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文章 安装R包的几种方法

...像，方法自行百度。     Bioconductor，这个通常只有生物信息学的人才用得到。     Github，大部分CRAN和Bioconductor都是托管在Github上的，一般不太稳定。 可以直接在谷歌或必应搜索该包名字，即可看到是哪种R包。 一、对于一...

文章 MEME使用参数说明

...搜索以上三组因为都比较复杂，就不讲述了。 更多生物信息课程：1. 文章越来越难发？是你没发现新思路，基因家族分析发2-4分文章简单快速，学习链接：基因家族分析实操课程、基因家族文献思路解读2. 转录组数据理解不深...

文章 trinity的下载与安装

...  –output trinity的输出文件夹 –no_version_check 不汇报版本信息 注：trinity支持分步骤运行，但我认为必要性不大，因为分步运行的原因在于避免中途发生错误，但是trinity会自动检测之前输入，如果中途发生报错，进行修改之后，...

文章 vscode如何下载安装并连接服务器

...终端交互，管理软件包，查看图片等， 一些软件信息可以在设置里调 一些快捷键也可以在键盘快捷键力查看或调整都设置完以后，就可以作为一个本地的ide使用了， 当然，一个ide如果无法链接服务器那就毫无意义 因...

文章 组学大讲堂-8月直播课程安排！总有一个适合你!

...教程，可以扫描如下二维码观看学习。 更多生物信息课程： 1. 文章越来越难发？是你没发现新思路，基因家族分析发2-4分文章简单快速，学习链接：基因家族分析实操课程、基因家族文献思路解读 2. 转录组数据理解...

文章 产品/项目经理，有效提高效率的11种方法

...就将后面的计划和盘托出，一是给团队成员带来不必要的信息与心理负担。二是计划赶不上变化，在三周前铁板钉钉的进度，也许就会因为突发事件无奈延期。 从头至尾名目在你自己的甘特图里呈现即可，在项目启动阶段，...

文章 Perl读写Excel

...ue       = ", $cell->value(),       "\n";  #读取单元格中的信息            print "\n";        }    }    print "\nA sheet has been read.\n\n";} 写Excel #!/usr/bin/perl -w use Spreadsheet::WriteExcel; # 创建一个新的EXCEL文件 my $workbook = Spreadsheet::Wri...

文章 腾讯敏捷之道，实施敏捷开发,看我就够了

...确可见责任⼈、任务状态、优先级、类别、时间等多维度信息，帮助企业快速⾼效的对项⽬进⾏全周期管理。   5. 由于是迭代式开发， 这个迭代周期修改上一个迭代周期的代码在所难免， 怎么保证不破坏原有的功能？ 总不能...

文章 利用SNP构建指纹图谱！SNPT的使用教程！

...式如下：列之间用tab分隔，第一行为SNP在基因组上的位置信息；从第二行开始，第一列为样品名称，后面为对应SNP。 Strain 325 968 2351 4768 4980 6971 9323 1319 ARK0000038 G C C G G A G T ARK0000056 G C C G G A G T ARK0000062 G C C G G A G T ARK0000066 G C C G ...

文章 《Nature》发文描述几百万年间柑橘如何从喜马拉雅山到我们的餐桌

...结果于2018年2月刊发在《Nature》上。 这些水果的基因组信息揭示了一个令人兴奋的起源故事，这个故事起源于发现柑橘化石叶的同一地区。大约800万年前，喜马拉雅山脚下的祖先柑橘树开始生长，但后来发生了一些变化。在数...

文章 TCGA数据库相关分析工具网站

...增加最相关、哪些基因的表达和甲基化最相关等等这些top信息。 Fire Browse（http://firebrowse.org/），这是由 Broad研究所开发的用于TCGA数据挖掘可视化的网络平台，提供基因表达，突变等综合挖掘分析功能，类似于cBioportal。该网站...

文章 给进化树标定化石时间

...用一些括号、逗号、冒号等等和一些枝的名字来记录树的信息。不同的枝之间用逗号“,”分隔；枝长紧跟在枝后面，采用冒号“:”分隔；同一cloud采用括号“()”组成整体。 3. 如何把化石时间加入到树文件当中？ 在想标定的...

文章 kaks和dnds是什么？

Ka/Ks分析是生物信息学中最常见的分析之一，它在研究核酸分子进化方面有重要应用，如果你还不知道的话——咳咳！注意听讲了！ 01 “什么是Ka/Ks?” 在遗传学中，Ka/Ks表示的是两个蛋白编码基因的非同义替换率（Ka）和同...

问题 关于基因组功能注释脚本（interproscan.sh -i interproscan.pep.fa \ -b interproscan.out -f "TSV" \ -cpu 10 -dp -t p -pa -goterms -iprlookup \ -T ./tmp ）运行不成功，总是停留在84% completed，没有报错，请问要怎么解决？

再次进入容器时是卡主的。log中每小时更新一条信息，均为84% completed，tmp文件夹中不再更新文件。独享服务器（内存300G，28线程），设置了cpu=10，线程数=10

文章 picrust2用法

#去掉序列ID中注释信息，避免错误：no ASV ids overlap between input FASTA and sequence abundance table get_fa_by_id.pl $workdir/5.pick_otu_qiime/pick_de_novo_otus/otu_table_clean.txt $workdir/5.pick_otu_qiime/pick_de_novo_otus/rep_set/qiime_rep_set.fasta rep_set.farm -rf picrust2_out...