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文章 GEO数据库的搜索下载数据技巧

...因表达的数据时，比如组织、细胞等等，在这里ADD想要的type就行。 4、数据下载介绍 选中其中一个感性的标题点击： 之后得到数据介绍页面： 数据介绍及下载详解见：https://www.omicsclass.com/article/1100

问题 blast2go报错，升级blast ncbi-blast-2.3.0+ 到 ncbi-blast-2.6.0+ 报错

Can not parse BLAST XML because can not find information about the used version!

问题 使用tassel对vcf文件进行 -SortGenotypeFilePlugin 基因型排序时自动锅炉掉了我的两条contig，这个问题怎么解决呀？

我要做Gwas分析，需要生成hapmap文件，但是我直接用vcf转hapmap会报错Please first use SortGenotypeFilePlugin to correctly order the file.所以我就用tassel去排序然后可以正常生成hapmap文件了，但是我的两条比较小的contig不见了

问题 您好，我在用qiime2进行扩增子测序分析但是导入数据时会一直出现改错误，请问有什么合适的解决办法吗?

There was a problem importing manifest:   manifest is not a(n) PairedEndFastqManifestPhred33V2 file:   Filepath on line 1 and column "forward-absolute-filepath" could not be found ($PWD/home/qiime2/Public/data/dyj/HS15_1.fq.gz) for sample "HS15".

文章 修改Docker本地镜像与容器的存储位置的方法

...class ~]# docker info | grep "Docker Root Dir" WARNING: You're not using the default seccomp profile Docker Root Dir: /var/lib/docker 解决这个问题，最直接的方法当然是挂载分区到这个目录，但是我的数据盘还有其他东西，这肯定不好管理，所以采用修...

问题 在Rstudio安装WGCNA数据包时有程辑包不能获得，直接输入了> install.packages("WGCNA")代码下载的。文中有图

根据WGCNA课程中给的script进行操作的。上面两张图分别显示了run了> install.packages("WGCNA")和# Load the WGCNA package library(WGCNA)之后的代码。 请求帮助，非常感谢！

问题 老师，转录组差异基因报错，求助，谢谢

...r 0.05 --fc 2 -p J1_vs_J2 --> Q&A for bioinformatics, please visit the website: https://www.omicsclass.com/ --> R beginners ? I suggest your  learning  R language: https://study.omicsclass.com/index Loading required package: ggplot2 Loading required package: edgeR Loading required p...

问题 请问三倍体重测序数据可否用于2n配子形成机制的研究

...，主要有两者类型，FDR和SDR： 第一次减数分裂发生重组(the first divisionrestitution,FDR):主要发生在减数分裂后期I，类似于有丝分裂，第一次减数分裂失败而第二次减数分裂正常。由于前期有梁色体发生交换，FDR型2n配了传递了亲本7...

文章 统计不同样品-生物学重复基因表达量数据合并和绘图统计

...5])sapply(data_list,length)data<-Venn(data_list)v1=plot(data,doWeight=F,type="ellipses")data_list=list(GDAF2=geneNames[meanFpkm$GDAF2>0.5],GDAF5=geneNames[meanFpkm$GDAF5>0.5],GDAF11=geneNames[meanFpkm$GDAF11>0.5],GDAF16=geneNames[meanFpkm$GDAF16>0.5])data<-Venn(data_list)v2=plot(da...

文章 Graphpad Prism绘制折线图

...），点击折线图图标，并把样本数设为3，同时设置为Mean and Error ,如下图： 2、在Data栏中输入以下数据，软件就会自动帮你算出均值（Mean）和误差值（Error），并做好折线图了。 3、点击Data3，即可看到折线图。 4、双击...

文章 contig or scaffold GFF 文件通过AGP文件转换成 染色体 gff文件

...er liftOver -gff contig.gff3 genome.final.chain genome.gff3 unmapped The arguments are: contig.gff3: scaffold annotations (INPUT)contig_to_genome.chain: translations (INPUT)genome.gff3: genome annotations (OUTPUT)unmapped: things that fail (OUTPUT) 或者用 CrossMap.py gff genome.final.c...

文章 三代组装软件Flye安装及使用

...量（根据自己的安装路径进行添加）vim ~/.bashrcPATH=/opt/biosoft/GENOME/Flye-flye/bin/：$PATHsource ~/.bashrc 二、使用 Flye常用选项参数： --pacbio-raw：设置 pacbio 原始数据所在路径--pacbio-corr：设置纠错后 pacbio 数据所在路径--nano-raw：设置 nan...

文章 Windows下安装安装 python/pip/numpy/matplotlib下出现的一些问题

...15)")': /simple/pandas/   ERROR: Could not find a version that satisfies the requirement pandas (from versions: none) ERROR: No matching distribution found for pandas 解决办法：pip install 包名 -i http://pypi.douban.com/simple/ --trusted-host pypi.douban.com 链接：https://blog.csdn....

文章 R 语言colors()657种颜色

... "RColors.pdf",height = 20,width = 30)par(mar=c(0,0,0,0))plot(0, 0, type = "n", xlim = c(0, 1), ylim = c(0, 1), axes = FALSE, xlab = "", ylab = "")line=30col=22rect(  rep((0:(col - 1)/col),line) ,  sort(rep((0:(line - 1)/line),col),decreasing=T)   ,   rep((1:...

文章 11月8日见刊（IF=4.5）水稻U-box E3基因家族分析文献解析

...线发表的水稻U-box E3家族的文章，发表在International Journal of Molecular Sciences期刊上，影响因子IF=4.556，我们就一起看看这篇文章都写了哪些内容，希望对您的思路有所帮助。 U-box E3 Ubiquitin Ligase简介 泛素蛋白酶体途径是己知的所...