问题 重复序列分析，去除含有基因序列的库文件时候报错，你们示例数据也有这样的问题

... ${threads} -out ${lib}_blast_results.txt  perl $scriptsdir/ProtExcluder1.2/ProtExcluder.pl ${lib}_blast_results.txt ${lib}  echo -e "${lib}\tbefore\t$(grep -c ">" ${lib})\tafter\t$(grep -c ">" ${lib}noProtFinal)"done 会报错如下： Can not open the seqfile ModelerAll.lib_blast_results...

问题 单细胞测序数据差异分析

...ded.celltype.rds \    -p FindMarkers  --ident.1 "CD4 Naive T"  --ident.2 "B"   --test.use  DESeq2   --logfc.threshold 0.25  这里只能进行两两分析吗？--ident.2后面可不可以加多种细胞类型的名称，即"CD4 Naive T"与剩下的其它所有Cluster分析？如果想这...

文章 mysql备份数据库恢复导入

...导入数据库1、首先建空数据库mysql>create database abc;   2、导入数据库方法一：（1）选择数据库mysql>use abc;（2）设置数据库编码mysql>set names utf8;（3）导入数据（注意sql文件的路径）mysql>source /home/abc/abc.sql;方法二：mysql -u...

问题 老师，我分析的物种是6倍体，参数需要变动嘛？

gatk --java-options '-Xmx40g' HaplotypeCaller -R $REF    --max-alternate-alleles 4  --sample-ploidy 2 -O  all.raw.vcf.gz    -I 1.sorted.dedup.bam  -I 2.sorted.dedup.bam  --tmp-dir tmp

文章 linux下ClustalW2安装

软件下载地址： https://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalw2/help/ 打开网址可以看到有两个下载链接。 FTP和HTTP下载都可以，然后找到最新版本的linux 64位安装包。 右键复制链接地址，在linux中使用wget 命令下载。 wget  http://www.clustal.org/...

问题 基于图形泛基因组文件call取sv的时候，运行命令nohup vg call new_index.giraffe.gbz -r new_index.snarls -k D23.pack -a -A -t 30 -s D23 > D23.vcf 2>call.o &，显示done，但生成的vcf文件里面没有变异位点，只有个头，如截图中所示。这种问题怎么解决呢？

问题 提取上游1500bp报错Bad end parameter (4488)且输出结果不全

...MTID_loc.txt中最后3个）连ID号都没有出现在结果里。 RMU_r2.0_genome.fa为基因组序列 RmPMTID_loc.txt为基因位置信息 猜想基因不存在于序列文件中？ 但是序列为空的基因如Rmu_ssc0000138.1-g000001.1的scaffold在基因序列文件里是存在的， ...

问题 使用tassel对vcf文件进行 -SortGenotypeFilePlugin 基因型排序时自动锅炉掉了我的两条contig，这个问题怎么解决呀？

我要做Gwas分析，需要生成hapmap文件，但是我直接用vcf转hapmap会报错Please first use SortGenotypeFilePlugin to correctly order the file.所以我就用tassel去排序然后可以正常生成hapmap文件了，但是我的两条比较小的contig不见了

问题 问题1：这是我按照咱们视频里的方法做的Lefse，但它没有上面的小写英文字母，a,b,c,d,等的图例，请问如何添加呢，我看发表的文章中都是有图例的，如何改成第二张图这样呢，右上角标有细菌名字的图例。问题2：第三图中有other，请问这个直接在特征标里面更改吗，删掉注释为other的，这样可以吗，请老师解答，谢谢！

文章 NCBI 数据下载

...-c -b https://www.be-md.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra-reads-be/fastq?acc=DRR296014 2. 利用软件：SRA Toolkit 和 Aspera (1) SRA Toolkit  ① 单个下载：指定Run编号下载 prefetch DRR296014 ② 批量下载 ：先在NCBI下载所有run的信息 执行命令： prefetch --op...

文章 perl 中 grep 的使用

...perl里面的一个列表筛选函数，功能还是不错的。 grep有2种表达方式: 1. grep  BLOCK  LIST 2. grep  EXPR,  LIST BLOCK表示一个code块,通常用{}表示;EXPR表示一个表达式,通常是正则表达式。LIST是要匹配的列表。 示例： 统计匹配表达式...

问题 目的：安装Docker Desktop 1.本人电脑：win10家庭版 2.做了什么：开启CPU虚拟化、开启Hyper-V、获得下载地址、在注册表编辑器中改了Professional、桌面上新建containers.cmd并以管理员身份运行 3.产生结果：c盘内存从7G变成2G,Docker结果显示，磁盘空间不足，……引发异常的上一位置中堆栈跟踪的末尾……，再次点击变成如图一所示， 4.请老师指教呀

问题 重复序列鉴定

...题，具体如下：运行这个脚本：perl $scriptsdir/ProtExcluder1.2/ProtExcluder.pl ${lib}_blast_results.txt ${lib}，会显示ProtExcluder1.2/这个文件夹里的多个脚本有权限问题，可是我并没有运行有权限问题的脚本。其次，这些脚本为什么会存在权限问...

文章 盘点：科研学术圈不为人知的行业“黑话”

...教师中压力最大的群体。 独立PI：独立的 Principle Investigator，能够拥有课题组话事权的导师，通常指代青椒在高校担任教职后能够从事独立工作。 H因子：也称H-index，高被引因子，计算方法复杂建议谷歌，H因子越高这个人越牛...

文章 pfamscan程序-translate和python的translate冲突问题

...较优先调用的位置： export PATH=/share/work/biosoft/hmmer/hmmer-2.3.2/squid:$PATH