文章 最全泛基因家族分析内容思路都在这里了！

...新性可从以下角度突破：技术整合：结合长读长测序、单细胞组学、三维基因组等新技术。跨组学：整合多组学数据（如转录组+代谢组）。机制深度：从序列变异到分子调控（如CRISPR验证关键基因功能）。应用导向：关联农业...

文章 过滤fasta文件

fasta文件有其固定的格式，如果某些序列格式错误或者出现一些不该出现的字符（例如乱码），就需要过滤掉这些序列。过滤方法比较简单，一个脚本就可以完成，避免重复的手动删除。 脚本运行命令： perl  fasta.filter.pl  -in i...

问题 bootstrap consensus tree导出nwk文件格式时Branch_lengths选项无法选择

但是在导出Original Tree时就可以选择，而且我在忽略Branch_lengths选项导出nwk文件时，发现树的结果与生成的树有变化，想请教老师如何设置我可以选择Branch_lengths选项，bootstrap=1000，画树时的每一步设置都与课程中的操作一样

问题 利用hmmer软件鉴定基因家族成员，用的1e-20搜索，没有找到相应的domain

问题 大家好，谁有cytospace软件安装包和相应的java能不能发一下

问题 GSDS网站打不开，请问有没有别的软件可以绘制基因结构图

问题 200条蛋白构建进化树后，evolview等美化软件均无法显示boot值?

问题 请问，如何用mVISTA或者别的软件来分析不同物种叶绿体基因组序列的差异性

我现在只有一个叶绿体全基因组序列，想与同一科的已经发表叶绿体基因组的物种做对比分析，比如说序列差异分析，IR边界比较，进化分析等。这些应该如何做，尤其是软件的应用。

文章 LTR_HARVEST的并行软件LTR_HARVEST_parallel

...I是连贯性完整性的指标之一。目前经常使用的计算 LAI 的软件是 LTR_retriever，他并非是一个单一的工具，而是通过整合多个LTR预测软件的结果，过滤其中的假阳性LTR-RT，得到高质量的LTR-RT库，因此需要配合LTRharvest, LTR_FINDER, MGEScan...

问题 将VCF文件转换为phy格式的时候报错，不知道序列里为什么会有数字0，应该怎样解决呢？

文章 蛋白质三维结构美化pyMOL软件

以二级结构标记颜色 点击图1中右上角的C，就可以对图像进行颜色的改变了。从下图可以知道，结构的颜色可以根据element，chain，SS等进行改变。Element的意思是对不同的原子进行分别着色；chain就是对不同的链进行不同的着色；...

文章 agilent表达谱芯片注释信息提取

...的单色芯片，数据上比较混乱，而GEO中提供的GPL信息文件格式和affymetrix  、illumina 的表达谱芯片对应的GPL格式差别较大，虽然格式整齐，并不完全规范（相对于直接利用GEOquery下载芯片注释文件而言）。 2、若直接下载标准化...

问题 求助大佬，使用服务器分析基因家族问题

...下构建进化树软件推荐，Linux有非图形化的mega吗？ 2.  怎么在没有root权限情况下安装perl模块？如果有基因家族分析的脚本中需要的模块有个名称汇总就更好了

问题 请问用什么软件可以批量的将CDS序列中最长的ORF序列提取出来？

问题 叶绿体基因组组装后，java启动gepard软件进行序列比对选择时