问题 想请问安捷伦双通道芯片数据得到了cy5和cy3通道的数据，想要做一些其它的分析，请问可以单独提取cy5的数据吗？然后对cy5中的数据重新进行别的分析？比如细胞类型反卷积之类的

我想要分析cy5通道样本的变化，能否只单单提取出cy5通道的样本呢？表达矩阵是通过exp=exprs.MA(averMAList)这个操作得到的

问题 老师 基因在染色体上如何定位 详细的 之前的软件不能用了

基因在染色体上定位 这个是最新的吧  不知道如何用 查资料都是以前的 

问题 老师，我在做泛基因列表时，提取最长转录本都成功提取，但其中一个基因组一直无法提取cds，后来查看提取出的转录本格式一样，但有些内容可能与其他基因组不一样（下载数据时，这个基因组格式是gff3，其他为gff，提取最长转录本时我把他改为了gff），您那边是否可以帮忙修改这个基因组的gff文件，

问题 在T2T基因组直播课程中基因组hic挂载染色体部分，老师说对于高杂合基因组还需要用一个软件过滤等位基因假信号，是什么软件，我没听清；还有个问题如果只用nextdenevo进行数据校正不组装，那么校正后的数据在哪个文件夹？

问题 图一与图二的格式不同是否会影响使用？如果影响，如何用bio-linux系统修改序列由图一变成图二？

问题 老师，下图是我的gff，文件，看着和您在视频讲的不一样，是不是需要转化一下格式，或者修改一下脚本？

问题 老师麻烦问下我要想研究苍耳基因组 我都需要准备什么形式的文件 什么格式文件 都研究什么呢 准备什么文件

问题 在做GWAS关联分析，利用gapit软件报错

Error in file(filename, "r", encoding = encoding) :    cannot open the connection Calls: source -> file In addition: Warning message: In file(filename, "r", encoding = encoding) :   cannot open file '/biosoft/GAPIT3.0/gapit_functions.txt': No such file or directory Execution halted

文章 什么是GSEA?

...知功能的基因集 (可以是GO注释、MsigDB的注释或其它符合格式的基因集定义)，一是表达矩阵，软件会对基因根据其于表型的关联度(可以理解为表达值的变化)从大到小排序，然后判断基因集内每条注释下的基因是否富集于表型相...

文章 同是转录组，人家发6分，你为什么发2分？

...育转运等过程。  接下来作者分析了栽培6天时phyB-1中与细胞周期相关的基因及Peter pan基因的表达情况，发现类Ｅ2F转录组因子基因Sb08g003670.1（组成型的E2F调控细胞周期相关基因的表达参与细胞增殖生长和凋亡过程，特别是在G1...

问题 你好，老师，我使用virusdetect这个软件的时候，为什么会容易报错。？

我用的RNA-seq的数据，并且也用hisat2建立索引了 但是比对的时候总是报错

问题 如何解决meme-v4.12.0软件下载

/biosoft/meme-v4.12.0/bin/meme pep_id-seq-F.fa -protein -oc u-box_motif -nostatus maxsize 600000 -mod anr -n motifs 10 -minw 6 maxw 50 zsh: no such file or directory: /biosoft/meme-v4.12.0/bin/meme

问题 有没有用过aspera软件上传数据的呢，我在写命令的时候总是出错

问题 请问mapman软件中的mapping 文件为什么会有重复注释的情况呢?

文章 非小细胞肺癌 （GSE139555）

... -i `ls $project/*.afterQC.rds` \    -o $project/01.qc -p lung 单细胞转录组分析课程推荐：https://bdtcd.xetslk.com/s/4i88K6