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文章 circos-基因组圈图绘制软件基础绘图

...签        color=red   #限定文字标签颜色        file=/share/circos/result/text.txt  ##text文件位置        label_font=condensed  #文字字体类型        label_size=30   #文字字体大小        label_snuggle=yes #如多个文本文...

文章 R高效数据处理包—reshape2 长数据 vs 宽数据

... 1 1 会得到警告信息：Aggregation function missing: defaulting to length。数据集显示的是每个cyl和gear组合的总的观测数。这是因为dcast函数不能唯一标识每个数据点。然而，它还有其他用处。例如，我们通过如下所示的fun.aggregate参数...

文章 遗传家系图代表意思以及绘制技巧

...图。 图：通过新建得到家系图 另外一种方法是通过File->Import Pedigrees->Linkage(以ped文件举例)，导入ped文件，就能得到我们准备好的配置文件中的家系信息的家系图。 注意需要导入的文件路径不要有中文，否则可能报错...

文章 IF=13.8 | 青藏高原人群肠道微生物生物标志物的荟萃分析及微生物群衍生的丁酸盐在高海拔适应中的功能

...指标上表现更为可靠。研究还通过“研究间验证”（study-to-study）和“逐一数据集剔除验证”（LODO）方法来评估所识别的肠道微生物标志物的普适性和泛化性。在研究间验证中，LH_vs_HH和LH_vs_HT模型的平均AUC分别达到0.85（范围：0...

文章 Docker Volume - 目录挂载以及文件共享

...。在Docker中，只读层及在顶部的读写层的组合被称为Union File System（联合文件系统）。为了能够保存（持久化）数据以及共享容器间的数据，Docker提出了Volume的概念。简单来说，Volume就是目录或者文件，它可以绕过默认的联合文...

文章 癌细胞的十大特征

...ciency in Growth Signals） 2.抗生长信号的不敏感（Insensitivity to Antigrowth Signals） 3.抵抗细胞死亡(Resisting Cell Death) 4.潜力无限的复制能力(Limitless Replicative Potential) 5.持续的血管生成(Sustained Angiogenesis) 6.组织浸润和转移(Tissue Invasion an...

文章 做微生物研究必懂的OTU table相关知识

...1] T. Magoc and S. Salzberg. FLASH: Fast length adjustment of short reads to improve genome assemblies. Bioinformatics 27:21 (2011), 2957-63.[2] Patrick D. Schloss,et al. Introducing mothur: Open-Source, Platform-Independent, Community-Supported Software for Describing and Comparing Microbial Co...

文章 R脚本绘制多层环形饼图

...t #将数据以,分割的csv文件格式保存到本地 write.table(data, file = 'data.csv', row.names = F, sep = ",") 4. 绘图 #利用sunburst_data函数读取csv文件内容 sb <- sunburst_data('data.csv', type = 'node_parent', sep = ",", node_attributes = c("browser","size")) # 将名称...

文章 肿瘤的TNM分期讲解（stage）

...oma and related entities, AJCC 8th edition Definition / generalApplicable to thymoma, thymic carcinoma, thymic neuroendocrine tumors, combined thymic carcinomaFirst introduced in AJCC 8th edition (Amin: AJCC Cancer Staging Manual, 8th Edition, 2017)AJCC/TNM staging is used for predicting outcomes o...

文章 linux目录结构详细讲解

...c/printcap 类似/etc/termcap ，但针对打印机语法不同。/etc/profile , /etc/csh.login , /etc/csh.cshrc 登录或启动时Bourne或C shells执行的文件，这允许系统管理员为所有用户建立全局缺省环境。/etc/securetty 确认安全终端，即哪个终端允许root登...

文章 免疫疫微环境（TIME）

...RNA-seq数据 result <- xCellAnalysis(exprSet,rnaseq=T)save(result,file = 'Xcell_result') 3.3 MCP-counter MCP-counter (http://github.com/ebecht/MCPcounter) 是2016年发表在Genome Biology杂志上的一种基于标记基因集来量化肿瘤浸润免疫细胞、成纤维细胞...

文章 Cox与KM生存分析及结果解读

...  n= 227, number of events= 164   (1 observation deleted due to missingness)             coef exp(coef)  se(coef)      z Pr(>|z|)age      0.011067  1.011128  0.009267  1.194 0.232416sex     -0.552612  0.575445  0.167739 -3.294 0.000986...

文章 perl 多线程

...@_;    my $offset = 1;    my $limit = 100;       my $top5 = $serv->get_best_neighbors_by_gene($seq, $offset,$limit);    $seq=~s/://;    open(F,">$seq.txt");    foreach my $hit (@{$top5})    {    print F "$hit->{genes_id1}\t$hit->{genes_id...

文章 linux命令之AWK

...awk命令形式:awk [-F|-f|-v] ‘BEGIN{} //{command1; command2} END{}’ file [-F|-f|-v]   大参数，-F指定分隔符，-f调用脚本，-v定义变量 var=value'  '          引用代码块BEGIN   初始化代码块，在对每一行进行处理之前，初始化代码，主要是引...

文章 ANNOVAR注释变异VCF结果说明

...el 变异类型（SNV 的变异类型包括 synonymous_SNV, missense_SNV, stopgain_SNV, stopgloss_SNV 和 unknown；Indel 的变异类型包括 frameshift insertion, frameshift deletion, stopgain, stoploss, nonframeshift insertion, nonframeshift deletion 和 unknown） AAChange：氨基酸改变，...