问题 GEO数据的处理问题（没有NCBI官方注释文件情况）

我从soft文件里头提取出Ensemble_ID和GENE symbol，但是现在出现多个Ensemble_ID，我在和ENTREZID对应的过程中，这些多个Ensemble_ID对应之后以NA返回，这个情况要怎么处理呢？

问题 单细胞测序数据差异分析

#不同类型细胞差异比较： Rscript $scripts/seurat_FindMarkers.r --rds $workdir/05.cell_type_ann/pbmc.added.celltype.rds \    -p FindMarkers  --ident.1 "CD4 Naive T"  --ident.2 "B"   --test.use  DESeq2   --logfc.threshold 0.25  这里只能进行两两分析吗？--ident.2后面...

问题 老师您好，我在做宏基因组学分析时，由于样本数据量过大，将所有样本质控后的reads用进行组装时，会出现服务器内存不足无法组装的情况。那我想将每个样本的数据分别组装，然后将样本contig文件进行合并后再进行下游分析。这种方法可行吗？

文章 从原始测序数据开始分析单细胞数据

#umi_tools whitelist --stdin data/12-22-3_L2_1.fq.gz \ #                    --bc-pattern="(?P<discard_1>CTCTTTCCCT)(?P<cell_1>.{10})(?P<discard_2>ACGACGCTCTTCGAGTGATTGCTTGTGACGCCTT)(?P<cell_2>.{8})(?P<umi_1>.{12})T{4}.*" \ #                    --se...

问题 老师您好，看了您的《pacbio 三代全长转录组数据分析流程 Iso-Seq 3》文章，想请教一个问题

我用lima处理三代测序的数据总是这个报错误，您知道怎么处理吗？

问题 单细胞测序数据KEGG富集分析执行代码后报错

...gt;&1 &执行此代码报错，且已经参考RNAseq有参转录组数据自主分析分析中的方法，--ann.db org.Ss.eg.db 和--organism ssc均按照要求进行修改，依然报错，想知道问题出在哪里？怎么解决？谢谢老师

文章 ncbi sra数据批量下载

很多项目的数据是多个分组，还有组建重复，因此如果没有批量下载的手段还是挺麻烦，总不能一个个点吧 一般而言有两种常见方法 1 SRA Run Selector直接获取，这个页面链接如下，https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/study/操作也简单，...

文章 Infercnv|单细胞转录组拷贝数分析

inferCNV用于探索肿瘤单细胞RNA-seq数据，分析其中的体细胞大规模染色体拷贝数变化(copy number alterations, CNA)，例如整条染色体或大片段染色体的增加或丢失(gain or deletions)。工作原理是，以一组“正常”细胞作为参考，分析肿瘤细...

问题 TCGA数据做完cox生存分析，验证完后，还可以接着做什么后续分析？

问题 老师，，请问一下那个在线资源库可以下载青蒿的全基因组数据呢？

问题 美化进化树时出现需要提供一个有效的颜色数据集，有什么可提供的吗？

问题 GEO数据集expression matrix表达量很低，很多是负数，单通道芯片

问题 老师好！请问，如何确定单端测序数据是否为链特异性文库呢？

问题 老师，您好，我目前处于GWAS新手状态中，您能叫我下怎么获取数据吗？

问题 在进行SSR引物设计，使用课程的数据文件和脚本得到的结果文件没有结果