

...Ai)。 十八、cDNA 末端快速扩增技术(rapid amplification of cDNA ends,RACE) 一种基于mRNA反转录和 PCR技术建立起来的、以部分的已知区域序列为起点,扩增基因转录本的未知区域,从而获得mRNA(cDNA)完整序列的方法。 简单说就是一...

文章 R语言计算两组数据相关性及对应p值的方法——psych包和Hmisc包

...函数的帮助文档也写到了 a numeric matrix with at least 5 rows and at least 2 columns (if y is absent). For print, x is an object produced by rcorr. 另外的一个知识点:如果想要用某个包里的函数,有两种办法, 第一种办法是先使用library()函数加载这个...

文章 启动子序列提取-EPD真核生物启动子数据库!

...我再跟大家分享一个小巧好用的真核生物启动子数据库:The eukaryotic promoter database(EPD)。 EPD数据库操作演示 EPD 是一个非冗余的真核启动子数据库,其转录起始位点已经通过实验验证。该数据库包含来自十余种物种的启动子序列...

问题 pip install RSeQC安装时候报错,是不是底层的库不全?怎么解决呢

...0.1, however version 18.0 is available. You should consider upgrading via the 'pip install --upgrade pip' command.

文章 envfit()的线性拟合:非约束排序(PCA、CA、PCoA、NMDS)

...展示物种排序)plot(tbpca, choices = c(1, 2), scaling = 1, type = 'n')points(tbpca, choices = c(1, 2), scaling = 1, display = 'sites', pch = 20, col = c(rep('red', 9), rep('orange', 9), rep('green3', 9))) #作图展示被动拟合环境变量后的 PCA 结果...