问题 请教老师，用自己的hmm文件，进行了domain的二次搜索，结果如下图所示。结果显示仍然会有很多只是匹配了一部分序列片段。我用这些部分比对上的结果截取序列后，再三大数据库对比发现也存在我想要的domain. 现在的问题是，如果要这些部分的结果截取序列，做进化树就会差异太大。如果不要部分比对上的，又怕少了家族序列。这样的情况如何处理，有没有相关的标准？谢谢

文章 简述一代、二代、三代测序技术在应用上的区别

...成果转化，才是最大的经费节约！看懂结果，分析数据少不了生物信息学的帮助。组学大讲堂（专业生信培训机构，学员突破1.5万人，18年金云奖唯一获奖生信团队）精心制作了29门生物信息视频教程，涵盖转录调控、基因家族...

文章 空间转录组数据预处理

...片层级,而进行sc RNA或者Bulk RNA分析,但是我们知道，组织中细胞的分布是有位置结构的，例如小肠、视网膜、大脑等等，都是有细胞分区的，此外，对于免疫细胞，可能涉及到迁移等等。那么做空间转录组，不将组织分解，而是...

问题 新新新手提问！文件是Excle格式，怎么用R语言做进化树加热图呢？有没有完整的代码呀？很多都是Tree.nwk这种格式，需要转换吗？

我手里的数据只有这种。

问题 老师，您好，我用iTOL批量修改基因名称时，准备的配置文件不对，我也看不太明白，文件应该是什么样的呢？除了用iTOL修改还有其他的方法吗？

问题 老师您好，为什么我在安装虚拟机后，用ll命令打开直接就有share文件夹，但是Windows-share与share不能建立共享呢

问题 单细胞转录组分析实操课程Double Finder双细胞查找运行显示到43%killed，用咱们上一部得到demo中的.rds数据运行也是不行

问题 老师，用admixture做群体结构时，可以绘制单独一个k值的结构图吗？另外用代码跑出来的图怎么修改横纵坐标的字体以及大小呢？

问题 求助，有没有用过smudgeplot做过倍性分析的大佬，对psmudgeplot.py plot参数有疑惑，请问应该然后解决，感谢

smudgeplot.py plot kmcdb_L"$L"_U"$U"_pairs.tsv usage: smudgeplot plot [-h] [-o O] [-c C] [-t TITLE] [-ylim YLIM] [-col_ramp COL_RAMP] [--invert_cols]                        infile smudgefile n smudgeplot plot: error: the following arguments are required: smudgefile, n

问题 用hisat2软件建立index为什么要先制作splicesites.tsv和exons.tsv文件

老师给的命令 hisat2_extract_splice_sites.py chr22_with_ERCC92.gtf > splicesites.tsvhisat2_extract_exons.py chr22_with_ERCC92.gtf > exons.tsvhisat2-build -p 8 --ss splicesites.tsv --exon exons.tsv chr22_with_ERCC92.fa chr22_with_ERCC92 请问这样比直接 hisat2-build好在什么...

问题 老师，我有30个经过高氮、低氮处理的转录组数据，但是不清楚我的性状定义是否正确？能指导下吗？谢谢！ 图片压缩后总提示太大，不知道是否成功上传

...12）， 算上重复共30个样本。我参考这篇文章TCGA临床数据中的TNM分期，如何转换成WGCNA分析中的性状数据 - 组学大讲堂问答社区 (omicsclass.com)，用0和1制作了性状数据 ，不知道是否正确。  

文章 shebang介绍及用法

...个版本的python，且受限于模块，某些脚本只能在某个python中运行的时候还是老老实实用绝对路径吧

问题 老师您好！用meme分析motif时显示zsh：no such file or directory:/biosoft/meme/meme-v4.12.0/bin/meme。该怎么解决这个问题呢？谢谢

老师您好！用meme分析motif时，输入/biosoft/meme/meme-v4.12.0/bin/meme ../WRKY_pep_confirmed.fa -protein -oc ./ -nostatus -time 18000 -maxsize 6000000 -mod anr -nmotifs 10 -minw 6 -maxw 100命令后显示zsh：no such file or directory:/biosoft/meme/meme-v4.12.0/bin/meme。该怎么解决...

问题 老师，您好，我们是做忙果基因家族分析的，用的是linux（用拟南芥的数据我们都能做出结果），但忙果注释文件gff总是报错，对我们学农的来说，对脚本真是一窍不通啊，根本不知道该怎么修改，老师叫我们把gff文件改成拟南芥的格式，用linux做，我们的基因id，mRNAid，蛋白id都是不一样的，我们想都改成与基因id一致的，我该怎么改啊，老师可以帮忙看看文件吗

文章 csvtk，A powerful software for handling CSV files

...之一是其跨平台兼容性，这意味着你可以在各种操作系统中使用它，包括Windows、macOS和Linux。 该程序也是高效和实用的，提供了许多命令，可以帮助你轻松处理CSV文件。以下是一些常用的CSVTK命令及其使用方法： 美化打印CSV/TSV...