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文章 安装R包的几种方法

...rib/Archive/rvcheck/rvcheck_0.1.8.tar.gz"install.packages(url,repos = NULL,type = "source") 3.R包下载到本地后安装 download.file("https://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/rvcheck/rvcheck_0.1.8.tar.gz","rvcheck_0.1.8.tar.gz") install.packages("rvcheck_0.1.8.tar.gz",repos = NULL) ...

文章 trinity的下载与安装

...加到环境变量中。 trinity的使用方法 命令：Trinity.pl --seqType fq --JM 50G --left reads_1.fq --right reads_2.fq --CPU 6 几个重要参数介绍： –seqType 支持输入数据格式为 fq 或者 fa –JM 内存设置 新版本v2.4.0没有这一参数，由–max_memory代替 组装...

文章 Graphpad Prism一张图中绘制多个直方图

...开新的Data Table方法为 "File" 下 "打开"  ->  "New Data table and..."。 2.数据填好后，双击"Layouts" 选择布局方式。 选中后界面中会出现三个方框，如下图所示： 我们可以直接将直方图拖到对应的方框中，或双击方框选择直方...

文章 单细胞转录组数据挖掘流程记录-LUAD(GSE123902)

...：meta.tsv SamplePatient_idTissueHistologySmokingPathologyEGFR_MUTEGFR_TypeStagesStages_StatusLX653TMSK-LX653tLungADCNeverNAEGFR_KMT2D_U2AF1_RETMUTIALowLX661TMSK-LX661tLungADCExNAEGFR_TP53MUTIALowLX666MMSK-LX666mBoneADCNeverNAEGFRMUTIVHighLX675NMSK-LX675nLungADCNeverNAEGFRMUTIVHighLX675TMSK-LX675t...

文章 endnote 插入文献 变成临时 大括号{} 不自动更新文献

... 其实很简单，只需要选好style，再更新一下Update Citations and Bibliography，就可以了如下 更多生物信息课程： 1. 文章越来越难发？是你没发现新思路，基因家族分析发2-4分文章简单快速，学习链接：基因家族分析实操课程、基...

问题 在建立索引时出错，输出文件都是0KB

...-Line-Syntax-Transition-For-Users-(Pre-Transition) ********** ********** The command line looks like this in the new syntax: ********** **********    CreateSequenceDictionary -R elepant_grass_genome.fa -O elepant_grass_genome.dict ********** 13:02:26.574 INFO  NativeLibraryLoader - Load...

文章 最新2区SCI思路解析—杨树TPS/TPP基因家族的系统分析

...发，该文章于2021年7月21日发表于期刊：International Journal of Biological Macromolecules（IF=6.953，中科院分区：2区），下面我们一起看看这篇文章内容。 文章简介 海藻糖在植物的代谢、生长发育和抗逆性等方面发挥着重要作用，而海...

文章 vim显示行号、跳转到指定行或列

...于跳转到当前行某一列的一个命令 (To screen column [count] in the current line)，| 表示当前行的第0列 (行首) (2)正常模式下输入命令 $ 跳转光标到当前行的行尾； (3)正常模式下输入vim命令 0nl 或 n| 跳转到当前行的第 n 列。 表示先...

文章 扩增子序列直接物种注释代码

...Match 3 Species\tMatch 3 Identity" f.write(header + '\n') # Write the results for result in results: f.write('\t'.join(result) + '\n')

文章 基因家族分析课程更新2.0

...参考文献： Zhang, Z., Xiao, J., Wu, J., Zhang, H., Liu, G., Wang, X. and Dai, L. (2012) ParaAT: A parallel tool for constructing multiple protein-coding DNA alignments, Biochem Biophys Res Commun, 419(4):779-7 trimAl: a tool for automated alignment trimming in large-scale phylogenetic analyse...

文章 转录组如何与其他实验手段结合？（第二篇文献）

...献： Kim OT at all. A Novel Multifunctional C-23 Oxidase, CYP714E19, Is Involved in Asiaticoside Biosynthesis. Plant Cell Physiol. 2018 Mar 22. 日常科研中你我经会常遇到看不懂的图表，不会挖掘的数据，没有思路的文章，沟通不畅的个性化分析，求人不如...

文章 菠萝WRKY基因家族分析

...到基因家族分析当中的基因加倍和复制现象，也就是：tandem duplication和segmental duplication的区别与联系，关于这个问题的解答，我已经在我们组学大讲堂问答网站上进行了详细回答，感兴趣的可以到 www.omicsclass.com 网站上搜索关键...

问题 老师，求助，转录组差异表达基因分析报错-只有pfd文件没有PNG文件，且PDF打不开

...10.deg_gene_heatmap -o ./ --> Q&A for bioinformatics, please visit the website: https://www.omicsclass.com/ --> R beginners ? I suggest your  learning  R language: https://study.omicsclass.com/index Error in hclust(d, method = method) :   NA/NaN/Inf in foreign function call (arg 10...

问题 KNN补值函数knnImputation函数的距离计算问题

...a) ncol <- ncol(data) contAttrs <- which(vapply(data, dplyr::type_sum, character(1)) %in% c("dbl", "int")) nomAttrs <- setdiff(seq.int(ncol), contAttrs) hasNom <- length(nomAttrs) dm <- data if (scale) dm[, contAttrs] <- scale(dm[, contAttr...

文章 ggplot2分面facet_grid调整坐标

...scales=“free"之后，数据分布更合理。 p_box=p_box+facet_grid(.~Type,scales="free")p_box 如果想提升自己的绘图技能，我们推荐：R语言绘图基础（ggplot2) 更多生物信息课程： 1. 文章越来越难发？是你没发现新思路，基因家族分...