问题 老师，您好，我想请问一下，conet分析时，如果不加环境因子的时候可以正常运行，但是加上环境因子就不行，想问一下是什么原因？下面是我环境因子的格式，我用notepad++转换成文本格式了

fatures.xlsx

问题 基因ID、cds ID与蛋白ID三者均不一致

老师您好！我在分析鸡的基因家族的时候，发现鸡的基因ID、mRNA ID与蛋白ID之间都是没规律的。蛋白ID、基因ID、mTNA ID前面几个字母分别以P、G、T结尾，这个很容易解决。但后面的11位数字编码却毫无规律可谈，蛋白fa文件中，蛋...

问题 sra文件转换为fastq文件

用迅雷在ncbi上下载的.sra格式文件，下载保存在了本地，如何转换为.fastq格式文件？请各位老师同学指点，谢谢！

问题 docker第三方镜像如何查看已安装的软件？

我们下载第三方镜像，尤其是整套分析流程的镜像之后，如何查看其安装的软件和软件版本？

文章 R使用ggtree包报错

... ‘get_aes_var’ is not exported by 'namespace:rvcheck' 原因是rvcheck版本过高,降级即可 remove.packages("rvcheck") install.packages("https://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/rvcheck/rvcheck_0.1.8.tar.gz",repos = NULL,type = "source") BiocManager::install("ggtree") 注意，低...

问题 泛基因家族分析结构变异与基因表达分析

老师，我在做泛基因家族分析中，结构变异与基因表达分析，#删除一些不需要的基因的表达量（B73的一些基因在其他物种中不存在同源基因） perl $scriptsdir/grep_famgene_fpkm.pl WRKY_gene_fpkm.xls ../03.PAV/PAV_gene.list WRKY_gene_fpkm.filter.xls ${re...

问题 在MCScan目录下，做共线性分析时，遇到了permission denied，请问要输入什么命令才能解决这个问题。附：相应的软件是自己装的，不是你们的ova包，因为有点大，一时下载不下来。拜托解决下。谢谢

问题 老师您好，我用mutmap的方法分析了f2群体，有三个峰，有个一个峰在99阈值之上，但是做基因分分型时 要么是突变体基因型要么是野生型基因型，而且区间前半段设计不出引物

文章 空间代谢组学|质谱成像技术原理解读

...升了对样品信息的认知。 质谱成像技术是一种结合质谱分析和影像可视化的分子成像技术，通常不需要标记，对生物组织样品可进行多点检测、多维数据获取，可实现不同分子高灵敏度的同时检测，并能够直接提供目标化合物...

文章 利用SNP构建指纹图谱！SNPT的使用教程！

...地址：http://www.shigatox.net/stec/cgi-bin/snpt这个软件可以做的分析： Indentify unique SNPs profiles and assign sequence types(MST);Calculate allele frequencies;Find informative SNPs;Calculate D (Index of the Discrininatory Ability);Find the set(s) of minimum SNPs;Output MST data file...

问题 windows10安装docker后，输入命令，报错，请问如何解决？

系统是window10，22H2，安装docker（版本4.40版本）后，输入版本命令正常，但是用docker search omicsclass命令报错，pull命令也报错, 显示Error，如何解决。谢谢1

文章 IGV可视化使用

...e.broadinstitute.org/software/igv/download         找到Windows版本，点击下载         下载完成         点击安装         安装完成，点开会先出现命令界面，再等一下会出现可视化界面。 二.  加载参考基因...

问题 老师们好，我想用kaks分析蛋白编码区，然后呢师兄告诉我，让我用mafft对蛋白编码区进行比对，然后用phyloSuite转换序列格式，最后我把每个cds都放到了一个里面，进行计算，但是总是报错，说序列不相等，不知道怎么解决，求问各位大佬，有没有相关视频，可以告诉我这个小白怎么在linux系统里运行kaks吖，万分感谢

文章 你懂荧光定量PCR吗？要点一二三帮你解惑

...过内参或者外参法对待测样品中的特定基因序列进行定量分析的方法。 Q-PCR三个重要指标1 扩增及溶解曲线 扩增曲线是PCR过程中，以循环数为横坐标，以荧光强度为纵坐标所绘制的曲线。主要用于反映Q-PCR的动态进程。 溶解...

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