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文章 bioperl批量计算蛋白质分子量等电点pI

...基因家族分析实操课程、基因家族文献思路解读2. 转录组数据理解不深入？图表看不懂？点击链接学习深入解读数据结果文件，学习链接：转录组（有参）结果解读；转录组（无参）结果解读3. 转录组数据深入挖掘技能-WGCNA，提...

文章 cytoscape插件BinGO安装以及GO富集分析和网络可视化

...BinGO的使用： 还是在 Apps找到刚才安装的BiNGO，点开： 数据准备1： 使用之前先下载物种最新的GO注释文件，以拟南芥为例： http://geneontology.org/page/downloads 找到拟南芥，这个注释文件包含的两列对这里的分析是有用的，分...

问题 数据格式发生变化

我的基因名称是： Unigene0003606 Unigene0024133 Unigene0048936 Unigene0171067 Unigene0050840 dim(fpkm)names(fpkm)datExpr0=as.data.frame(t(fpkm[,-1])) > datExpr0            V1       V2       V3       V4       V5       V6       V7       ...

文章 GSEA分析需要的文件及格式

在作芯片数据或者是转录组数据的GSEA分析时候，需要四个文件： 1、基因表达数据文件； 2、表型数据文件； 3、功能基因集文件； 4、芯片注释文件； 这四个文件只需要分析者提供前两个文件即可，因为GSEA网站已经给大家...

问题 猪单细胞测序数据拟时序分析时已知细胞分化起源，怎么修改代码？

猪单细胞测序数据进行轨迹分析时，已经知道分化的起源，想请教老师这个代码应该怎么修改？Rscript $scripts/cell_trajectory_monocle2.r -g mycelltype \   -i subset.T.rds -p monocle2 \   --order.gene.select.method monocle  --heatmap.gene 20 \   --heatmap.clust...

文章 研究miRNA必备的分析网站汇总！

...体发育时序，疾病等方面都起到重要作用。 miRBase miRBase数据库是一个提供包括已发表的miRNA序列数据、注释、基因靶标预测等信息的全方位数据库，是存储miRNA信息最主要的公共数据库之一。目前miRBase 更新到了V22版本。 http://...

文章 KEGG富集分析弦图绘制

...如下图所示，可以看到基本上跟Photoshop等软件类似，包括数据面板（左侧）、Glyph画布（中间上部）、图层面板（中间中部）、可视化属性面板（中间下部）和Chart画布（右侧大面积区域）。 然后有一系列密密麻麻的按钮排列...

问题 我执行了#将基因组序列文件和注释文件批量链接到当前文件夹 cat ../id.txt|while read ind;do ln -s ../data/${ind}.fa.gz ./ ln -s ../data/${ind}.gff3.gz ./这条操作；在data中rm -f一条一条删除了里面的内容之后，将我的数据上传，执行这条操作之后，软连接的仍然是玉米的数据，而不是我上传在data里的数据

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文章 WGCNA知识点详解-提升你的转录组论文档次

...然，样品数量越多，结果会越准确。 3、不同批次的测序数据可以放在一起进行WGCNA分析么？ 理论上是可以的，但是一般不建议放在一块分析。这是由于测序存在批次效应，不同批次的测序结果会存在一些差异，这会给分析带...

问题 课程里TCGA数据下载代码问题

请问老师TCGA头颈肿瘤在GDC网页上看有528个样本  但在按照课程的r代码怎么有546个  而且肿瘤和正常的加起来好像还少了两个 这是怎么回事 第二个问题，我按照给的代码运行，运行到这步报错了，不知道该怎么解决，希望老师...

问题 DANPOS3分析MNase-seq数据

利用dtriple命令比较两组数据，出现下面的报错 ValueError: math domain error R[write to console]: Warning messages: R[write to console]: 1: R[write to console]: In ppois(q, avg, lower.tail = FALSE, log = TRUE) : R[write to console]:  NaNs produced R[write to console]: 2: R...

文章 biolinux导入虚拟电脑失败，报错VBOX_E_FILE_ERROR VirtualBox Machine settings file already exists.

...基因家族分析实操课程、基因家族文献思路解读2. 转录组数据理解不深入？图表看不懂？点击链接学习深入解读数据结果文件，学习链接：转录组（有参）结果解读；转录组（无参）结果解读3. 转录组数据深入挖掘技能-WGCNA，提...

问题 专家你好 ，最近手头有一份全基因重测序数据，本人骨科专硕难以解读，所以请教前辈大致解读文件~！

...上海一家基因公司为我的病人全家做的全基因组重测序，数据比较多，本人第一次接触遗传和基因组学相关的如此深度的数据，较多疑惑难以明晰，特向专家请教一番，如您有兴趣希望能指导后生一二，可作为后期文章撰写的一...

问题 请问各位老师，WGCNA分析中没有性状数据，但分析了两份基因表达数据，我想要得到Module-module relationships的图，应该怎样修改这部分打的代码呢？

#############################relate modules to external clinical triats###################################### # Define numbers of genes and samples nGenes = ncol(datExpr0) nSamples = nrow(datExpr0) moduleTraitCor = cor(MEs, datTraits, use = "p") moduleTraitPvalue = corPvalueStudent(moduleTrai...

问题 求助，进入docker数据分析是设置共享文件出现问题

按照教程一步一步来的，文件名也是正常设置，是因为我的用户名是中文吗