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文章 contig or scaffold GFF 文件通过AGP文件转换成 染色体 gff文件

...er liftOver -gff contig.gff3 genome.final.chain genome.gff3 unmapped The arguments are: contig.gff3: scaffold annotations (INPUT)contig_to_genome.chain: translations (INPUT)genome.gff3: genome annotations (OUTPUT)unmapped: things that fail (OUTPUT) 或者用 CrossMap.py gff genome.final.c...

文章 Windows下安装安装 python/pip/numpy/matplotlib下出现的一些问题

...15)")': /simple/pandas/   ERROR: Could not find a version that satisfies the requirement pandas (from versions: none) ERROR: No matching distribution found for pandas 解决办法：pip install 包名 -i http://pypi.douban.com/simple/ --trusted-host pypi.douban.com 链接：https://blog.csdn....

文章 11月8日见刊（IF=4.5）水稻U-box E3基因家族分析文献解析

...线发表的水稻U-box E3家族的文章，发表在International Journal of Molecular Sciences期刊上，影响因子IF=4.556，我们就一起看看这篇文章都写了哪些内容，希望对您的思路有所帮助。 U-box E3 Ubiquitin Ligase简介 泛素蛋白酶体途径是己知的所...

文章 R 语言colors()657种颜色

... "RColors.pdf",height = 20,width = 30)par(mar=c(0,0,0,0))plot(0, 0, type = "n", xlim = c(0, 1), ylim = c(0, 1), axes = FALSE, xlab = "", ylab = "")line=30col=22rect(  rep((0:(col - 1)/col),line) ,  sort(rep((0:(line - 1)/line),col),decreasing=T)   ,   rep((1:...

问题 求助，有没有用过smudgeplot做过倍性分析的大佬，对psmudgeplot.py plot参数有疑惑，请问应该然后解决，感谢

smudgeplot.py plot kmcdb_L"$L"_U"$U"_pairs.tsv usage: smudgeplot plot [-h] [-o O] [-c C] [-t TITLE] [-ylim YLIM] [-col_ramp COL_RAMP] [--invert_cols]                        infile smudgefile n smudgeplot plot: error: the following arguments are required: smudgefile, n

问题 在virtualbox中导入虚拟电脑的bio-linux的ova失败~老师

... 导入虚拟电脑 E:\Bio-Linux-2018-8-23.ova失败. Could not create the imported medium 'F:\bio-linux\Bio-Linux-2018-8-23-disk001.vmdk'. VMDK: cannot write allocated data block in 'F:\bio-linux\Bio-Linux-2018-8-23-disk001.vmdk' (VERR_DISK_FULL). 返回 代码:VBOX_E_FILE_ERROR (0x80BB0004)组...

问题 WGCNA分析进行模块和性状相关性分析时，trait文件如何做？

...：选取了两个大豆品种做转录组分析，分别是：大籽粒Wandou 28 (V1)，小籽粒Peixian Layanghuang (V2)，取样时期为三个时期：seed set (S1), seed growth (S2), and early seed maturation (S3)，其中前两个时期的取样部位分别为：Seed pod with whole seed（S1...

文章 HGMD人类变异数据库ANNOVAR注释使用转换格式

...;print OUT "#Chr\tStart\tEnd\tRef\tAlt\tHGMD\n";}while (<FH>) {m/^#/ and next; s/[\r\n]+$//;my @field  = split(/\t/, $_); my$HGMD="HGMDID=$field[7];"; my$info="$HGMD$field[12]";#$info=~ s/;/\\x3b/g;#$info =~ s/,/\\x2c/g;#$info=~ s/=/\\x3d/g; print OUT join ("\t", @field[0..4], $info), "\n...

问题 vcftools --gzvcf all.varFilter.vcf.gz --recode --recode-IN.............els |gzip - > clean.vcf.gz这一步输出的vcf.gz文件，用 bcftools query -l clean.vcf.gz | wc -l查看样本名出现报错

Failed to read from clean.vcf.gz: unknown file type 0 这是为什么呢

问题 tophat2建立索引报错：Error: gtf_to_fasta returned an error.

...] Checking for Bowtie index files (genome)..        Found both Bowtie1 and Bowtie2 indexes.[2019-04-28 05:49:44] Checking for reference FASTA file[2019-04-28 05:49:44] Building transcriptome data files transcriptome_data/known        [FAILED] Error: gtf_to_fasta returned an error.

文章 monocle2 monocle2 igraph 报错

monocle2 igraph 报错 Error:! `nei()` was deprecated in igraph 2.1.0 and is now defunct.ℹ Please use `.nei()` instead. --- Backtrace:▆ 1. ├─monocle::orderCells(cds) 2. │ └─monocle:::project2MST(cds, project_point_to_line_segment) 3. │ ├─V(dp_mst)[suppressWarnings(nei(c...

文章 安装R包的几种方法

...rib/Archive/rvcheck/rvcheck_0.1.8.tar.gz"install.packages(url,repos = NULL,type = "source") 3.R包下载到本地后安装 download.file("https://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/rvcheck/rvcheck_0.1.8.tar.gz","rvcheck_0.1.8.tar.gz") install.packages("rvcheck_0.1.8.tar.gz",repos = NULL) ...

文章 trinity的下载与安装

...加到环境变量中。 trinity的使用方法 命令：Trinity.pl --seqType fq --JM 50G --left reads_1.fq --right reads_2.fq --CPU 6 几个重要参数介绍： –seqType 支持输入数据格式为 fq 或者 fa –JM 内存设置 新版本v2.4.0没有这一参数，由–max_memory代替 组装...

文章 Graphpad Prism一张图中绘制多个直方图

...开新的Data Table方法为 "File" 下 "打开"  ->  "New Data table and..."。 2.数据填好后，双击"Layouts" 选择布局方式。 选中后界面中会出现三个方框，如下图所示： 我们可以直接将直方图拖到对应的方框中，或双击方框选择直方...

文章 转录组如何与其他实验手段结合？（第二篇文献）

...献： Kim OT at all. A Novel Multifunctional C-23 Oxidase, CYP714E19, Is Involved in Asiaticoside Biosynthesis. Plant Cell Physiol. 2018 Mar 22. 日常科研中你我经会常遇到看不懂的图表，不会挖掘的数据，没有思路的文章，沟通不畅的个性化分析，求人不如...