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问题 如何利用perl脚本批量提取多个物种的CDS

已有资料： 1，基因家族课程中的get_fa_by_id的那个脚本，2，多个物种的ID 3，几个物种的CDS库 现在我有上百个ID文件，是按照分类划分好的，想按照TXT文档名字循环运行这个脚本，从CDS总库中提取出每个文件ID对应的CDS序列， 请...

问题 提交基于二代测序的数据组装分析得到的基因组组装数据

目前我的数据有39条contigs，3543 个protein-coding genes, 10 rRNA genes, 65 tRNA genes等等，我想把这些数据上传到Genome数据库，需要准备什么未见啊，恳求指点

问题 基因家族分析Mcscan分析时，无法提取蛋白序列。

...AT.gff文件提取蛋白序列，做的水稻，此外，我怀疑只有一个转录本时，在gene DI后加-00，多于1个转录本时从-01开始编号，在拟南芥中，按照您的教程，只能提取到多于1个转一个录本的蛋白序列，只有一个转录本的不能提取啊，因...

问题 关于Cytoscape绘图，如何将酶基因之间的关系画出来

关于Cytoscape绘图，一个酶对应的几个基因之间的关系图怎么画呢？现在只画了基因与转录因子之间的网络图，想添加同源基因之间的联系。先跪谢果各位路过的热心大佬们了！ 可加qq（1114863741）或者微信（spring_0615）讨论。

问题 转录组WGCNA分析中，要做模块与性状相关性图，怎么定义性状？

请问：现在我取了花蕾的六个发育时期，两个生物学重复，现在怎么定义性状数据？

文章 clusterProfiler模式物种的GO与KEGG功能富集与注释

支持的20个模式物种列表如下： PackageMaintainerTitleIndexorg.Hs.eg.dbBioconductor Package MaintainerGenome wide annotation for Human3org.Mm.eg.dbBioconductor Package MaintainerGenome wide annotation for Mouse5org.Rn.eg.dbBioconductor Package MaintainerGenome wide annotation for Rat19o...

问题 TCGAbiolinks使用求助 Downloading genome information (try:0) Using: Human genes (GRCh38.p13) Error: $ operator is invalid for atomic vectors

各位前辈老师们大家好！我在使用TCGAbiolinks包的GDCprepare函数的时候，出现报错，请各位给予分析或者 Starting to add information to samples  => Add clinical information to samples Add FFPE information. More information at: => https://cancergenome.nih.gov/c...

问题 关于genome.repeat.summary 的问题

... SINE 那行代表的是什么意思，我看好像不是 SINE 下面四个次级分类的总数，如果我要统计 SINE 在基因组中的数目、长度和占比的时候，是只需要SINE 那行的信息还是需要统计SINE 那行及下面四行的信息总和（比如数目的话就是 757...

问题 R语言画的图片字体倾斜

...电脑画图出现下面的情况，用同样的数据和代码在其他3个电脑上没有问题，请教一下，我电脑哪里出问题了？dat<-read.table("",header=T,row.names=1)dat<-as.matrix(dat)head(dat) barplot(dat,col=colors()[],beside=T, space=c(0,1),ylim=c(0,20),ylab="DEGs Numbe...

问题 老师，您好，我想咨询一下转录组测序相关系数的问题。

...6h取样进行转录组测序，实验设置了3组生物学重复，共15个样品。我们发现，可能是取样时间间隔过短的原因，生物学重复（组内）的相关系数（0.7左右）低于样品间（组间）相关系数（0.8-0.9），我想知道这样数据还能用吗？

文章 碰到奇葩审稿人怎么办？这位作者靠怒怼审稿人登上SCI期刊！

...给他了。 实际上，我们已经向我们怀疑是审稿人C的四五个人邮寄了**， 3、您建议我们将原稿缩短五页，我们可以通过更改边距、缩小字体来实现。 4、审稿人B建议我引用16篇文献，而这16篇文献来自不同领域，但是跟我的研...

文章 awk匹配替换gsub

awk中gsub可以进行匹配替换： gsub(A,B)在$0中利用B替换A gsub(A,B,C)在指定的C中用B替换A 以数据test为例（TAB分隔）： ABCD    abcd    HJIKEL  AbDE    SGWA 全部替换 A字符换成DA字符 awk -F "\t" '{gsub("A","DA");print $0}' test 结果...

文章 picrust1 16S 微生物功能预测

...ictions_kegg.biom -m observed_species,shannon,chao1,simpson,goods_coverage,ace -o alpha_div_index.txt  #beta多样性分析,反应不同样品中功能组成的差异，没有进化树无法计算unifrac echo beta_diversity:metrics binary_jaccard,bray_curtis,binary_euclidean &gt; beta_params.tx...

文章 2019国自然解读：关于CRISPR/Cas9的项目数据怎么样？

...9年度国家自然科学基金项目评审结果揭开面纱，共有41752个项目获得资助，总金额高达213亿元，可谓是历年之最。 而这其中，生命科学部获批资助6478项(不含杰出青年基金项目)，批准资助金额共计32.71亿元，单项平均资助金额50...

文章 lnd无法下载样本名称含有+的数据

...一个同样名称的空文件/在下载地址。 如，样本名称为A+B，在进行lnd cp oss://CP00000/A+B.fq.gz  ./ 的时候会在当前文件夹生成一个大小为0的 A+B.fq.gz。 解决 通过网页登陆到他们的系统之后，可以得到下载地址的链接： 得到的地...