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问题 GWAS分析后选择关联区域(基因)

根据p值获取关联区域中,为什么要用如下语句以合并P值 cat pvalue.bed  region.bed |sort -k1,1 -k2,2n >all.region.bed 合并P值在获取关联区域的作用是什么,可否像之前录像讲的那样不用这语句吗?

文章 samtools tview 可视化查看比对结果

...查看特定位置的比对情况: 命令行如下: samtools tview -p B05:53425172 accepted_hits.bam Bju.genome.fa DNA重测序比对结果: 结果说明: “.” 比对到正链;“,” 表示比对到负链;“<”或“&gt;” 表示reference skip   RNA-seq当中内含...

问题 您好,我也有这问题,请问一下是数据怎么处理的吗?

...我在cytoscape中使用conet插件绘制互作网络图,我上传了两文件,第一文件是图一,第二文件是图二,我不想用OTU的ID号做分析相,想做门水平的细菌,第二表是抗性基因的数据,想观察抗性基因和门水平菌的共现性网络...

文章 基因家族docker 镜像使用方法

...最后的evalue值根据实际情况可调,注意脚本提取的是第一domain,如要提取其他domain,请修改脚本27行$a[9]==1为第一,$a[9]==2为第二,依次类推perl script/domain_xulie.pl WRKY_hmm_out.txt Arabidopsis_thaliana.TAIR10.pep.all.fa WRKY_domain.fa 1.2e-28####...

文章 STRING蛋白互作数据库在线分析基因互作网络(PPI)

今天为大家介绍一有名的搜索蛋白互作网络的数据库:STRING。教大家如何制作一蛋白互作网络 STRING数据库介绍: nString数据库是一搜索已知蛋白质之间和预测蛋白质之间相互作用的数据库,该数据库可应用于2031物种,...

文章 pfam数据库介绍及使用

...白质的功能由包含的多domain共同决定,研究domain, 可以更好的研究蛋白质功能,而具有相同结构域的基因往往形成一基因家族。 基因家族是来源于同一祖先,由一基因通过基因重复而产生两或更多的拷贝而构成的一...

问题 二代和三代sv数据合并出现问题,若能回答,万分感谢

用三代数据sv结果对二代数据进行基因分型,合并两结果时出现问题,bcftools merge合并的结果,缺失率太大,导致用plink进行pca分析时因缺失率太高无法进行,survivor merge 1000 1 1 0 0 50,合并后样本名减少,并且计算Fst为几固定...

文章 感兴趣的蛋白,如何研究它的结构-Phyre2工具使用介绍

...呢?很多人还只停留在定量水平,蛋白质表达量肯定是一值得考虑探究的因素,但是蛋白质的空间结构与其功能更是相关;蛋白质结构预测你会吗?今天给你分享一款很实用的蛋白结构、功能和变异预测分析的在线工具,感兴...

问题 物种内共线性对数太少调节哪数值可以多一些?

我这里有204基因,用mcscan X做出来的物种内共线性只有四对,可以调节某数值来增加对数吗?我反复观看了课程视频只看到了在blast比对那里有调节参数的地方,是需要修改默认参数e-10那里吗?要是修改e值是调大还是调小呢...

问题 老师您好,想向您请教关于GWAS分析时的问题

...也没有报错.o文件也显示成功完成,前边map文件也显示28染色体,不知道那里出了问题,请老师指教,谢谢!

文章 服务器docker防止退出之后容器杀死导致任务中断

ERRO[0000] Error refreshing container af05fafe31f6bfb00c2599255c47e35813ecf5af9bbe6760ae8a4abffd343627: error acquiring lock 1 for container af05fafe31f6bfb00c2599255c47e35813ecf5af9bbe6760ae8a4abffd343627: file exists ERRO[0000] Error refreshing container b4620633d99f156bb59eb327a918220d67145f819...

文章 U盘安装 CentOS 注意问题

...上面的解决方案有很多资料,在查阅相关资料时,发现一最优解。完全不需要启动时修改 grub 配置信息。发现原因是ISO映像文件的驱动器卷标太长,与FAT32驱动器不兼容所致。具体解释如下:ISO映像文件中的驱动器卷标很长,...

文章 R语言基础入门—运算符!

运算符是一符号,通知编译器执行特定的数学或逻辑操作。R语言具有丰富的内置运算符,共以下5种类型的运算符。 运算符的类型 R语言中拥有如下几种运算符类型: 算术运算符关系运算符逻辑运算符赋值运算符其他运算符...

问题 mRNAid_to_geneid.pl出现错误,结果文件只有一行

老师,问答页面不能显示图片,我现在有问题:gff文件是这样的:,运行命令perl script/mRNAid_to_geneid.pl Arabidopsis_thaliana.TAIR10.41.gff3 mRNA2geneID.txt得到的文件是这样的, ,请问怎么解决啊?

问题 请问如何合并VCF文件中同一样本的生物学重复信息

...做BSR分析,vcf文件中包含了亲本和混池的snp信息,但是每样本各有3生物学重复,请问这种情况下我该怎么合并这三重复的数据呢?因为不知道怎么处理我目前是只用了其中一组数据来进行的定位。